38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1054 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0538  lipopolysaccharide biosynthesis protein  86.92 
 
 
734 aa  1303  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.644164 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1054  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
734 aa  1509  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393158  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  51.74 
 
 
955 aa  382  1e-104  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0042  polysaccharide biosynthesis protein  46.89 
 
 
383 aa  350  5e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0519  hypothetical protein  45.43 
 
 
686 aa  349  1e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414817  normal  0.208211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6326  glycosyl transferase group 1  48.99 
 
 
787 aa  340  6e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2105  polysaccharide biosynthesis protein  45.35 
 
 
363 aa  328  2e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03177  hypothetical protein  45.17 
 
 
695 aa  327  4e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0713638  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0320  methyltransferase type 11  42.49 
 
 
1082 aa  326  1e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3234  polysaccharide biosynthesis protein  45.71 
 
 
377 aa  314  5e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2346  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  42.74 
 
 
368 aa  304  3e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0615  glycosyl transferase, group 1  44.51 
 
 
1247 aa  304  5e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00376413  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2479  glycosyl transferase family protein  44.32 
 
 
882 aa  299  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.524105  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3246  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  44.73 
 
 
358 aa  299  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0128  glycosyl transferase family 2  44.41 
 
 
1077 aa  297  4e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2561  glycosyl transferase, group 2 family protein  40.79 
 
 
957 aa  288  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3385  Radical SAM domain protein  41.95 
 
 
843 aa  283  6e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1508  hypothetical protein  40.33 
 
 
381 aa  280  8e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.261269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0319  hypothetical protein  40.8 
 
 
358 aa  271  2e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0298  hypothetical protein  40.96 
 
 
358 aa  270  5e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0334  hypothetical protein  41.19 
 
 
358 aa  269  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0304  hypothetical protein  40.46 
 
 
358 aa  268  3e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0253  hypothetical protein  40.34 
 
 
358 aa  261  4e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3918  hypothetical protein  41.14 
 
 
751 aa  256  9e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4087  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like  41.14 
 
 
751 aa  256  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.885758  normal  0.378221 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3583  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  42.54 
 
 
357 aa  252  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.445439  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2554  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  38.95 
 
 
364 aa  244  6e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0700  hypothetical protein  35.07 
 
 
366 aa  238  3e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1198  WbwX  34.17 
 
 
361 aa  237  5e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.696944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0273  hypothetical protein  38.89 
 
 
317 aa  228  5e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.798634  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0259  hypothetical protein  38.89 
 
 
317 aa  228  5e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1412  tetratricopeptide TPR_2  29.46 
 
 
372 aa  177  8e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0237532 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2508  hypothetical protein  27.44 
 
 
381 aa  99.8  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  1.56846e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2521  hypothetical protein  27.18 
 
 
381 aa  98.2  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  5.40402e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4007  polysaccharide biosynthesis protein  52.17 
 
 
47 aa  56.2  2e-06  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3007  hypothetical protein  22.22 
 
 
576 aa  52.8  2e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3361  hypothetical protein  24.64 
 
 
355 aa  48.1  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.148862 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3365  hypothetical protein  27.59 
 
 
348 aa  44.7  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.792231  normal  0.845884 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>