103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2109 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2109  DoxX  100 
 
 		 150 aa  298  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2945  DoxX  65.75 
 
 		 150 aa  193  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2498  DoxX  64.14 
 
 		 149 aa  181  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2341  DoxX  60.81 
 
 		 152 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal  0.120907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3877  hypothetical protein  54.17 
 
 		 151 aa  154  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52615  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3451  DoxX family protein  57.69 
 
 		 145 aa  153  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182426  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  33.85 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  30.61 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4441  DoxX family protein  38.06 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.147857  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  31.51 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  28.79 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  31.06 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  31.06 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  29.93 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  31.25 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  30.77 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0512  DoxX family protein  34.09 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0809066 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1365  DoxX family protein  28.46 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0662293  normal  0.0953632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0893  hypothetical protein  30.56 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825078  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1387  hypothetical protein  26.57 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1200  DoxX  29.32 
 
 		 139 aa  53.5  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0467  DoxX family protein  32.84 
 
 		 137 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  29.92 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  30.47 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  29.92 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0296  DoxX family protein  33.33 
 
 		 271 aa  53.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1517  DoxX family protein  29.17 
 
 		 138 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000129276  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4176  DoxX family protein  36.57 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  30.22 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.392213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  32.63 
 
 		 137 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  33.08 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09540  hypothetical protein  30.94 
 
 		 148 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3904  DoxX family protein  36.96 
 
 		 136 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.501063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  28.79 
 
 		 137 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  27.48 
 
 		 136 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0630  DoxX family protein  37.04 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.470761  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2087  DoxX  30.77 
 
 		 119 aa  50.4  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4295  hypothetical protein  30.2 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.023682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2385  DoxX family protein  28.67 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0905931  normal  0.641291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  28.57 
 
 		 136 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2205  DoxX  30 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000990864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1637  DoxX  34.04 
 
 		 137 aa  47.8  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00123238  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  28.87 
 
 		 139 aa  47.8  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  36.76 
 
 		 174 aa  47  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  26.21 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  32.56 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3130  DoxX family protein  28.47 
 
 		 315 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.470972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  27.34 
 
 		 136 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1413  DoxD-like family protein  28.74 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4764  DoxX  25.56 
 
 		 119 aa  45.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.172057 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  28.12 
 
 		 137 aa  45.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4544  DoxX family protein  30.4 
 
 		 181 aa  45.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.573172 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5054  DoxX family protein  29.32 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3707  DoxX family protein  33.06 
 
 		 149 aa  45.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  35.29 
 
 		 174 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3403  DoxX family protein  28.37 
 
 		 276 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.351564  normal  0.43311 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  30.47 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  35.82 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  27.56 
 
 		 149 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0860  DoxX  28.35 
 
 		 136 aa  44.7  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.169459 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2877  DoxX family protein  32.03 
 
 		 136 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2855  DoxX family protein  38.24 
 
 		 379 aa  45.1  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00921996  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5753  DoxX  28.57 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6117  DoxX family protein  28.57 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.111641 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1701  DoxX family protein  28.57 
 
 		 174 aa  43.9  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00286745  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1172  hypothetical membrane spanning protein  38.04 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6600  DoxX family protein  28.57 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.563715 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0191  hypothetical protein  30.16 
 
 		 133 aa  43.9  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2517  DoxX  32.99 
 
 		 321 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.114204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2562  DoxX family protein  32.99 
 
 		 321 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2554  DoxX family protein  32.99 
 
 		 321 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225464  normal  0.850178 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0862  DoxX family membrane protein  38.04 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2081  DoxX family protein  31.36 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  31.19 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  30.16 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0302  DoxX family protein  32.28 
 
 		 136 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0320339 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  25.38 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  29.46 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  27.64 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0449  DoxX family protein  25.58 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  25.5 
 
 		 140 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  25.5 
 
 		 140 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  25.5 
 
 		 140 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  25.5 
 
 		 140 aa  41.6  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  25.5 
 
 		 140 aa  41.6  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5793  hypothetical protein  30.77 
 
 		 148 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  25.5 
 
 		 164 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  25.5 
 
 		 155 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  30.56 
 
 		 136 aa  41.2  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  25.5 
 
 		 164 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1295  DoxX family membrane protein  34.43 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174807  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1932  DoxX family protein  31.67 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.486729 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3973  DoxX family protein  30.47 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.72349 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  23.36 
 
 		 498 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.292337 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  24.62 
 
 		 152 aa  40.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  27.08 
 
 		 136 aa  40.4  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  31.54 
 
 		 143 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30674  predicted protein  30.07 
 
 		 166 aa  40.4  0.008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00120467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  27.64 
 
 		 144 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4280  hypothetical protein  25 
 
 		 128 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.92358  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>