More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2322 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  100 
 
 		 354 aa  728    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  82.2 
 
 		 354 aa  604  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  77.22 
 
 		 355 aa  534  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  68.95 
 
 		 355 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  69.71 
 
 		 355 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  68.29 
 
 		 355 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  68 
 
 		 352 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  42.81 
 
 		 353 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 353 aa  292  6e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 352 aa  280  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 369 aa  273  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 372 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  42.12 
 
 		 351 aa  245  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 504 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 350 aa  230  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 352 aa  219  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 342 aa  199  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  35.92 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 353 aa  195  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 352 aa  193  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 347 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 340 aa  192  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 343 aa  189  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.96 
 
 		 328 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 360 aa  186  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 347 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.74 
 
 		 339 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.95 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  33.65 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 359 aa  179  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 348 aa  175  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  31.07 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 378 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 340 aa  170  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.09 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 349 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 341 aa  158  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  32.38 
 
 		 341 aa  156  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.11 
 
 		 457 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 638 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 355 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.4 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 341 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.03 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.56 
 
 		 457 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.56 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.13 
 
 		 457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 464 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  44.69 
 
 		 454 aa  147  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  47.2 
 
 		 418 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  47.27 
 
 		 425 aa  146  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.56 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.63 
 
 		 461 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  33.23 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 631 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.69 
 
 		 457 aa  142  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 753 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 866 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 696 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 559 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 533 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 645 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 645 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 642 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 402 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 172 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  44.69 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 614 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.58 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  47.31 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.57 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.46 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.23 
 
 		 555 aa  140  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  140  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>