More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1560 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1560  50S ribosomal protein L6  100 
 
 		 177 aa  353  1e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269274  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1379  50S ribosomal protein L6  93.22 
 
 		 177 aa  333  7.999999999999999e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3169  50S ribosomal protein L6  84.75 
 
 		 177 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2310  50S ribosomal protein L6  84.75 
 
 		 177 aa  311  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0792245  normal  0.18579 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3652  50S ribosomal protein L6  85.31 
 
 		 177 aa  310  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5055  50S ribosomal protein L6  84.75 
 
 		 177 aa  307  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.468069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3433  50S ribosomal protein L6  81.92 
 
 		 177 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.286607  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 		 177 aa  258  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2149  50S ribosomal protein L6  71.75 
 
 		 177 aa  257  7e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  256  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  71.19 
 
 		 177 aa  256  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  70.06 
 
 		 177 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  70.06 
 
 		 177 aa  252  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  68.93 
 
 		 177 aa  245  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  67.23 
 
 		 177 aa  244  4.9999999999999997e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  67.23 
 
 		 177 aa  244  4.9999999999999997e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0565  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  242  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4783  50S ribosomal protein L6  66.67 
 
 		 177 aa  241  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0251165  hitchhiker  0.0000000834141 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  65.54 
 
 		 177 aa  241  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  240  7e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  238  5e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  234  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2751  ribosomal protein L6  66.1 
 
 		 177 aa  231  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.22493  normal  0.2065 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  65.54 
 
 		 177 aa  231  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2519  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 		 177 aa  228  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  228  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  64.41 
 
 		 177 aa  228  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 		 177 aa  227  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1730  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00717993  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0376  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.667963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0269  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  226  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0431444  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0774  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.498464  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 		 177 aa  222  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 		 177 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0300  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.564979 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  60.45 
 
 		 177 aa  218  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1780  50S ribosomal protein L6P  61.02 
 
 		 177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0224285  normal  0.119374 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  214  4e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2673  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  209  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711819  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  207  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 175 aa  207  7e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 		 177 aa  206  9e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1264  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0989629  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 		 177 aa  205  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000121964  unclonable  0.00000000000281926 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  201  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000490691  hitchhiker  0.00000852439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000586968  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  0.00000101172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  197  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000965255  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000206818  hitchhiker  0.00000293736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000123092  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 		 177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 176 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000025349  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  52.81 
 
 		 178 aa  195  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000583709  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000387746  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  194  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 		 177 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0065  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000654167  hitchhiker  0.0000000000000139653 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 177 aa  191  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296356  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  191  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000131703  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  53.71 
 
 		 178 aa  191  5e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0185  50S ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  191  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000922994  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0099  50S ribosomal protein L6  54.29 
 
 		 178 aa  190  7e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.492804  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 176 aa  190  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  0.00000000908127 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000431714  unclonable  0.00000804298 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000805939  unclonable  0.00000000000307302 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  54.49 
 
 		 176 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000111848  decreased coverage  0.0000538106 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000600192  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 176 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  54.8 
 
 		 176 aa  188  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000427572  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000640948  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0499  50S ribosomal protein L6  48.59 
 
 		 177 aa  188  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000112242  normal  0.0683389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  53.67 
 
 		 177 aa  188  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000152303  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 		 177 aa  187  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000010053  hitchhiker  0.00000000158568 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  52 
 
 		 179 aa  187  5.999999999999999e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  187  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  0.0000000000152518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 177 aa  187  9e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3509  ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 177 aa  186  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000396017  hitchhiker  0.00000010719 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 174 aa  185  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  0.0000000000161683 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  52 
 
 		 178 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0342  50S ribosomal protein L6  53.11 
 
 		 174 aa  185  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.202734  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 176 aa  185  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000234587  hitchhiker  0.00000109608 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0075  50S ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 177 aa  185  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0536854  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  51.98 
 
 		 176 aa  185  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0616  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 177 aa  184  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.192934  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>