48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0800 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  54.67 
 
 		 80 aa  85.5  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  53.85 
 
 		 80 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.79 
 
 		 80 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  57.33 
 
 		 81 aa  82  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 81 aa  81.3  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 85 aa  79.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 92 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 85 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 85 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 78 aa  66.6  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 82 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  56.36 
 
 		 85 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 77 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 77 aa  62.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 84 aa  62  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  42.19 
 
 		 85 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  46.38 
 
 		 84 aa  58.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 85 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 188 aa  50.8  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3955  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8757  putative transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 414 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5908  helix-turn-helix domain protein  34.09 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.84632  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2989  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6329  putative transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 407 aa  42  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.523133 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4563  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 169 aa  41.6  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 109 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1926  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 82 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.616703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2018  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.97795  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 513 aa  40.4  0.007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0970  hypothetical protein  47.62 
 
 		 79 aa  40.8  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>