More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0555 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0464  dihydroorotate dehydrogenase 2  92.29 
 
 
364 aa  678    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0555  dihydroorotate dehydrogenase 2  100 
 
 
364 aa  724    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0793  dihydroorotate dehydrogenase 2  84.3 
 
 
364 aa  624  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.01088 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0755  dihydroorotate dehydrogenase 2  84.3 
 
 
364 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.263292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4622  dihydroorotate dehydrogenase 2  82.37 
 
 
364 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0788  dihydroorotate dehydrogenase 2  80.99 
 
 
364 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.564423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0865  dihydroorotate dehydrogenase 2  80.72 
 
 
364 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207108  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3807  dihydroorotate dehydrogenase  61.99 
 
 
374 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0649715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2382  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.97 
 
 
358 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.76 
 
 
358 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.69 
 
 
358 aa  376  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0121785 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1068  dihydroorotate oxidase  56.82 
 
 
361 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.108109 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0547  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.68 
 
 
358 aa  358  8e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.110484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4535  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.18 
 
 
359 aa  352  5e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.764504  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0311  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.25 
 
 
364 aa  348  8e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0325  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.25 
 
 
364 aa  348  8e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0586  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.42 
 
 
363 aa  340  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0404  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.7 
 
 
364 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.15486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0437  dihydroorotate dehydrogenase  53.98 
 
 
348 aa  338  7e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.39 
 
 
362 aa  338  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0222  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.28 
 
 
362 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0056  dihydroorotate dehydrogenase 2  50 
 
 
357 aa  322  7e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.183663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0388  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.59 
 
 
354 aa  322  9.000000000000001e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3258  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.58 
 
 
359 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0161  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.57 
 
 
362 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46747  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0094  dihydroorotate dehydrogenase 2  49 
 
 
363 aa  317  3e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.71 
 
 
349 aa  313  2.9999999999999996e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2963  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.32 
 
 
348 aa  311  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.013734 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2920  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.08 
 
 
356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.818371 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1550  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.96 
 
 
352 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  0.477736 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0293  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.51 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_13090  dihydroorotate dehydrogenase  48.47 
 
 
384 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.00338155 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0514  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.86 
 
 
367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.72272  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0847  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.29 
 
 
352 aa  296  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.211753  normal  0.196757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3012  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.55 
 
 
355 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294679  normal  0.208267 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0957  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.35 
 
 
354 aa  288  7e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.35 
 
 
354 aa  288  7e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1239  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.23 
 
 
355 aa  287  2e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0680  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.11 
 
 
356 aa  287  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.233007 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2471  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.37 
 
 
363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.325849  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0518  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.38 
 
 
343 aa  283  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.565795 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2884  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.81 
 
 
352 aa  275  8e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.604119  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1961  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.4 
 
 
354 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.779789  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2593  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.72 
 
 
335 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144879  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5856  dihydroorotate dehydrogenase  45.01 
 
 
349 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0019  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.89 
 
 
360 aa  273  5.000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.146471  normal  0.113107 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0179  dihydroorotate dehydrogenase  42.98 
 
 
348 aa  272  6e-72  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48900  predicted protein  43.01 
 
 
456 aa  270  2.9999999999999997e-71  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2166  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.4 
 
 
348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.684778  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2144  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.62 
 
 
354 aa  269  5.9999999999999995e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3190  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.38 
 
 
343 aa  268  8e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.924979  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2706  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.08 
 
 
349 aa  268  8.999999999999999e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2701  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.11 
 
 
361 aa  267  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0506  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.43 
 
 
337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08446  dihydroorotate dehydrogenase  43.15 
 
 
339 aa  267  2.9999999999999995e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2662  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.29 
 
 
364 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.545588  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0934  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.67 
 
 
344 aa  266  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1157  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.3 
 
 
357 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2220  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.99 
 
 
339 aa  266  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2566  dihydroorotate dehydrogenase 2  46 
 
 
364 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.06304  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0178  dihydroorotate dehydrogenase 2  39.83 
 
 
350 aa  263  3e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1294  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.43 
 
 
364 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2194  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.34 
 
 
339 aa  261  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2644  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.81 
 
 
336 aa  259  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178452  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0211  dihydroorotate oxidase  44.24 
 
 
342 aa  259  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.203581  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1984  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.81 
 
 
336 aa  259  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0981  dihydroorotate dehydrogenase  45.2 
 
 
357 aa  259  4e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2555  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.81 
 
 
336 aa  259  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.982288  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2210  dihydroorotate dehydrogenase 2  40.35 
 
 
344 aa  259  7e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.229719  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2432  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.62 
 
 
339 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1912  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.62 
 
 
339 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.103041  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2264  dihydroorotate dehydrogenase  45.13 
 
 
363 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125418  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1911  Dihydroorotate oxidase  45.13 
 
 
363 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0409  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.49 
 
 
336 aa  257  2e-67  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.845411  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2552  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.62 
 
 
339 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.050028 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1740  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.54 
 
 
336 aa  257  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0560923  normal  0.0257615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1266  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.18 
 
 
344 aa  257  3e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.568421 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2439  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.32 
 
 
339 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0500  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.07 
 
 
361 aa  256  5e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.814965  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1785  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.29 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1681  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.04 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0429717  normal  0.0725537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1756  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.04 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.341837  normal  0.144271 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1016  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.26 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845277  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1133  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.26 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000040512  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1120  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.26 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00333644  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1646  dihydroorotate dehydrogenase  43.84 
 
 
335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.353277  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1099  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.26 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000085324  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1101  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.25 
 
 
344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1167  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.26 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0101504  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.04 
 
 
339 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287133  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1457  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.43 
 
 
336 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1784  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.29 
 
 
333 aa  253  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1284  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.25 
 
 
344 aa  253  3e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.718117  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1876  dihydroorotate dehydrogenase  42.09 
 
 
363 aa  253  5.000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.821309  normal  0.481638 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2592  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.62 
 
 
339 aa  252  7e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2437  dihydroorotate oxidase  44.97 
 
 
367 aa  252  8.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.131988 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5166  dihydroorotate dehydrogenase  44.07 
 
 
356 aa  251  1e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2299  dihydroorotate oxidase  42.04 
 
 
336 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.189088  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1098  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.56 
 
 
336 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.730125  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0940  dihydroorotate dehydrogenase 2  37.54 
 
 
350 aa  251  2e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.365408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>