More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0197 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0156  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  87.33 
 
 
450 aa  784    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.400804  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0031  Fmu (Sun) domain protein  77.11 
 
 
450 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0325  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  77.18 
 
 
450 aa  689    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235081  normal  0.145888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0086  RNA methyltransferase  79.56 
 
 
450 aa  703    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  80.18 
 
 
450 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0717  Fmu (Sun)  80.67 
 
 
450 aa  715    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0197  Fmu (Sun)  100 
 
 
450 aa  887    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0130363  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0038  sun protein  55.23 
 
 
471 aa  428  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.27971  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1424  sun protein  53.09 
 
 
448 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.204434 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3917  Fmu (Sun) domain protein  50.67 
 
 
462 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0687458  normal  0.615707 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2071  sun protein  51.15 
 
 
463 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4242  Fmu (Sun) domain protein  50.11 
 
 
460 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198653 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4295  Sun protein  48.87 
 
 
493 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1846  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1814  sun protein  46.71 
 
 
465 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.802421  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3191  Fmu (Sun) domain-containing protein  48.39 
 
 
470 aa  378  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1747  sun protein  46.94 
 
 
465 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3418  Fmu (Sun)  48.97 
 
 
460 aa  376  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1326  sun protein  53.08 
 
 
440 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000516212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1089  Fmu (Sun) domain-containing protein  45.5 
 
 
453 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1027  Fmu (Sun) domain-containing protein  51.35 
 
 
459 aa  352  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537768  normal  0.0363239 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0072  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.98 
 
 
456 aa  349  7e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000155418  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2963  Fmu (Sun) domain-containing protein  52.58 
 
 
447 aa  345  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270675  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4779  Fmu (Sun) domain-containing protein  45.89 
 
 
426 aa  323  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.849075  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5220  sun protein  51.35 
 
 
448 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02946  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0486  Fmu (Sun) domain protein  49.32 
 
 
454 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0551  Fmu (Sun) domain-containing protein  51.68 
 
 
425 aa  318  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.481855  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3660  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  47.56 
 
 
438 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.469225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0522  Fmu (Sun) domain protein  49.21 
 
 
438 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0621766  normal  0.207218 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2924  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.58 
 
 
433 aa  295  9e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0627  Fmu (Sun) domain protein  47.69 
 
 
438 aa  287  2.9999999999999996e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.114528 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3096  Fmu (Sun)  43.3 
 
 
419 aa  273  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3033  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.22 
 
 
443 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.455858 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2654  Fmu (Sun) domain-containing protein  50.23 
 
 
415 aa  250  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105855  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2926  Fmu (Sun) domain-containing protein  42.3 
 
 
422 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351382  normal  0.0315958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4040  Fmu (Sun)  38.58 
 
 
410 aa  249  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2720  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.04 
 
 
535 aa  243  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.796536 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2765  Fmu (Sun) domain-containing protein  41.06 
 
 
410 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0089  Fmu (Sun)  41.42 
 
 
424 aa  236  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1940  Fmu (Sun) domain-containing protein  40.86 
 
 
422 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  33.48 
 
 
426 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  33.41 
 
 
436 aa  210  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3668  sun protein  34.28 
 
 
452 aa  209  6e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1047  Fmu (Sun)  39.05 
 
 
437 aa  209  8e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.334338  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  34.22 
 
 
427 aa  206  7e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  31.93 
 
 
429 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  32.29 
 
 
431 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  32.89 
 
 
429 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  32.24 
 
 
440 aa  199  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  33.33 
 
 
429 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  32.89 
 
 
429 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  32.66 
 
 
429 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  32 
 
 
428 aa  197  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  31.77 
 
 
425 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  32.31 
 
 
429 aa  196  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  32.44 
 
 
429 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  31.85 
 
 
429 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  31.63 
 
 
429 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  31.63 
 
 
429 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  31.63 
 
 
429 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  36.3 
 
 
429 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  32.89 
 
 
426 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  31.85 
 
 
429 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  31.63 
 
 
429 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  31.63 
 
 
429 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  32.82 
 
 
427 aa  193  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  33.48 
 
 
429 aa  193  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  33.98 
 
 
439 aa  193  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  33.83 
 
 
427 aa  192  9e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3373  Sun protein  36.11 
 
 
448 aa  192  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  31.4 
 
 
429 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  32.7 
 
 
427 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  31.4 
 
 
429 aa  190  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  33.33 
 
 
436 aa  190  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  33.04 
 
 
428 aa  190  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  32.37 
 
 
429 aa  190  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0912026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  29.81 
 
 
462 aa  190  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6147  rRNA methyltransferase RsmB-like  37.76 
 
 
421 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  36.14 
 
 
434 aa  189  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  30.89 
 
 
462 aa  189  1e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  30.72 
 
 
429 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  32.15 
 
 
429 aa  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  0.00000640703 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  31.92 
 
 
429 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  31.92 
 
 
435 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  31.92 
 
 
429 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  35.34 
 
 
464 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  31.94 
 
 
444 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  32.37 
 
 
427 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3139  sun protein  37.57 
 
 
463 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.670033 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3242  sun protein  35.07 
 
 
452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0117569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  31.49 
 
 
428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3562  sun protein  36.65 
 
 
457 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  36.98 
 
 
437 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  31.49 
 
 
428 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0030  sun protein  31.49 
 
 
428 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3405  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  37.64 
 
 
457 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  30.96 
 
 
428 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000239617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  37.35 
 
 
434 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0030  sun protein  30.5 
 
 
428 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0241  Sun protein  32.1 
 
 
451 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  33.88 
 
 
437 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>