More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0202 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0202  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
306 aa  627  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725948  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0150  extracellular solute-binding protein  88.24 
 
 
306 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0729  extracellular solute-binding protein  79.48 
 
 
318 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.446742  normal  0.30254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0788  putative ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.69 
 
 
302 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5167  extracellular solute-binding protein family 3  75.82 
 
 
318 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0999  extracellular solute-binding protein  75.65 
 
 
304 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0887  extracellular solute-binding protein  80.49 
 
 
290 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  53.39 
 
 
294 aa  286  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2860  extracellular solute-binding protein family 3  50.76 
 
 
279 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107141  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0266  extracellular solute-binding protein  51.15 
 
 
292 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3770  extracellular solute-binding protein  48.63 
 
 
295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169569  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2383  extracellular solute-binding protein  52.82 
 
 
317 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3550  extracellular solute-binding protein family 3  47.96 
 
 
307 aa  266  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.73273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1626  extracellular solute-binding protein  49.41 
 
 
327 aa  265  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.536801  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3226  extracellular solute-binding protein  47.58 
 
 
307 aa  264  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0831998  normal  0.589747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3421  extracellular solute-binding protein family 3  48.13 
 
 
306 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  41.22 
 
 
279 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  41.86 
 
 
291 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  42.08 
 
 
291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 
283 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0578  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  39.42 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.55 
 
 
280 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.17 
 
 
280 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 
261 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 
268 aa  165  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.28 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 
260 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.73 
 
 
268 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 
268 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0425  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 
319 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.495581  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
258 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  38.16 
 
 
259 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 
262 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  37.72 
 
 
259 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  37 
 
 
259 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  32.46 
 
 
268 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.28 
 
 
261 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.56 
 
 
243 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 
265 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.8 
 
 
243 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  37.12 
 
 
243 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.12 
 
 
243 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.12 
 
 
243 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.68 
 
 
243 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.12 
 
 
243 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  37.12 
 
 
243 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.12 
 
 
243 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  32.46 
 
 
268 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.06 
 
 
243 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  34.39 
 
 
258 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  37 
 
 
257 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.87 
 
 
243 aa  149  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  37.12 
 
 
243 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.96 
 
 
243 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.24 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.84 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.24 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  35.24 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.24 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.24 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  35.24 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.24 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.24 
 
 
243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1098  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.041078  normal  0.0345837 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.51 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.65 
 
 
253 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05529  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  36.44 
 
 
247 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.65 
 
 
253 aa  146  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.96 
 
 
261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.21 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.96 
 
 
261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.96 
 
 
261 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001573  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  36 
 
 
247 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.74719  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6710  extracellular solute-binding protein family 3  36.44 
 
 
256 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000229164  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  33.33 
 
 
263 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  34.67 
 
 
243 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.36 
 
 
257 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 
257 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.77 
 
 
257 aa  142  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 
253 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 
265 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.33 
 
 
256 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  33.33 
 
 
258 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  34.48 
 
 
258 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.33 
 
 
260 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
250 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  32.47 
 
 
258 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  34.75 
 
 
258 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5069  extracellular solute-binding protein family 3  35.34 
 
 
253 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  33.63 
 
 
269 aa  135  8e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  32.05 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
265 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 
260 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  33.19 
 
 
269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.19 
 
 
250 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  32.58 
 
 
257 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>