More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0092 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  100 
 
 
293 aa  606  1e-172  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  92.99 
 
 
295 aa  526  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  79.7 
 
 
271 aa  469  1e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  77.49 
 
 
270 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  77.86 
 
 
270 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  76.38 
 
 
352 aa  445  1e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  73.8 
 
 
270 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  61.25 
 
 
269 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  59.41 
 
 
269 aa  346  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  59.78 
 
 
269 aa  345  6e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  60.15 
 
 
272 aa  340  1e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 
269 aa  338  6e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 
269 aa  338  7e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  58.3 
 
 
289 aa  337  1e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 
269 aa  337  1e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  59.41 
 
 
268 aa  329  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  58.3 
 
 
268 aa  327  1e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  57.04 
 
 
290 aa  326  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  58.87 
 
 
270 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  54.45 
 
 
284 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  55.88 
 
 
268 aa  317  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  56.62 
 
 
268 aa  314  1e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  54.68 
 
 
267 aa  304  1e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  55.43 
 
 
267 aa  304  1e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  55.81 
 
 
267 aa  304  1e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  52.79 
 
 
271 aa  296  3e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  52.73 
 
 
270 aa  291  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  53.68 
 
 
262 aa  289  5e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  53.9 
 
 
261 aa  284  1e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  50.92 
 
 
262 aa  275  9e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 
262 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  48.36 
 
 
262 aa  263  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  51.66 
 
 
267 aa  262  4e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  48.9 
 
 
262 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  48 
 
 
285 aa  259  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  50.74 
 
 
270 aa  259  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  48.9 
 
 
262 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  49.24 
 
 
264 aa  256  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  48.91 
 
 
268 aa  255  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  46.84 
 
 
263 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  44.53 
 
 
249 aa  222  5e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  32.23 
 
 
281 aa  147  2e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  37.18 
 
 
267 aa  145  7e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  33.7 
 
 
256 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  34.07 
 
 
256 aa  143  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  32.97 
 
 
275 aa  142  5e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  38.89 
 
 
261 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  35.42 
 
 
260 aa  141  1e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  32.61 
 
 
275 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  37.13 
 
 
258 aa  139  5e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  36.53 
 
 
256 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  38.46 
 
 
258 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  36.33 
 
 
272 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  35.19 
 
 
263 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  33.95 
 
 
279 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 
264 aa  136  3e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 
264 aa  137  3e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  35.93 
 
 
258 aa  136  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  32.6 
 
 
270 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  34.67 
 
 
282 aa  136  5e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  30.85 
 
 
281 aa  135  6e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  30.91 
 
 
281 aa  135  6e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  33.7 
 
 
264 aa  135  6e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  34.7 
 
 
254 aa  134  1e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  33.58 
 
 
257 aa  134  1e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  33.21 
 
 
265 aa  135  1e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  34.85 
 
 
263 aa  134  1e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  34.46 
 
 
263 aa  134  2e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  34.52 
 
 
264 aa  134  2e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  34.72 
 
 
266 aa  134  2e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  34.55 
 
 
276 aa  134  2e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  35.4 
 
 
265 aa  134  2e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  34.69 
 
 
263 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  30.5 
 
 
281 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  31.75 
 
 
288 aa  133  4e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  33.96 
 
 
266 aa  132  5e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  35.25 
 
 
258 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  31.23 
 
 
262 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4608  exodeoxyribonuclease III Xth  31.88 
 
 
261 aa  131  1e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  hitchhiker  2.04361e-05 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  35.14 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  35.14 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  35 
 
 
259 aa  130  2e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  35.14 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  35.14 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  34.89 
 
 
322 aa  130  2e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  32.22 
 
 
264 aa  131  2e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  33.72 
 
 
267 aa  130  2e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  35.61 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  35.14 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  32.1 
 
 
262 aa  130  2e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  35.14 
 
 
258 aa  130  2e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  32.35 
 
 
263 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  35.06 
 
 
255 aa  130  4e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  32.34 
 
 
263 aa  129  4e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  34.55 
 
 
262 aa  129  5e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  32.84 
 
 
279 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  36.9 
 
 
258 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  32.84 
 
 
260 aa  129  7e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  34.89 
 
 
271 aa  129  7e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  36.9 
 
 
258 aa  129  7e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>