123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0648 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0648  NnrS  100 
 
 
393 aa  741    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.86713  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0557  NnrS  81.17 
 
 
402 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.042435  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0283  hypothetical protein  45 
 
 
413 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0259  hypothetical protein  45 
 
 
413 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2901  NnrS family protein  43.24 
 
 
414 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.81186  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1006  NnrS family protein  49.33 
 
 
389 aa  268  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0347076  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1673  NnrS family protein  45.38 
 
 
408 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496066  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2303  hypothetical protein  49.09 
 
 
432 aa  266  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4275  NnrS  45.76 
 
 
401 aa  265  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3859  NnrS family protein  46.84 
 
 
391 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4230  NnrS family protein  46.19 
 
 
404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1524  NnrS family protein  44.24 
 
 
394 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3791  NnrS  44.7 
 
 
409 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.527545  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6821  putative membrane protein, NnrS-like protein  40.72 
 
 
403 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1235  NnrS  46.22 
 
 
403 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00575591  unclonable  0.0000000301222 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6279  NnrS family protein  43.78 
 
 
403 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal  0.20499 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2105  NnrS family protein  43.12 
 
 
392 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0196977  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0307  NnrS family protein  42.89 
 
 
390 aa  233  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.799454  normal  0.0277833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5672  NnrS family protein  44.62 
 
 
392 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4037  NnrS  43.95 
 
 
408 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2574  NnrS family protein  43.4 
 
 
392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00111099  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0102  hypothetical protein  38.46 
 
 
418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.139814  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0967  NnrS family protein  42.48 
 
 
397 aa  209  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1119  NnrS  44.7 
 
 
396 aa  202  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1410  NnrS-like protein  37.6 
 
 
399 aa  192  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.124987  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2587  NnrS family protein  38.32 
 
 
390 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.16699  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2805  hypothetical protein  37.06 
 
 
390 aa  188  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1973  NnrS family protein  43.11 
 
 
397 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3970  NnrS family protein  38.01 
 
 
398 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0693479 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1409  hypothetical protein  39.35 
 
 
424 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.922088  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0227  NnrS family protein  38.79 
 
 
390 aa  184  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2322  NnrS family protein  37.31 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000140024  normal  0.965133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0328  hypothetical protein  42.56 
 
 
397 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1910  hypothetical protein  34.43 
 
 
414 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4283  hypothetical protein  36.57 
 
 
401 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1680  NnrS family protein  36.93 
 
 
390 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2876  NnrS family protein  33.25 
 
 
406 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  hitchhiker  0.00000000207371 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2677  NnrS family protein  36.43 
 
 
390 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0244063 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1665  NnrS family protein  36.43 
 
 
390 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410131  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03317  hypothetical protein  34.62 
 
 
406 aa  173  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0630  Heme/copper membrane protein of NnrS family protein  31.53 
 
 
394 aa  172  7.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4727  NnrS  38.64 
 
 
398 aa  170  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2607  NnrS family protein  37.73 
 
 
395 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002671  NnrS protein  35.14 
 
 
394 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1702  NnrS family protein  36.68 
 
 
390 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.591488  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03874  Heme/copper membrane protein  32.83 
 
 
400 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3473  NnrS  34.07 
 
 
422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3182  NnrS family protein  37.79 
 
 
396 aa  162  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827588  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3037  NnrS family protein  33.66 
 
 
403 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.226927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1884  NnrS  37.47 
 
 
401 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0526931  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3582  NnrS family protein  40.8 
 
 
391 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.936992  normal  0.528809 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3145  NnrS family protein  35.95 
 
 
394 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0163982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1798  hypothetical protein  37.08 
 
 
406 aa  153  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.425687  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2425  NnrS family protein  38.04 
 
 
390 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.194019  normal  0.204544 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2495  NnrS family protein  38.04 
 
 
390 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal  0.0503888 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2398  hypothetical protein  35.75 
 
 
398 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2891  hypothetical protein  35.75 
 
 
398 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00927369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1711  hypothetical protein  35.75 
 
 
398 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0614  hypothetical protein  35.75 
 
 
406 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1227  NnrS family protein  32.59 
 
 
403 aa  152  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25611  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2336  NnrS family protein  36.58 
 
 
401 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00114269  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0720  putative heme-Cu membrane protein (NnrS)  32.39 
 
 
393 aa  152  8.999999999999999e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2847  NnrS family protein  36.58 
 
 
401 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2849  NnrS family protein  35.34 
 
 
393 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0687  NnrS family protein  32.84 
 
 
403 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0504  NnrS family protein  34.22 
 
 
403 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1475  NnrS family protein  36.15 
 
 
399 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4289  NnrS  32.63 
 
 
388 aa  149  8e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0765  NnrS family protein  28.99 
 
 
409 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.960663  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1288  hypothetical protein  36.07 
 
 
389 aa  145  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0467877  normal  0.017488 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2759  hypothetical protein  35.81 
 
 
398 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2821  Heme/copper membrane protein  35.81 
 
 
398 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2701  heme/copper membrane protein  35.81 
 
 
398 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2940  NnrS family protein  35.75 
 
 
393 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1515  NnrS family protein  33.42 
 
 
409 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.329363  normal  0.0719715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2840  NnrS family protein  35.73 
 
 
393 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250907  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2168  NnrS  35.47 
 
 
384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2159  NnrS family protein  39.63 
 
 
398 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0400909  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4999  NnrS  35.62 
 
 
405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.441301  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2322  NnrS family protein  35.28 
 
 
400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138032  normal  0.897473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2560  NnrS family protein  34.75 
 
 
397 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.12013  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2830  hypothetical protein  34.99 
 
 
409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.884704  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2837  NnrS  32.35 
 
 
403 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0722604  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5307  putative heme/copper membrane protein  32.75 
 
 
401 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0853882  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2741  hypothetical protein  33.59 
 
 
442 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.300362  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2683  hypothetical protein  33.85 
 
 
407 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2807  Heme/copper membrane protein  33.85 
 
 
407 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.817552  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0630  hypothetical protein  33.85 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0446034  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2382  hypothetical protein  33.85 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.863987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2905  hypothetical protein  33.85 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3603  NnrS family protein  30.14 
 
 
403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.147714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2362  NnrS family protein  28.25 
 
 
403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000703097  decreased coverage  0.0000273343 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1810  hypothetical protein  34.32 
 
 
407 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.427105  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0849  putative ATP synthase F0, A subunit  31.06 
 
 
428 aa  129  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0918  NnrS  53.25 
 
 
229 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.948629  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1465  NnrS family protein  34.2 
 
 
409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.185105  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2181  NnrS  31.75 
 
 
385 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29660  hypothetical protein  37.02 
 
 
397 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0686  NnrS family protein  32.91 
 
 
431 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2537  hypothetical protein  35.57 
 
 
388 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>