117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2027 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  100 
 
 
406 aa  828  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  81.33 
 
 
407 aa  692  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  81.53 
 
 
406 aa  692  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  39.48 
 
 
416 aa  262  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  38.35 
 
 
397 aa  259  8e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  38.3 
 
 
412 aa  247  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  34.65 
 
 
408 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  34.23 
 
 
398 aa  213  5e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  32.15 
 
 
392 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  31.62 
 
 
393 aa  206  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  33.25 
 
 
395 aa  202  6e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  31.78 
 
 
444 aa  185  1e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  29.76 
 
 
420 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  29.74 
 
 
392 aa  168  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  28.46 
 
 
440 aa  163  6e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  30 
 
 
399 aa  162  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  28.08 
 
 
414 aa  156  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  28.08 
 
 
414 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  27.84 
 
 
423 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  29.86 
 
 
416 aa  147  4e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  27.4 
 
 
421 aa  147  4e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  27.53 
 
 
524 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  26.51 
 
 
426 aa  142  1e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  25.25 
 
 
408 aa  140  5e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  28.27 
 
 
409 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  28.64 
 
 
413 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.75865e-11 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  27.75 
 
 
434 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  6.79414e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  28.64 
 
 
413 aa  137  3e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  1.36411e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  28.84 
 
 
412 aa  136  6e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  27.99 
 
 
434 aa  136  7e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  28.39 
 
 
413 aa  136  7e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  26.9 
 
 
390 aa  136  7e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  26.13 
 
 
407 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  27.75 
 
 
408 aa  133  7e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  28.29 
 
 
384 aa  131  2e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  26.91 
 
 
389 aa  128  1e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  5.55494e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  26.42 
 
 
460 aa  128  2e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  28.57 
 
 
420 aa  122  1e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  27.25 
 
 
424 aa  120  4e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  26.42 
 
 
419 aa  118  2e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  27.05 
 
 
431 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  6.49364e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  24.18 
 
 
404 aa  115  2e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  25.06 
 
 
473 aa  115  2e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  25.36 
 
 
425 aa  114  4e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  25.36 
 
 
425 aa  114  4e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  25.36 
 
 
425 aa  114  4e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  27.87 
 
 
408 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  25.94 
 
 
429 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  26.78 
 
 
444 aa  112  1e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  25.12 
 
 
417 aa  112  1e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  26.55 
 
 
411 aa  112  1e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  24.36 
 
 
433 aa  110  4e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6128e-12 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.18 
 
 
428 aa  109  9e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  25.77 
 
 
407 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  25.97 
 
 
859 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  1.40812e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  25.97 
 
 
833 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  6.39413e-05 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  25.97 
 
 
833 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  25.13 
 
 
428 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  24.86 
 
 
417 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  29.25 
 
 
454 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  29.25 
 
 
454 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  23.4 
 
 
445 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  6.93474e-09 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  25.46 
 
 
401 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  25.12 
 
 
416 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  25.31 
 
 
416 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  23.8 
 
 
436 aa  99  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  23.8 
 
 
436 aa  99  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  25.89 
 
 
420 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  23.63 
 
 
414 aa  97.4  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  24.73 
 
 
434 aa  97.4  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  22.43 
 
 
544 aa  97.1  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  24.21 
 
 
455 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  22.66 
 
 
411 aa  92.4  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  23.82 
 
 
447 aa  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  23.81 
 
 
457 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  26.11 
 
 
441 aa  89.4  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  24.19 
 
 
432 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  23.51 
 
 
436 aa  87.8  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  25.13 
 
 
455 aa  85.1  2e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  24.93 
 
 
434 aa  85.1  2e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  26.42 
 
 
435 aa  85.5  2e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  23.55 
 
 
429 aa  83.2  8e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  23.04 
 
 
451 aa  80.5  6e-14  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  23.36 
 
 
409 aa  79.7  8e-14  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  24.75 
 
 
445 aa  76.3  9e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  24.66 
 
 
445 aa  76.3  9e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  22.49 
 
 
404 aa  75.9  1e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  23.73 
 
 
437 aa  73.2  7e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  23.67 
 
 
417 aa  70.1  6e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  25.45 
 
 
542 aa  67.4  5e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  22.69 
 
 
389 aa  65.9  1e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  22.69 
 
 
404 aa  65.5  1e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2238  phage portal protein, HK97 family  22.02 
 
 
389 aa  65.1  2e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0330088  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  24.73 
 
 
415 aa  63.9  5e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2901  HK97 family phage portal protein  23.31 
 
 
400 aa  62  2e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149993  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  19.2 
 
 
448 aa  62  2e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  23.75 
 
 
264 aa  61.2  3e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  19.54 
 
 
413 aa  60.5  6e-08  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5506  phage portal protein, HK97 family  21.41 
 
 
408 aa  59.3  1e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.709326  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  20.63 
 
 
413 aa  57.8  3e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>