97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0100 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 
342 aa  672  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  85.38 
 
 
342 aa  579  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  74.56 
 
 
342 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  73.68 
 
 
342 aa  521  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  74.56 
 
 
342 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  71.26 
 
 
342 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  71.64 
 
 
343 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  46.18 
 
 
342 aa  275  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  44.9 
 
 
342 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  42.9 
 
 
340 aa  249  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  45.19 
 
 
342 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  44.15 
 
 
338 aa  246  6e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  42.61 
 
 
343 aa  242  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  42.57 
 
 
343 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  42.27 
 
 
343 aa  238  8e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  42.99 
 
 
345 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  39.54 
 
 
347 aa  225  8e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  38.97 
 
 
388 aa  223  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  37.46 
 
 
347 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  37.9 
 
 
345 aa  209  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  35.76 
 
 
347 aa  202  8e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  35.17 
 
 
343 aa  188  9e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  34.01 
 
 
346 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  34.59 
 
 
346 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  33.43 
 
 
347 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  32.74 
 
 
342 aa  165  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  33.56 
 
 
350 aa  154  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  37.13 
 
 
347 aa  144  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  33.02 
 
 
337 aa  135  7e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  30.65 
 
 
334 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  27.25 
 
 
350 aa  97.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  20.78 
 
 
334 aa  88.6  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  30.68 
 
 
341 aa  88.2  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  1.00325e-10 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  26.5 
 
 
342 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  30.42 
 
 
342 aa  82.8  8e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  31.9 
 
 
340 aa  79  1e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  19.94 
 
 
334 aa  75.5  1e-12  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  21.75 
 
 
330 aa  74.3  3e-12  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  26.79 
 
 
340 aa  72  1e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  27.24 
 
 
330 aa  71.6  2e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  28.53 
 
 
330 aa  70.5  4e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  3.7205e-06 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  26.93 
 
 
330 aa  69.3  9e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  28.83 
 
 
343 aa  68.6  1e-10  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
329 aa  65.9  9e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  24.92 
 
 
329 aa  63.5  5e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.86 
 
 
346 aa  60.5  5e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  24.66 
 
 
345 aa  60.1  6e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  24.75 
 
 
345 aa  59.7  7e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  23.73 
 
 
345 aa  59.7  8e-08  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  24.66 
 
 
351 aa  59.3  1e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  23.78 
 
 
331 aa  58.5  2e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.19361e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  26.35 
 
 
334 aa  58.2  2e-07  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  24.68 
 
 
343 aa  57.4  3e-07  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  22.1 
 
 
340 aa  57.4  4e-07  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  23.39 
 
 
351 aa  52  1e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  24.58 
 
 
330 aa  51.2  2e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  28.14 
 
 
336 aa  52  2e-05  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  23.47 
 
 
336 aa  50.8  3e-05  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  26.4 
 
 
338 aa  50.4  4e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  22 
 
 
343 aa  50.1  6e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  22.04 
 
 
343 aa  49.7  7e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  24.19 
 
 
337 aa  49.3  9e-05  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  23.61 
 
 
335 aa  48.9  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  26.49 
 
 
333 aa  48.9  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  27.91 
 
 
344 aa  48.5  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  22.04 
 
 
343 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.04897e-05  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  21.9 
 
 
343 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  22.04 
 
 
343 aa  47  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0072  DNA polymerase III subunit delta  28.53 
 
 
321 aa  46.6  0.0007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0083  DNA polymerase III subunit delta  19.7 
 
 
319 aa  46.2  0.0009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  24.77 
 
 
328 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  20.48 
 
 
343 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  20.48 
 
 
343 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.19829e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  20.48 
 
 
343 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  6.97762e-10 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  22.82 
 
 
331 aa  45.8  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  21.33 
 
 
325 aa  45.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0811  DNA polymerase III, delta subunit  34.62 
 
 
387 aa  45.1  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.692629 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1508  DNA polymerase III, delta subunit  23.3 
 
 
339 aa  44.3  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0182978  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0671  DNA polymerase III, delta subunit  23.3 
 
 
339 aa  44.3  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00374825  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00831  DNA polymerase III subunit delta  26.04 
 
 
336 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.9  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  29.94 
 
 
330 aa  43.9  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1245  DNA polymerase III subunit delta  22.22 
 
 
342 aa  43.5  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.440133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  22.27 
 
 
343 aa  43.5  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  23.53 
 
 
345 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  9.29908e-11 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  24.17 
 
 
348 aa  43.5  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  30.43 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.85392e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.69985e-12 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  28.99 
 
 
336 aa  43.1  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  24.42 
 
 
342 aa  42.7  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>