123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1350 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  740    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  51.34 
 
 		 352 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  48.62 
 
 		 359 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  33.33 
 
 		 365 aa  195  8.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  31.18 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  31.79 
 
 		 394 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  27.27 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.68 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  27.55 
 
 		 355 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  30.46 
 
 		 404 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  27.08 
 
 		 383 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  29.64 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.6 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  27.09 
 
 		 401 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  29.55 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  29.05 
 
 		 354 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  25.27 
 
 		 372 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  26.94 
 
 		 395 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 372 aa  94.4  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  26.23 
 
 		 342 aa  92.4  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  30.33 
 
 		 355 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.47 
 
 		 355 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  27.69 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  26.16 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  26.73 
 
 		 399 aa  89.4  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  25.5 
 
 		 367 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  25.73 
 
 		 370 aa  88.2  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  29.08 
 
 		 357 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  25.5 
 
 		 367 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  27.59 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  24.14 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  24.34 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  24.34 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  27.02 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  25.76 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  22.36 
 
 		 377 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  31.22 
 
 		 352 aa  68.9  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  29.32 
 
 		 270 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 410 aa  62.8  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  25.31 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  25.61 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  27.02 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  32.21 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4791  hypothetical protein  30 
 
 		 254 aa  57  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  23.71 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.11 
 
 		 373 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  22.49 
 
 		 355 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  22.09 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 396 aa  54.7  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  30.56 
 
 		 414 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  30.56 
 
 		 414 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  30.56 
 
 		 414 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  28.4 
 
 		 257 aa  53.5  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  24.1 
 
 		 347 aa  53.1  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  31.25 
 
 		 182 aa  53.1  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  33.58 
 
 		 283 aa  53.1  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  31.62 
 
 		 173 aa  52.8  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  23.05 
 
 		 386 aa  52.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  22.93 
 
 		 356 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  28.69 
 
 		 382 aa  52.4  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  29.03 
 
 		 175 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5156  hypothetical protein  30.68 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.40571  normal  0.261763 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  34.09 
 
 		 147 aa  50.8  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  31.13 
 
 		 393 aa  50.8  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  26.13 
 
 		 370 aa  50.4  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  35.79 
 
 		 302 aa  50.1  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  29.66 
 
 		 156 aa  49.3  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  35.38 
 
 		 129 aa  49.3  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  23.35 
 
 		 378 aa  48.9  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0887  hypothetical protein  30.84 
 
 		 168 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102968  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.69 
 
 		 350 aa  48.5  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1388  protein of unknown function DUF955  32.98 
 
 		 153 aa  48.1  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2215  hypothetical protein  30.91 
 
 		 171 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00779528  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  25.43 
 
 		 272 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  23.39 
 
 		 392 aa  47.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2781  hypothetical protein  32.18 
 
 		 291 aa  47.4  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.572225  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  23.12 
 
 		 273 aa  47.4  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6832  protein of unknown function DUF955  27.93 
 
 		 257 aa  47  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000166978  normal  0.022054 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 422 aa  47  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2477  protein of unknown function DUF955  28.07 
 
 		 384 aa  47  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.204932  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  23.9 
 
 		 385 aa  46.2  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4244  hypothetical protein  27.34 
 
 		 261 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  26.45 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2374  hypothetical protein  29.29 
 
 		 289 aa  45.8  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0852  hypothetical protein  39.39 
 
 		 224 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0868  hypothetical protein  39.39 
 
 		 224 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  23.31 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  32.54 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  25.6 
 
 		 255 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2878  hypothetical protein  28.85 
 
 		 271 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3186  hypothetical protein  30.23 
 
 		 295 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0229  hypothetical protein  28.85 
 
 		 271 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5181  hypothetical protein  30.23 
 
 		 295 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0229751 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  30.65 
 
 		 382 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0096  hypothetical protein  27.91 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  38.71 
 
 		 188 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  25 
 
 		 383 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>