More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2859 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
264 aa  532  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  85.23 
 
 
351 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  79.39 
 
 
326 aa  431  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  81.44 
 
 
391 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  81.89 
 
 
334 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  78.35 
 
 
324 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  78.35 
 
 
426 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  61.23 
 
 
377 aa  327  1.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  64.89 
 
 
343 aa  318  5e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  64.89 
 
 
343 aa  318  7e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  64.5 
 
 
345 aa  315  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  65.34 
 
 
334 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.24 
 
 
347 aa  310  2e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  62.98 
 
 
337 aa  310  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.24 
 
 
334 aa  310  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  61.83 
 
 
336 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  63.78 
 
 
342 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  60.38 
 
 
343 aa  304  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  61.85 
 
 
346 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  58.11 
 
 
341 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  58.11 
 
 
341 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  58.91 
 
 
334 aa  297  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  58.14 
 
 
336 aa  294  1e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  56.06 
 
 
342 aa  285  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  56.39 
 
 
482 aa  284  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.64 
 
 
343 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.36 
 
 
343 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  54.3 
 
 
351 aa  249  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  54.15 
 
 
331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  52.5 
 
 
306 aa  241  1e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  50.76 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  51.67 
 
 
306 aa  239  4e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  53.54 
 
 
332 aa  238  9e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  50.59 
 
 
313 aa  236  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  51.15 
 
 
322 aa  236  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.19 
 
 
337 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  51.57 
 
 
326 aa  232  6e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.7 
 
 
322 aa  231  8.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  48.24 
 
 
304 aa  229  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  53.91 
 
 
309 aa  229  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.82 
 
 
320 aa  228  8e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.57 
 
 
306 aa  225  4e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  53.82 
 
 
322 aa  225  5.0000000000000005e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50.98 
 
 
376 aa  224  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.58 
 
 
335 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.72 
 
 
319 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.64 
 
 
315 aa  224  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.81 
 
 
313 aa  223  3e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.45 
 
 
310 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  50.59 
 
 
304 aa  222  4e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.43 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.2 
 
 
304 aa  222  4.9999999999999996e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.72 
 
 
319 aa  221  6e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  47.81 
 
 
305 aa  222  6e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.8 
 
 
319 aa  222  6e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 
306 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48 
 
 
302 aa  221  8e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.39 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.6 
 
 
302 aa  219  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
302 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  47.6 
 
 
302 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.6 
 
 
302 aa  219  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.6 
 
 
302 aa  219  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.42 
 
 
312 aa  219  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
302 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.59 
 
 
332 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.82 
 
 
323 aa  218  6e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.91 
 
 
349 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.29 
 
 
303 aa  218  8.999999999999998e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  47.2 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  49.6 
 
 
334 aa  217  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  46.8 
 
 
302 aa  216  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  48.45 
 
 
305 aa  216  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.89 
 
 
303 aa  217  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  51.03 
 
 
304 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  48 
 
 
302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  49.38 
 
 
326 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  48.45 
 
 
325 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48 
 
 
316 aa  216  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  50 
 
 
318 aa  215  7e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  45.9 
 
 
314 aa  213  1.9999999999999998e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.74 
 
 
349 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  47.22 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  49.44 
 
 
341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.59 
 
 
347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  47.62 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.22 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  47.62 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  49.42 
 
 
349 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44.84 
 
 
311 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.77 
 
 
313 aa  211  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.43 
 
 
305 aa  209  3e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 
311 aa  209  3e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 
303 aa  209  4e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.51 
 
 
296 aa  208  7e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  48.24 
 
 
306 aa  208  8e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.21 
 
 
296 aa  207  2e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  48.25 
 
 
320 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  47.79 
 
 
352 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>