151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0101 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
95 aa  200  5e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  68.09 
 
 
95 aa  144  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  66.32 
 
 
95 aa  140  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  55.79 
 
 
95 aa  127  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  60 
 
 
97 aa  126  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  56.84 
 
 
95 aa  113  7.999999999999999e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  58.7 
 
 
104 aa  111  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  52.69 
 
 
95 aa  110  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  54.84 
 
 
114 aa  109  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  54.26 
 
 
102 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  60 
 
 
96 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  52.75 
 
 
113 aa  106  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  58.82 
 
 
96 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  56.18 
 
 
95 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  51.61 
 
 
111 aa  104  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.11 
 
 
95 aa  104  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  50 
 
 
95 aa  102  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  53.93 
 
 
110 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  51.09 
 
 
100 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 
100 aa  101  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  54.44 
 
 
95 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  55.06 
 
 
95 aa  100  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  51.61 
 
 
118 aa  100  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
109 aa  99.4  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
119 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  53.93 
 
 
97 aa  98.6  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  53.93 
 
 
101 aa  99  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  52.33 
 
 
95 aa  98.2  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  48.89 
 
 
121 aa  97.8  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
98 aa  97.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  51.16 
 
 
95 aa  96.7  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  57.14 
 
 
98 aa  96.3  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  49.44 
 
 
120 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  48.89 
 
 
130 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  46.81 
 
 
96 aa  95.9  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  46.81 
 
 
96 aa  95.9  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  45.74 
 
 
96 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
95 aa  95.5  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  49.47 
 
 
101 aa  94.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  48.86 
 
 
115 aa  94  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
95 aa  94  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  52.27 
 
 
95 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 
98 aa  92.8  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  47.37 
 
 
96 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  48.84 
 
 
125 aa  92.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  45.74 
 
 
110 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  51.16 
 
 
95 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.57 
 
 
100 aa  92  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 
95 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  51.76 
 
 
107 aa  89  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  51.69 
 
 
95 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  45.05 
 
 
96 aa  87.4  6e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.88 
 
 
97 aa  86.3  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000820325  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  48.24 
 
 
107 aa  86.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000408802  hitchhiker  0.0000527007 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  46.59 
 
 
100 aa  82.4  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  49.43 
 
 
96 aa  82.4  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  44.44 
 
 
102 aa  81.3  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  42.11 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  42.55 
 
 
118 aa  80.5  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 
118 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 
118 aa  79.7  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  48.84 
 
 
95 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.76 
 
 
99 aa  79.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  42.53 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  44.19 
 
 
101 aa  77.8  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3906  excinuclease ABC subunit C  58.06 
 
 
141 aa  77.4  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647444  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  40.45 
 
 
99 aa  77  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  42.86 
 
 
107 aa  74.3  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  49.3 
 
 
79 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  40.24 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  38.55 
 
 
98 aa  67.4  0.00000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01100  hypothetical protein  46.03 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1038  hypothetical protein  45.35 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258363  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  49.28 
 
 
84 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  37.18 
 
 
117 aa  55.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  38.96 
 
 
108 aa  52.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  41.67 
 
 
139 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  41.67 
 
 
163 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  34.62 
 
 
1210 aa  51.2  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  39.47 
 
 
83 aa  51.2  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0981  excinuclease ABC subunit C  40.58 
 
 
137 aa  50.8  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.16466  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  42.25 
 
 
147 aa  50.8  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  41.27 
 
 
80 aa  50.4  0.000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 
140 aa  50.4  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.228252 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0376  excinuclease ABC subunit C  36.71 
 
 
104 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.604182  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  38.46 
 
 
101 aa  49.7  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  41.43 
 
 
141 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.28 
 
 
166 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  41.43 
 
 
167 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  39.13 
 
 
79 aa  48.5  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3514  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.48 
 
 
151 aa  48.5  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1452  excinuclease ABC subunit C  34.12 
 
 
112 aa  48.5  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00178124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>