161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1364 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 782 aa  1608    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  30.97 
 
 		 721 aa  276  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  30.87 
 
 		 785 aa  261  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  26.98 
 
 		 653 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  28.88 
 
 		 575 aa  132  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  28.88 
 
 		 662 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  28.88 
 
 		 662 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  27.01 
 
 		 617 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  28.26 
 
 		 618 aa  129  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  26.49 
 
 		 617 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  30.49 
 
 		 652 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  30.49 
 
 		 652 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  30.49 
 
 		 652 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  30.28 
 
 		 556 aa  117  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  30.28 
 
 		 556 aa  117  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  30.28 
 
 		 556 aa  117  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  30.1 
 
 		 677 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  30.28 
 
 		 556 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  35.62 
 
 		 422 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  35.58 
 
 		 541 aa  110  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  35.58 
 
 		 541 aa  110  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  35.58 
 
 		 541 aa  110  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  35.58 
 
 		 541 aa  110  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  32.94 
 
 		 560 aa  108  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  26.84 
 
 		 551 aa  107  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  34.22 
 
 		 572 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  32.55 
 
 		 562 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  32.55 
 
 		 509 aa  105  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  37.33 
 
 		 548 aa  105  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  27.03 
 
 		 636 aa  102  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  29.03 
 
 		 595 aa  101  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  33.17 
 
 		 554 aa  99.4  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  28.25 
 
 		 547 aa  98.2  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  29.15 
 
 		 618 aa  97.8  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  29.15 
 
 		 618 aa  97.8  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  37.18 
 
 		 382 aa  97.4  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  29.51 
 
 		 670 aa  95.9  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  28.23 
 
 		 625 aa  94  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  31.19 
 
 		 611 aa  93.2  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  26.75 
 
 		 614 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  26.23 
 
 		 733 aa  90.5  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  30.04 
 
 		 599 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  30.04 
 
 		 599 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  26.33 
 
 		 552 aa  89.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  27.1 
 
 		 650 aa  89  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  27.59 
 
 		 480 aa  88.6  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  27.59 
 
 		 480 aa  88.6  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  36.08 
 
 		 542 aa  88.2  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  28.19 
 
 		 636 aa  88.2  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  30.24 
 
 		 481 aa  87.8  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  29.33 
 
 		 481 aa  86.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  31.58 
 
 		 536 aa  85.1  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  25.62 
 
 		 710 aa  85.5  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  30 
 
 		 902 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  24.51 
 
 		 550 aa  84.3  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.8 
 
 		 497 aa  84  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.8 
 
 		 497 aa  84  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.8 
 
 		 497 aa  84  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  26.2 
 
 		 900 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  27.3 
 
 		 630 aa  84  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  26.2 
 
 		 900 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3948  HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain protein  24.91 
 
 		 690 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  30.73 
 
 		 497 aa  82.4  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  29.41 
 
 		 616 aa  82  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  25.4 
 
 		 567 aa  81.6  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  26.58 
 
 		 561 aa  81.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  33.53 
 
 		 547 aa  80.9  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  34.44 
 
 		 626 aa  80.5  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  25.09 
 
 		 555 aa  80.5  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  26.28 
 
 		 740 aa  80.1  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.48 
 
 		 743 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  27.96 
 
 		 333 aa  79.3  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 810 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  28.74 
 
 		 649 aa  77.8  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  25.15 
 
 		 704 aa  77.4  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  25.13 
 
 		 640 aa  77.4  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  25.13 
 
 		 640 aa  77.4  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  24.93 
 
 		 640 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  26.01 
 
 		 468 aa  76.6  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  23.44 
 
 		 696 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  27.84 
 
 		 730 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  27.27 
 
 		 626 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  28.14 
 
 		 697 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06222  hypothetical protein  26.67 
 
 		 300 aa  72.8  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  23.43 
 
 		 721 aa  71.6  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  29.67 
 
 		 581 aa  71.2  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  25.09 
 
 		 560 aa  69.7  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  23.53 
 
 		 782 aa  68.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  25.86 
 
 		 774 aa  69.3  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  27.53 
 
 		 791 aa  68.6  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  22.41 
 
 		 640 aa  68.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  24.18 
 
 		 632 aa  67.4  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6966  hypothetical protein  27.04 
 
 		 728 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1873  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  23.87 
 
 		 447 aa  66.2  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.701975  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4359  integrase catalytic subunit  26.73 
 
 		 690 aa  66.6  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0178  hypothetical protein  28.28 
 
 		 659 aa  65.5  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00166978  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0284  hypothetical protein  28.28 
 
 		 659 aa  65.5  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  26.13 
 
 		 902 aa  65.1  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1495  integrase catalytic region  26.59 
 
 		 657 aa  63.9  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170756 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  24.11 
 
 		 677 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>