More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0063 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 
414 aa  851  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0201  tryptophan synthase subunit beta  81.22 
 
 
413 aa  689  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445286  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0118  tryptophan synthase subunit beta  80.98 
 
 
413 aa  689  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1990  tryptophan synthase subunit beta  79.21 
 
 
414 aa  660  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  80.3 
 
 
406 aa  679  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1872  tryptophan synthase subunit beta  80.54 
 
 
413 aa  678  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0911585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1693  tryptophan synthase subunit beta  82.47 
 
 
405 aa  687  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738848  hitchhiker  7.03836e-07 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2204  tryptophan synthase subunit beta  79.8 
 
 
406 aa  674  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.205862  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0055  tryptophan synthase subunit beta  93.72 
 
 
414 aa  786  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.660106  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0176  tryptophan synthase subunit beta  80.98 
 
 
430 aa  689  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0197  tryptophan synthase subunit beta  77.75 
 
 
404 aa  670  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0072  tryptophan synthase subunit beta  75.91 
 
 
404 aa  665  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00296113  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0147  tryptophan synthase subunit beta  77.09 
 
 
417 aa  661  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77335 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0635  tryptophan synthase subunit beta  78 
 
 
404 aa  669  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.874907  normal  0.0737735 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  84.71 
 
 
404 aa  738  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0097  tryptophan synthase subunit beta  84.15 
 
 
407 aa  726  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0143  tryptophan synthase subunit beta  75.06 
 
 
405 aa  616  1e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00450  tryptophan synthase subunit beta  72.32 
 
 
402 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.236429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  72.57 
 
 
410 aa  607  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  73.15 
 
 
410 aa  602  1e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0038  tryptophan synthase subunit beta  71.57 
 
 
402 aa  600  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.206234  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0206  tryptophan synthase subunit beta  71.92 
 
 
419 aa  598  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475237  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0101  tryptophan synthase subunit beta  69.51 
 
 
405 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.500434  hitchhiker  0.000655179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0158  tryptophan synthase, beta subunit  71.57 
 
 
409 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.994719  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0071  tryptophan synthase subunit beta  68.95 
 
 
411 aa  594  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02120  tryptophan synthase subunit beta  71.32 
 
 
406 aa  597  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3589  tryptophan synthase subunit beta  70 
 
 
409 aa  595  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.738122  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3427  tryptophan synthase subunit beta  68.95 
 
 
408 aa  597  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.76011  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  70.62 
 
 
404 aa  592  1e-168  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  70.27 
 
 
410 aa  591  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0098  tryptophan synthase subunit beta  69.59 
 
 
405 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0098  tryptophan synthase subunit beta  69.59 
 
 
405 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.84084e-07 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  71.18 
 
 
409 aa  593  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0083  tryptophan synthase subunit beta  69.59 
 
 
405 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017562 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1966  tryptophan synthase subunit beta  69.83 
 
 
411 aa  587  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1031  tryptophan synthase subunit beta  69.76 
 
 
410 aa  586  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.466116  normal  0.300404 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3270  tryptophan synthase subunit beta  71.22 
 
 
409 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.244666 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3585  tryptophan synthase subunit beta  71.22 
 
 
409 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.855143  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0034  tryptophan synthase subunit beta  70.65 
 
 
409 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0093  tryptophan synthase subunit beta  68.22 
 
 
410 aa  583  1e-165  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3887  tryptophan synthase subunit beta  70.54 
 
 
410 aa  582  1e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.85731 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  68.23 
 
 
406 aa  582  1e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0666  tryptophan synthase subunit beta  69.78 
 
 
406 aa  578  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3237  tryptophan synthase subunit beta  68.47 
 
 
406 aa  575  1e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  68.97 
 
 
406 aa  576  1e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4976  tryptophan synthase subunit beta  71.01 
 
 
410 aa  574  1e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.986936  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  68.46 
 
 
406 aa  575  1e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4281  tryptophan synthase subunit beta  68.97 
 
 
406 aa  574  1e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486908  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  67.24 
 
 
406 aa  573  1e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  67.24 
 
 
422 aa  572  1e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1328  tryptophan synthase subunit beta  69.29 
 
 
404 aa  566  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.000691779  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  64.99 
 
 
397 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4622  tryptophan synthase subunit beta  65.09 
 
 
397 aa  541  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.227508  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2445  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  538  1e-152  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.844513  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2482  tryptophan synthase subunit beta  63.91 
 
 
396 aa  539  1e-152  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.10786e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1649  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  538  1e-152  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1858  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  538  1e-152  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.308005  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3348  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  538  1e-152  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0451347  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0529  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  538  1e-152  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2307  tryptophan synthase subunit beta  64.99 
 
 
397 aa  539  1e-152  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  64.16 
 
 
396 aa  538  1e-152  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  64.99 
 
 
397 aa  540  1e-152  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1721  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  538  1e-152  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0679  tryptophan synthase subunit beta  64.99 
 
 
397 aa  540  1e-152  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.614528  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3853  tryptophan synthase subunit beta  64.48 
 
 
397 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3958  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  0.187601 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1049  tryptophan synthase subunit beta  64.3 
 
 
397 aa  536  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  63.41 
 
 
397 aa  536  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  65.06 
 
 
409 aa  535  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4409  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  64.02 
 
 
418 aa  536  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3570  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266435  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3321  tryptophan synthase subunit beta  64.84 
 
 
396 aa  537  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.86703e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1983  tryptophan synthase subunit beta  64.57 
 
 
403 aa  538  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00755336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3288  tryptophan synthase subunit beta  63.41 
 
 
397 aa  535  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.35451e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4374  tryptophan synthase subunit beta  64.74 
 
 
397 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0925  tryptophan synthase subunit beta  63.84 
 
 
396 aa  531  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.74109e-34 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2306  tryptophan synthase subunit beta  63.48 
 
 
397 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0772  tryptophan synthase subunit beta  63.8 
 
 
397 aa  533  1e-150  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.482746  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6842  tryptophan synthase subunit beta  63.98 
 
 
397 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.726467  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1049  tryptophan synthase, beta subunit  65.82 
 
 
402 aa  532  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.644397  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3062  tryptophan synthase subunit beta  63.48 
 
 
403 aa  532  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  62.44 
 
 
406 aa  528  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  63.57 
 
 
394 aa  529  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1157  tryptophan synthase subunit beta  65.57 
 
 
395 aa  529  1e-149  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1912  tryptophan synthase subunit beta  64.05 
 
 
398 aa  529  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1813  tryptophan synthase subunit beta  63.32 
 
 
397 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  63.98 
 
 
402 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2137  tryptophan synthase subunit beta  63.32 
 
 
397 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22591  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  64.3 
 
 
399 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2881  tryptophan synthase subunit beta  63.48 
 
 
397 aa  527  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0438165  normal  0.707316 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  64.3 
 
 
399 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1141  tryptophan synthase subunit beta  61.52 
 
 
397 aa  521  1e-147  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1208  tryptophan synthase subunit beta  64.01 
 
 
393 aa  522  1e-147  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1398  tryptophan synthase subunit beta  61.52 
 
 
397 aa  521  1e-147  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.369323  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1757  tryptophan synthase subunit beta  62.78 
 
 
402 aa  523  1e-147  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.3956e-06  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1161  tryptophan synthase subunit beta  61.52 
 
 
397 aa  521  1e-147  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2467  tryptophan synthase subunit beta  61.61 
 
 
407 aa  521  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.379928 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2843  tryptophan synthase subunit beta  63.41 
 
 
405 aa  522  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  61.81 
 
 
401 aa  523  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>