More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0906 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  100 
 
 		 449 aa  898    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.33 
 
 		 419 aa  243  5e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.74 
 
 		 419 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.45 
 
 		 428 aa  232  9e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  38.29 
 
 		 489 aa  230  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.02 
 
 		 430 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.51 
 
 		 404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.51 
 
 		 430 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  38.56 
 
 		 493 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  34.61 
 
 		 405 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  34.99 
 
 		 407 aa  212  9e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  35.29 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  33.57 
 
 		 403 aa  207  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  31.81 
 
 		 412 aa  204  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  33.26 
 
 		 398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 432 aa  199  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  34.77 
 
 		 446 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 471 aa  196  8.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  32.01 
 
 		 429 aa  196  8.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  33.5 
 
 		 413 aa  193  4e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.5 
 
 		 430 aa  193  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 416 aa  189  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  31.85 
 
 		 446 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 444 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 429 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  34.29 
 
 		 418 aa  183  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  33.41 
 
 		 430 aa  182  9.000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 442 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  31.28 
 
 		 394 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 390 aa  174  2.9999999999999996e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.46 
 
 		 419 aa  172  9e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.3 
 
 		 465 aa  172  9e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  32.82 
 
 		 434 aa  172  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.31 
 
 		 409 aa  171  3e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.25 
 
 		 429 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.57 
 
 		 424 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  37.75 
 
 		 433 aa  156  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.55 
 
 		 466 aa  156  8e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 466 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 455 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.2 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 400 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 505 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 		 411 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  28.67 
 
 		 417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  27.01 
 
 		 456 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 384 aa  130  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  28.05 
 
 		 455 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  28.34 
 
 		 408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  24.45 
 
 		 394 aa  128  3e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.25 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  26.79 
 
 		 464 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 393 aa  123  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 		 396 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.44 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  31.25 
 
 		 424 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.36 
 
 		 371 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.36 
 
 		 371 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.36 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.36 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.36 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.36 
 
 		 371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  25.68 
 
 		 390 aa  120  6e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.36 
 
 		 371 aa  120  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  25.67 
 
 		 390 aa  120  6e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 500 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  27.88 
 
 		 397 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.82 
 
 		 371 aa  119  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 416 aa  119  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  27.73 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 416 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  29.08 
 
 		 569 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  26.3 
 
 		 383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 416 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 416 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 		 453 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 409 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 415 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 410 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 504 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  24.94 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0449485  normal  0.0115764 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 509 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  30.03 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 410 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  32.78 
 
 		 352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  27.87 
 
 		 382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.34 
 
 		 432 aa  110  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  28.17 
 
 		 421 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  28.41 
 
 		 405 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>