101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2489 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  100 
 
 		 390 aa  792    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  66.06 
 
 		 385 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  66.06 
 
 		 385 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  60.22 
 
 		 385 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  57.58 
 
 		 385 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  53.4 
 
 		 386 aa  378  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  51.04 
 
 		 382 aa  368  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  51.04 
 
 		 382 aa  368  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  48.16 
 
 		 384 aa  350  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  49.34 
 
 		 382 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  43.31 
 
 		 389 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  42.42 
 
 		 403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  39.69 
 
 		 420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  35.15 
 
 		 424 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  33.68 
 
 		 435 aa  176  6e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  33.08 
 
 		 403 aa  174  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  33.74 
 
 		 441 aa  169  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  31.91 
 
 		 406 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  33.25 
 
 		 421 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  30.64 
 
 		 416 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  30.15 
 
 		 407 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  30.53 
 
 		 428 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  31.12 
 
 		 417 aa  162  9e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  31.98 
 
 		 418 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  31.63 
 
 		 417 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  28.57 
 
 		 425 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  31.22 
 
 		 421 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  31.34 
 
 		 380 aa  159  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  31.3 
 
 		 431 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  31.47 
 
 		 421 aa  155  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  33 
 
 		 450 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  30.63 
 
 		 420 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  36.24 
 
 		 399 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  31.69 
 
 		 388 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  31.55 
 
 		 408 aa  150  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  32.06 
 
 		 380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  30.71 
 
 		 417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0589  HK97 family major capsid protein  31.08 
 
 		 424 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  30.95 
 
 		 430 aa  143  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  33.22 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  28.2 
 
 		 379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  29.29 
 
 		 471 aa  139  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  28.2 
 
 		 379 aa  139  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  29.79 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  32.86 
 
 		 387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  32.75 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  32.75 
 
 		 397 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  28.42 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  33.69 
 
 		 400 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  28.43 
 
 		 416 aa  133  6.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  31.19 
 
 		 419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  28.79 
 
 		 393 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  32.57 
 
 		 387 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  32.57 
 
 		 398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  27.66 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  30.31 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  26.26 
 
 		 383 aa  124  2e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  27.02 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  31.82 
 
 		 392 aa  123  5e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  26.15 
 
 		 388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  28.49 
 
 		 389 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0466  HK97 family phage major capsid protein  27.42 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  27.55 
 
 		 401 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  27.04 
 
 		 401 aa  113  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  26.75 
 
 		 401 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  27.06 
 
 		 386 aa  104  3e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  32.02 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  26.57 
 
 		 427 aa  90.5  5e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  26.57 
 
 		 427 aa  90.5  5e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  26.57 
 
 		 427 aa  90.5  5e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  27.82 
 
 		 413 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4361  phage major capsid protein, HK97  29.41 
 
 		 389 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.455164  normal  0.407566 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  29.58 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  28.42 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  29.03 
 
 		 400 aa  72.8  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  27.12 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  24.84 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  27.31 
 
 		 440 aa  67.4  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  25.95 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3666  major capsid protein HK97  27.23 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.017941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  24.73 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0569  phage major capsid protein, HK97 family  25.78 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.361307  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1719  HK97 family phage major capsid protein  23.19 
 
 		 429 aa  60.8  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  25.81 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3313  phage major capsid protein, HK97 family  23.79 
 
 		 562 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533544 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12666  phiRv2 prophage protein  24.32 
 
 		 479 aa  57  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.5272e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2469  hypothetical protein  72.97 
 
 		 108 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3486  HK97 family phage major capsid protein  24.34 
 
 		 394 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0411  hypothetical protein  25.9 
 
 		 624 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1150  hypothetical protein  25.9 
 
 		 624 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1170  peptidase U35 phage prohead HK97  26.26 
 
 		 624 aa  54.7  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2474  major capsid protein HK97  24.58 
 
 		 483 aa  53.5  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0369  peptidase U35 phage prohead HK97  25.95 
 
 		 624 aa  53.1  0.000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0672  HK97 family phage major capsid protein  27.61 
 
 		 506 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7144  HK97 family phage major capsid protein  25.44 
 
 		 434 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647338 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2015  putative phage-related protein  28.14 
 
 		 446 aa  47  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0608266 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2852  phage major capsid protein, HK97 family  23.79 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107077  normal  0.025439 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2995  phage major capsid protein, gp36  22.59 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1619  HK97 family phage major capsid protein  27.82 
 
 		 437 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0446  prophage LambdaBa04, major capsid protein  23.31 
 
 		 400 aa  44.3  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>