More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0501 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0501  patatin  100 
 
 
293 aa  593  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4579  patatin  54.74 
 
 
291 aa  317  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5145  Patatin  48.57 
 
 
294 aa  276  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.270207  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2789  patatin  46.69 
 
 
308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4457  patatin  45.39 
 
 
312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0221  hypothetical protein  46.67 
 
 
303 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4898  putative patatin-like phospholipase  45.07 
 
 
313 aa  252  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0432192 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0065  Patatin  47.18 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0073  Patatin  46.83 
 
 
306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.568339 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4848  patatin  41.04 
 
 
290 aa  205  6e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.939066 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2085  patatin  45.28 
 
 
314 aa  202  5e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4645  patatin  42.18 
 
 
310 aa  201  9e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0074  Patatin  36.33 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4153  Patatin  31.75 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279461  normal  0.153113 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2781  Patatin  35.16 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.874776  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2490  Patatin  32 
 
 
294 aa  112  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4861  patatin  32.89 
 
 
332 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2892  patatin  38.95 
 
 
320 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.679989  normal  0.123114 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7395  patatin  31.23 
 
 
277 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2488  Patatin  27.84 
 
 
262 aa  97.8  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3973  phospholipase, putative  30.67 
 
 
263 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533695  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4039  phospholipase, patatin family  30.67 
 
 
263 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000244848  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2084  Patatin  34.24 
 
 
250 aa  94  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1896  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2157  patatin  28.1 
 
 
257 aa  94  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0732494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  35.59 
 
 
304 aa  94  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3686  patatin-like phospholipase  29.83 
 
 
263 aa  92.8  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1682  Patatin  33.13 
 
 
317 aa  92.4  7e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.776672  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6465  patatin  29.88 
 
 
286 aa  92.4  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3754  patatin  30.25 
 
 
263 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.517458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3839  phospholipase  29.41 
 
 
263 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.756458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3669  patatin-like phospholipase  29.41 
 
 
263 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0414578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  32.58 
 
 
301 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  31.66 
 
 
323 aa  91.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4137  phospholipase  29.41 
 
 
263 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.866358  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  34.1 
 
 
315 aa  91.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3942  phospholipase, patatin family  29.41 
 
 
263 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4028  phospholipase, patatin family  29.83 
 
 
263 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0568187  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0765  phospholipase, putative  27.38 
 
 
272 aa  90.9  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.557245  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1471  patatin  28.37 
 
 
733 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553855  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2396  patatin  29.49 
 
 
333 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.950411  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1211  phospholipase, patatin family  29.41 
 
 
263 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000104019  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  32.02 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1562  Patatin  29.03 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0111383  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0887  patatin  30.37 
 
 
741 aa  87.4  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1467  Patatin  29.03 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1467  patatin  28.88 
 
 
311 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1691  patatin  28.93 
 
 
318 aa  87.8  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0958  patatin family protein  30.85 
 
 
303 aa  87.4  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1816  patatin  25.69 
 
 
728 aa  87  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10170  Patatin  30.48 
 
 
260 aa  86.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794259  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  32.98 
 
 
305 aa  86.3  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  29.61 
 
 
300 aa  85.9  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  28.06 
 
 
293 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0262  Patatin  31.35 
 
 
276 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.129262  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2630  patatin  28.99 
 
 
263 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000390545  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  34.83 
 
 
368 aa  85.1  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  27.63 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3827  Patatin  30.94 
 
 
253 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306968  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1178  lipoprotein transmembrane  26.67 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0068369  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3803  patatin  27.92 
 
 
727 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.799265  hitchhiker  0.00000293733 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4059  patatin  27.1 
 
 
276 aa  82.4  0.000000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.447897  normal  0.0897781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  24.22 
 
 
301 aa  82.4  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0176  Patatin  30.65 
 
 
327 aa  82.4  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000373316  decreased coverage  0.00000313207 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  32.77 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  32.77 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  33.33 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  32.22 
 
 
341 aa  81.6  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0301  hypothetical protein  30.48 
 
 
259 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714292  unclonable  0.000000738191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  31.07 
 
 
301 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  31.07 
 
 
301 aa  81.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  33.33 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  31.07 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  31.07 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4514  patatin  27.92 
 
 
751 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1338  Patatin  30 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  32.76 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  31.07 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000191972 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  31.07 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2119  Patatin  31.96 
 
 
265 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000166594  decreased coverage  0.00184806 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  31.07 
 
 
301 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  32.4 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2824  Patatin  31.18 
 
 
357 aa  80.9  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.701199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  31.07 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  31.07 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3682  patatin  26.17 
 
 
276 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4020  patatin  27.56 
 
 
728 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0160946 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4740  Patatin  27.62 
 
 
252 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22400  Patatin  32.04 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1397  patatin  27.56 
 
 
728 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  32.2 
 
 
354 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1022  patatin-like phospholipase family protein  35.59 
 
 
285 aa  80.1  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.128561  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0303  patatin  28.5 
 
 
314 aa  79.3  0.00000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0052982  hitchhiker  0.00220393 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0430  patatin-like phospholipase  27.03 
 
 
753 aa  79.7  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.622197  normal  0.410505 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1174  patatin  29.94 
 
 
287 aa  79.3  0.00000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1232  patatin  31.03 
 
 
301 aa  79  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.288587  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0898  hypothetical protein  30.21 
 
 
263 aa  78.6  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1021  Patatin  26.67 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000453292  normal  0.111336 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1113  Patatin  26.67 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.344867  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5919  hypothetical protein  26.62 
 
 
750 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.502789  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  33.12 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>