263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1688 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1688  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  100 
 
 
240 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0654719  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1862  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  90 
 
 
240 aa  434  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0932459  normal  0.0318257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0131  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  55.16 
 
 
251 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.471911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1799  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  52.21 
 
 
232 aa  217  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.177098  normal  0.189047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1520  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.88 
 
 
232 aa  214  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.634391 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2044  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.23 
 
 
293 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0668079  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2128  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.84 
 
 
238 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.303572  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1044  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  49.78 
 
 
232 aa  208  5e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.197981  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0347  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.66 
 
 
231 aa  208  6e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.150562  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0433  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.17 
 
 
235 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4325  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.7 
 
 
235 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0387  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.64 
 
 
235 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4588  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.26 
 
 
235 aa  205  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0786  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.66 
 
 
241 aa  204  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.543978  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3540  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.05 
 
 
232 aa  204  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1518  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  49.33 
 
 
232 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.438965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0683  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  49.13 
 
 
235 aa  203  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4816  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.47 
 
 
236 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4774  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.56 
 
 
229 aa  202  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0333  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.54 
 
 
235 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.44706  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1753  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.21 
 
 
230 aa  199  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0340  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  51.33 
 
 
237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0196979  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2958  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  50.22 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1987  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.3 
 
 
245 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1094  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  49.77 
 
 
242 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.596439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2629  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.03 
 
 
236 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.168937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2920  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  48.1 
 
 
230 aa  193  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3989  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.44 
 
 
229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0195  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.93 
 
 
243 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0129  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.81 
 
 
241 aa  178  8e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0638289  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1404  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.72 
 
 
255 aa  177  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0072  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  49.12 
 
 
232 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.109683  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0357  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  47.12 
 
 
234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101317  normal  0.767481 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2353  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  42.36 
 
 
271 aa  171  7.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1728  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  43.13 
 
 
245 aa  171  9e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.229172 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0514  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  46.05 
 
 
243 aa  171  9e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.944181  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0645  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.36 
 
 
236 aa  168  7e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000274738  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1532  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.36 
 
 
236 aa  168  7e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2664  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.57 
 
 
235 aa  168  7e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2812  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.25 
 
 
232 aa  168  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.902845  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2403  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.43 
 
 
451 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1201  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.63 
 
 
236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0029  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.17 
 
 
244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1299  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.88 
 
 
249 aa  163  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2594  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  43.04 
 
 
234 aa  162  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0730  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.95 
 
 
234 aa  162  3e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000744541 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0025  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.17 
 
 
244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3960  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.3 
 
 
234 aa  161  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00328038  hitchhiker  0.000886746 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1676  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.52 
 
 
240 aa  160  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0684  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  40.83 
 
 
244 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000595201  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3908  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.3 
 
 
234 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1461  orotidine 5`-phosphate decarboxylase  39.91 
 
 
239 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.190153  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0054  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  44.16 
 
 
241 aa  158  7e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.668833  normal  0.533949 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2349  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.98 
 
 
237 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.872566 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02117  orotidine 5-phosphate decarboxylase  41.89 
 
 
232 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000184829  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0060  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  46.19 
 
 
234 aa  155  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.914028  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2797  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.06 
 
 
241 aa  155  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212231  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2761  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.91 
 
 
277 aa  154  9e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0923  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.47 
 
 
232 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.881435  normal  0.442892 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1067  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.47 
 
 
232 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1866  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.77 
 
 
241 aa  154  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1687  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.98 
 
 
245 aa  151  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.660624  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03614  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.11 
 
 
243 aa  151  8e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2315  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.61 
 
 
233 aa  150  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0273911  hitchhiker  0.000000348094 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0615  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  48.57 
 
 
232 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4196  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.33 
 
 
244 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02856  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.04 
 
 
233 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003024  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.91 
 
 
233 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000599953  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0480  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.63 
 
 
237 aa  149  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.900557  normal  0.346182 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1355  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  39.81 
 
 
239 aa  149  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000760656  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2066  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36 
 
 
239 aa  149  4e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0034827  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1407  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.57 
 
 
235 aa  149  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.853895  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1501  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.64 
 
 
231 aa  149  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000199252  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1335  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.89 
 
 
240 aa  148  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000805853 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2568  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.76 
 
 
249 aa  148  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000104068  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2068  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.43 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2463  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.19 
 
 
231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000296014  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2890  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.18 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0924  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.83 
 
 
238 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4051  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.34 
 
 
232 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1417  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40 
 
 
233 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.909746  normal  0.120698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1394  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.98 
 
 
233 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228607  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1380  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.17 
 
 
229 aa  143  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2225  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.39 
 
 
234 aa  143  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000264072  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3945  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  41.55 
 
 
227 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1757  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.33 
 
 
231 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0566904  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1815  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.98 
 
 
233 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.253653  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1376  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  37.17 
 
 
229 aa  142  5e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4055  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.43 
 
 
227 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3896  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.98 
 
 
233 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0903268 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11890  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  38.94 
 
 
236 aa  142  6e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000215744  normal  0.0186296 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3009  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40 
 
 
234 aa  142  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00223674  normal  0.753586 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1278  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  38.66 
 
 
239 aa  141  8e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0284  orotidine-5'-phosphate decarboxylase  37.95 
 
 
228 aa  141  9e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1547  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  39.82 
 
 
241 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.398737  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3220  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  38.64 
 
 
235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4088  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.55 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2339  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  40.99 
 
 
231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0256145  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1928  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  41.23 
 
 
231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128014  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0980  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  36.4 
 
 
231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0327269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>