188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0239 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  100 
 
 
452 aa  900  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  74.89 
 
 
453 aa  646  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  62.77 
 
 
447 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  61.04 
 
 
449 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  59.27 
 
 
449 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  60.04 
 
 
454 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  40.58 
 
 
206 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  37.45 
 
 
251 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  40.27 
 
 
240 aa  123  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  40.71 
 
 
240 aa  123  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  38.03 
 
 
261 aa  122  2e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  42.51 
 
 
206 aa  121  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  41.55 
 
 
207 aa  119  1e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  36.5 
 
 
258 aa  119  1e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  40.28 
 
 
207 aa  118  2e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  41.55 
 
 
207 aa  118  2e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  29.57 
 
 
997 aa  116  8e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  39.13 
 
 
207 aa  116  9e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  39.42 
 
 
207 aa  115  1e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  40.39 
 
 
236 aa  114  2e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  41.24 
 
 
245 aa  113  7e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4374  putative outer-membrane protein  37.96 
 
 
248 aa  112  1e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0950016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  35.59 
 
 
243 aa  112  2e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2145  outer membrane protein  38.33 
 
 
274 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.225218  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  37.14 
 
 
225 aa  110  4e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  38.74 
 
 
248 aa  110  4e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  36.9 
 
 
237 aa  109  9e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  37.5 
 
 
247 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  37.02 
 
 
250 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  39.18 
 
 
236 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  39.42 
 
 
212 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  39.33 
 
 
245 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  34.91 
 
 
242 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  38.71 
 
 
241 aa  104  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  35.11 
 
 
254 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  37.07 
 
 
243 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  35.68 
 
 
250 aa  101  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  33.77 
 
 
238 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  35.38 
 
 
232 aa  100  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  34.39 
 
 
254 aa  99.8  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  30.31 
 
 
244 aa  99.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  38.73 
 
 
710 aa  99  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  37.12 
 
 
240 aa  99  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  36.5 
 
 
251 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  36.48 
 
 
236 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  34.63 
 
 
255 aa  97.8  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  39.11 
 
 
240 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  31.82 
 
 
236 aa  96.7  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  36.19 
 
 
274 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  34.2 
 
 
274 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  37.65 
 
 
237 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  34.55 
 
 
692 aa  96.3  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  34.2 
 
 
274 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  40.41 
 
 
246 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  31.67 
 
 
228 aa  94.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  38.16 
 
 
206 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  33.73 
 
 
279 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  33.33 
 
 
230 aa  93.6  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  33.33 
 
 
230 aa  93.6  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  32.51 
 
 
283 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2845  outer membrane autotransporter barrel  35.19 
 
 
652 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171202  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  32.87 
 
 
228 aa  92  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  32.88 
 
 
255 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  32.87 
 
 
228 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  37.17 
 
 
229 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  36.45 
 
 
566 aa  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  38.75 
 
 
241 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  37.71 
 
 
234 aa  90.9  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  35.22 
 
 
570 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  37.75 
 
 
243 aa  90.1  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  37.5 
 
 
237 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  34.39 
 
 
229 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  32.14 
 
 
239 aa  89.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  31.78 
 
 
570 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  36.15 
 
 
211 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  1.66827e-05 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  36.36 
 
 
287 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  36.15 
 
 
211 aa  86.3  1e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  4.0892e-05 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  34.12 
 
 
246 aa  85.9  1e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  33.49 
 
 
724 aa  85.9  1e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  34.62 
 
 
277 aa  85.5  2e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3321  porin  37.3 
 
 
285 aa  85.5  2e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  34.71 
 
 
279 aa  85.9  2e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  31.06 
 
 
693 aa  84.7  3e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  31.78 
 
 
213 aa  85.1  3e-15  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  35.71 
 
 
689 aa  84.3  4e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4777  porin  42.28 
 
 
243 aa  84  5e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  34.87 
 
 
209 aa  84  5e-15  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  34.58 
 
 
662 aa  84  5e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  34.1 
 
 
237 aa  83.6  6e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  32.45 
 
 
571 aa  83.6  6e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1567  putative outer-membrane protein precursor  35.27 
 
 
258 aa  81.6  2e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109724  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  33.18 
 
 
661 aa  81.3  3e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  35.24 
 
 
219 aa  81.3  4e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  34.38 
 
 
674 aa  80.9  4e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  34.14 
 
 
278 aa  80.9  4e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  36.89 
 
 
241 aa  80.5  5e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  32.58 
 
 
283 aa  80.9  5e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  36.91 
 
 
238 aa  80.5  5e-14  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  30.94 
 
 
302 aa  80.9  5e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  37.2 
 
 
598 aa  80.1  8e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>