90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0078 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0078  hypothetical protein  100 
 
 
257 aa  514  1e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0070  hypothetical protein  88.33 
 
 
257 aa  439  1e-122  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0169  hypothetical protein  77.65 
 
 
265 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0220  hypothetical protein  79.52 
 
 
261 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0340  hypothetical protein  78.31 
 
 
265 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0042  conserved hypothetical protein, putative alpha/beta hydrolase superfamily  77.08 
 
 
261 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0067  hypothetical protein  77.19 
 
 
264 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2092  hypothetical protein  67.5 
 
 
258 aa  289  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.282599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3160  hypothetical protein  58.3 
 
 
255 aa  285  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.254415  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0804  hypothetical protein  56 
 
 
259 aa  279  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2116  hypothetical protein  56 
 
 
263 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  55.6 
 
 
647 aa  275  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4266  putative hydrolase protein  55.95 
 
 
274 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1340  hypothetical protein  52.61 
 
 
259 aa  266  2e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0670  hypothetical protein  58.16 
 
 
257 aa  264  9e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4531  putative hydrolase protein  55.86 
 
 
277 aa  261  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.213453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0639  hypothetical protein  56.92 
 
 
272 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0484381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4230  hypothetical protein  56.4 
 
 
252 aa  255  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00845825 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1622  hypothetical protein  57.85 
 
 
271 aa  252  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0067083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1904  hypothetical protein  57.85 
 
 
283 aa  252  5e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.490792 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3482  hypothetical protein  51.54 
 
 
272 aa  251  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00930264  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4740  hypothetical protein  59.04 
 
 
252 aa  251  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1199  alpha/beta hydrolase fold  55.88 
 
 
290 aa  248  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0199  hypothetical protein  52.61 
 
 
269 aa  248  8e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0204  alpha/beta hydrolase fold  52.11 
 
 
264 aa  238  6e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0956  hypothetical protein  51.2 
 
 
249 aa  224  9e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1614  alpha/beta hydrolase fold  58.08 
 
 
265 aa  223  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0433205  decreased coverage  0.000315383 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0384  hypothetical protein  51.25 
 
 
254 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72124  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2038  hypothetical protein  51.25 
 
 
248 aa  222  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.965886  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0852  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  50.63 
 
 
248 aa  215  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3377  Alpha/beta hydrolase fold  48.71 
 
 
256 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.189225  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1720  hypothetical protein  45.02 
 
 
247 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1102  hypothetical protein  46.99 
 
 
249 aa  208  6e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0231031  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2193  hypothetical protein  52.19 
 
 
252 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0195926  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2243  hypothetical protein  46.03 
 
 
251 aa  193  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0687  alpha/beta hydrolase fold  43.41 
 
 
254 aa  186  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0802  alpha/beta fold family hydrolase  37.66 
 
 
253 aa  178  9e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2757  hypothetical protein  47.7 
 
 
244 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128442  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0208  alpha/beta hydrolase  44.07 
 
 
248 aa  168  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0679  Alpha/beta hydrolase  36.78 
 
 
257 aa  167  1e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0326  alpha/beta fold family hydrolase  35.12 
 
 
260 aa  167  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0472  putative hydrolase  34.87 
 
 
279 aa  151  8e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.465833  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0700  hypothetical protein  30.13 
 
 
276 aa  83.6  3e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  1.40392e-07  hitchhiker  9.02529e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0544  hypothetical protein  30.13 
 
 
276 aa  83.6  3e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00193081  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0212  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  23.24 
 
 
257 aa  61.2  2e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2376  putative redox protein  27.91 
 
 
259 aa  57.8  2e-07  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0601  dienelactone hydrolase  28.39 
 
 
259 aa  57.4  2e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0322  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  26.47 
 
 
274 aa  53.5  3e-06  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  3.37661e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  34.07 
 
 
368 aa  53.1  4e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1150  dienelactone hydrolase  23.97 
 
 
254 aa  53.1  4e-06  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0457  Lysophospholipase-like protein  26.37 
 
 
274 aa  52.8  5e-06  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.72 
 
 
368 aa  51.6  1e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.72 
 
 
368 aa  51.6  1e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0453  hypothetical protein  26.01 
 
 
239 aa  51.6  1e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.629046 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1279  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  24.87 
 
 
261 aa  51.2  2e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000359236  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0986  hypothetical protein  36.79 
 
 
218 aa  50.8  2e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.749741 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0234  alpha/beta hydrolase fold protein  28.21 
 
 
256 aa  50.4  3e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.104073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.28 
 
 
370 aa  50.1  4e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1762  alpha/beta fold family hydrolase  26.35 
 
 
260 aa  48.5  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  3.26151e-06  normal  0.089199 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1379  protein of unknown function UPF0227  27.07 
 
 
214 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.510697 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2450  hypothetical protein  25.74 
 
 
258 aa  47.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.16 
 
 
370 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4297  prolyl oligopeptidase family protein  31.16 
 
 
242 aa  47  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1777  OsmC-like protein  27.84 
 
 
410 aa  47  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0113862  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2582  peptidase S15  24.35 
 
 
258 aa  46.6  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5143  alpha/beta hydrolase fold protein  36.45 
 
 
275 aa  46.2  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0798  hydrolase, putative  29.38 
 
 
246 aa  45.8  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1684  alpha/beta fold family hydrolase-like protein  28.57 
 
 
248 aa  45.8  0.0007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1483  hypothetical protein  29.52 
 
 
237 aa  44.7  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.27 
 
 
370 aa  44.7  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0222  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
308 aa  45.4  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.267301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6666  alpha/beta hydrolase fold  34.88 
 
 
294 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.203299  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5429  OsmC family protein  26.83 
 
 
397 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1712  alpha/beta hydrolase fold protein  38.02 
 
 
373 aa  44.3  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1573  alpha/beta hydrolase fold protein  26.49 
 
 
281 aa  43.5  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1206  OsmC family protein  28.43 
 
 
413 aa  43.9  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.423514  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1578  dienelactone hydrolase  23.86 
 
 
255 aa  43.9  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3950  alpha/beta hydrolase fold  32.74 
 
 
295 aa  43.5  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0198056  normal  0.15982 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4103  OsmC family protein  28.99 
 
 
402 aa  43.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4933  alpha/beta hydrolase fold  40.79 
 
 
362 aa  42.7  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3422  hydrolase-like protein  26.82 
 
 
264 aa  42.4  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2237  hypothetical protein  32.79 
 
 
269 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166589  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0819  peptidase S15  32.04 
 
 
674 aa  42.4  0.007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.156634  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  25.36 
 
 
370 aa  42.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0929  putative hydrolase  25.71 
 
 
252 aa  42.4  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.119531  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  28.68 
 
 
284 aa  42.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3779  cyclic nucleotide-binding protein  39.29 
 
 
453 aa  42.4  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0440455  normal  0.0476196 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0132  protein of unknown function UPF0227  26.01 
 
 
216 aa  42.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.440551  hitchhiker  9.54344e-08 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4392  putative dioxygenase  23.93 
 
 
262 aa  42.4  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.537049  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0068  alpha/beta hydrolase fold  37.7 
 
 
297 aa  42  0.009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>