163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1223 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0991  hypothetical protein  75.93 
 
 
811 aa  1206    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.95434 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1428  hypothetical protein  59.24 
 
 
718 aa  849    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3977  peptidoglycan binding domain-containing protein  61.83 
 
 
730 aa  886    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.618754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1407  peptidoglycan binding domain-containing protein  70.73 
 
 
716 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.281728  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1223  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 
775 aa  1583    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.213789  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6864  hypothetical protein  68.87 
 
 
702 aa  801    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.337654  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4668  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  58.77 
 
 
724 aa  839    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.257633  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2068  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.39 
 
 
672 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.494147  normal  0.689634 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.55 
 
 
629 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.294872 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0215  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.28 
 
 
670 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0141  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.76 
 
 
624 aa  306  6e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.764176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3150  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.64 
 
 
654 aa  305  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0340585 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2979  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.04 
 
 
648 aa  304  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.32051  normal  0.705599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2752  peptidoglycan binding domain-containing protein  39.42 
 
 
646 aa  300  7e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2875  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  39.18 
 
 
662 aa  296  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.929395  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2805  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.67 
 
 
674 aa  264  6e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.75853  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2095  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.66 
 
 
566 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.683622 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0096  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.95 
 
 
559 aa  253  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1895  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  31.48 
 
 
565 aa  246  1.9999999999999999e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0937127  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2470  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.34 
 
 
549 aa  239  2e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.238543  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1556  hypothetical protein  30.23 
 
 
661 aa  236  9e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1619  hypothetical protein  33.6 
 
 
536 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.193231 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2894  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.8 
 
 
560 aa  229  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0428751  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1218  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.14 
 
 
540 aa  228  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135115  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2893  hypothetical protein  30.44 
 
 
563 aa  228  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.724025  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1035  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.85 
 
 
544 aa  220  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2774  hypothetical protein  31.45 
 
 
546 aa  220  7e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.299675  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1416  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.45 
 
 
546 aa  220  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0941  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.9 
 
 
549 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2069  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.09 
 
 
560 aa  219  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.118953  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1075  hypothetical protein  31.95 
 
 
598 aa  218  4e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.023264  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2235  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.02 
 
 
637 aa  218  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.328672 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0206  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.43 
 
 
625 aa  216  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.350389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41210  petidoglycan binding protein  31.27 
 
 
530 aa  215  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.052034  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1575  hypothetical protein  31.8 
 
 
631 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00305451  normal  0.645388 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06430  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  29.46 
 
 
547 aa  212  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2224  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.06 
 
 
668 aa  211  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0952  cell wall degradation protein  29.92 
 
 
656 aa  211  5e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2142  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.63 
 
 
563 aa  211  6e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.79447  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2015  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  29.07 
 
 
636 aa  210  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3376  hypothetical protein  31.68 
 
 
537 aa  208  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.925793  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1790  hypothetical protein  31.03 
 
 
563 aa  207  5e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0313  hypothetical protein  30.02 
 
 
546 aa  207  6e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000890514 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1931  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.14 
 
 
556 aa  205  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0962  hypothetical protein  28.79 
 
 
572 aa  204  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.918601  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1789  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32 
 
 
571 aa  203  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.385253  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1003  hypothetical protein  29.74 
 
 
554 aa  197  8.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2145  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.65 
 
 
531 aa  196  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.535243  normal  0.625753 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1800  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.3 
 
 
549 aa  196  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.081998  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2171  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.41 
 
 
540 aa  196  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.388384  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1240  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.31 
 
 
535 aa  194  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.770213 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1936  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.53 
 
 
599 aa  189  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1899  hypothetical protein  28.77 
 
 
561 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.131383  hitchhiker  0.000892254 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2078  hypothetical protein  28.37 
 
 
614 aa  189  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142171  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3935  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.51 
 
 
534 aa  189  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0444109  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0008  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.85 
 
 
516 aa  188  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000297379 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1417  hypothetical protein  28.77 
 
 
568 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.118077  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3815  hypothetical protein  30.87 
 
 
540 aa  182  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3942  hypothetical protein  30.67 
 
 
557 aa  182  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1767  peptidoglycan binding domain-containing protein  26.77 
 
 
526 aa  180  8e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1418  hypothetical protein  27.56 
 
 
558 aa  180  1e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0511098  normal  0.206079 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2592  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.37 
 
 
543 aa  178  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000115115  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2320  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.26 
 
 
560 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1899  hypothetical protein  28.32 
 
 
571 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2331  hypothetical protein  28.69 
 
 
519 aa  176  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4967  hypothetical protein  28.81 
 
 
523 aa  176  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2392  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.26 
 
 
560 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.937016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1674  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.18 
 
 
560 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68179  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1781  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.36 
 
 
500 aa  173  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0274269 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0427  hypothetical protein  37.65 
 
 
499 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.198884  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3586  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.75 
 
 
525 aa  167  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1444  hypothetical protein  34.63 
 
 
607 aa  167  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.354174  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0041  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  26.18 
 
 
506 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0945132  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1060  hypothetical protein  34.68 
 
 
616 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2478  hitchhiker  0.00110354 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1028  hypothetical protein  34.58 
 
 
615 aa  165  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0304813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1110  hypothetical protein  34.58 
 
 
615 aa  165  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360324  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1001  hypothetical protein  34.58 
 
 
615 aa  165  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.040014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1093  hypothetical protein  34.58 
 
 
606 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.565365  normal  0.428912 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2903  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.2 
 
 
399 aa  163  9e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000818135 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0148  peptidoglycan binding domain-containing protein  29 
 
 
533 aa  162  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246711  normal  0.747742 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1086  hypothetical protein  34.34 
 
 
611 aa  159  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0169645  normal  0.732672 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00929  predicted carboxypeptidase  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2718  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.51298  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2393  hypothetical protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.840289  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00936  hypothetical protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.653767  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1032  hypothetical protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1024  hypothetical protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0600131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2671  hypothetical protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.370742  normal  0.102738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2195  hypothetical protein  34.34 
 
 
615 aa  159  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.555237  normal  0.324858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0166  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29 
 
 
533 aa  158  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2377  hypothetical protein  33 
 
 
483 aa  154  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316864  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2008  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.9 
 
 
434 aa  154  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1223  hypothetical protein  36.07 
 
 
318 aa  154  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02710  hypothetical protein  27.74 
 
 
530 aa  153  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1660  hypothetical protein  32.2 
 
 
563 aa  152  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1632  hypothetical protein  25.82 
 
 
564 aa  152  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1328  hypothetical protein  27.14 
 
 
539 aa  147  6e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2052  hypothetical protein  30.73 
 
 
575 aa  147  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183791  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0887  hypothetical protein  27.38 
 
 
524 aa  146  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00102683  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003127  L,D-transpeptidase YcbB  28.05 
 
 
513 aa  146  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00544147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>