208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0423 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
692 aa  1397  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  67.04 
 
 
662 aa  870  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  64.87 
 
 
689 aa  850  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  62.73 
 
 
661 aa  845  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  57.21 
 
 
598 aa  701  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  78.83 
 
 
674 aa  1019  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  45.43 
 
 
710 aa  527  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  42.46 
 
 
693 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  40.82 
 
 
680 aa  459  1e-128  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  41.37 
 
 
724 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  41.28 
 
 
670 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  40.58 
 
 
665 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  40.97 
 
 
703 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  40.28 
 
 
708 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  40.45 
 
 
703 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  40.86 
 
 
703 aa  408  1e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  46.38 
 
 
498 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  2.30615e-14  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  45.89 
 
 
446 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  46.38 
 
 
498 aa  378  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  45.45 
 
 
462 aa  378  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  44.93 
 
 
501 aa  360  3e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  44.08 
 
 
492 aa  345  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  43.34 
 
 
482 aa  340  5e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  43.34 
 
 
482 aa  340  5e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  43.34 
 
 
476 aa  339  1e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  41.53 
 
 
494 aa  333  7e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  43.12 
 
 
437 aa  326  7e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  41.4 
 
 
482 aa  326  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  1.49961e-10 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  37.99 
 
 
499 aa  320  5e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  37.13 
 
 
458 aa  297  5e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  36.28 
 
 
471 aa  277  5e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.16 
 
 
490 aa  276  7e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  36.3 
 
 
472 aa  267  5e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38.97 
 
 
478 aa  264  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  30.24 
 
 
471 aa  184  4e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  30.24 
 
 
473 aa  183  8e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  4.21873e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  36.02 
 
 
559 aa  110  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  35.92 
 
 
237 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  34.82 
 
 
240 aa  108  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  34.55 
 
 
452 aa  107  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  32.09 
 
 
232 aa  107  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  34.82 
 
 
240 aa  106  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  37.1 
 
 
562 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  34.32 
 
 
237 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  34.54 
 
 
251 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.79 
 
 
236 aa  101  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  35.22 
 
 
453 aa  100  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  35.12 
 
 
236 aa  100  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  34.82 
 
 
561 aa  99.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  34 
 
 
254 aa  97.8  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  32.34 
 
 
240 aa  97.4  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.93 
 
 
255 aa  97.4  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  31.9 
 
 
571 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  35.91 
 
 
254 aa  95.9  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  30.7 
 
 
225 aa  95.5  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  29.87 
 
 
230 aa  95.1  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.62 
 
 
236 aa  94.7  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  29.87 
 
 
230 aa  95.1  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  29.7 
 
 
261 aa  94.7  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  33.84 
 
 
236 aa  94.4  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  32.24 
 
 
248 aa  93.2  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  31.58 
 
 
238 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  31.94 
 
 
250 aa  92.8  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.16 
 
 
243 aa  92  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  35.21 
 
 
245 aa  92  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  33.33 
 
 
242 aa  91.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  30.83 
 
 
258 aa  91.3  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  33.97 
 
 
243 aa  91.3  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  33.03 
 
 
243 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  31.3 
 
 
997 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  35.27 
 
 
447 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  33.9 
 
 
245 aa  88.6  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  36.78 
 
 
449 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  34.01 
 
 
449 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  32.34 
 
 
241 aa  88.2  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  30.6 
 
 
229 aa  86.7  1e-15  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.42 
 
 
207 aa  86.7  1e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  30.74 
 
 
237 aa  87  1e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  32.57 
 
 
250 aa  87  1e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  33.64 
 
 
207 aa  86.3  2e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  32.43 
 
 
238 aa  85.9  2e-15  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  28.37 
 
 
229 aa  85.5  3e-15  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  32.66 
 
 
207 aa  85.5  3e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  34.48 
 
 
248 aa  85.1  4e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  32.04 
 
 
244 aa  84.7  5e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  33.66 
 
 
241 aa  84.3  6e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  30.94 
 
 
570 aa  84  8e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  32.07 
 
 
570 aa  84  9e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  32.37 
 
 
193 aa  83.2  1e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  28.29 
 
 
228 aa  83.6  1e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.92 
 
 
578 aa  82.8  2e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  30.24 
 
 
228 aa  82.8  2e-14  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  35.75 
 
 
219 aa  82.4  3e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  32.59 
 
 
209 aa  82  3e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  32.68 
 
 
207 aa  81.6  4e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  29.95 
 
 
228 aa  81.6  4e-14  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.84 
 
 
246 aa  80.5  9e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.04 
 
 
239 aa  79.7  2e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  33.16 
 
 
212 aa  79.3  2e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  30.74 
 
 
255 aa  79.7  2e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>