More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0062 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 
278 aa  551  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  91.37 
 
 
278 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  82.01 
 
 
278 aa  452  1e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0198  tryptophan synthase subunit alpha  80.94 
 
 
278 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  78.06 
 
 
278 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  78.26 
 
 
277 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  78.78 
 
 
278 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0812  tryptophan synthase subunit alpha  67.51 
 
 
279 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2108  tryptophan synthase subunit alpha  66.43 
 
 
279 aa  384  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438972  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4282  tryptophan synthase subunit alpha  67.15 
 
 
279 aa  384  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588241  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3955  tryptophan synthase subunit alpha  67.15 
 
 
279 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.157341  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2024  tryptophan synthase subunit alpha  66.06 
 
 
279 aa  382  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.014662  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  65.7 
 
 
279 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  65.22 
 
 
281 aa  371  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3238  tryptophan synthase subunit alpha  65.34 
 
 
279 aa  371  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  67.15 
 
 
277 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  67.77 
 
 
278 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0142  tryptophan synthase, alpha subunit  66.3 
 
 
279 aa  368  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3382  tryptophan synthase subunit alpha  67.4 
 
 
279 aa  361  8e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0201065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0477  tryptophan synthase subunit alpha  67.4 
 
 
275 aa  361  9e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178989  hitchhiker  0.00299272 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1402  tryptophan synthase subunit alpha  70.55 
 
 
282 aa  360  1e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.362344 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  64.86 
 
 
280 aa  356  2e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1695  tryptophan synthase subunit alpha  67.64 
 
 
281 aa  354  8e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  hitchhiker  6.73783e-07 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4446  tryptophan synthase subunit alpha  64.13 
 
 
280 aa  353  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  61.54 
 
 
269 aa  347  9e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4960  tryptophan synthase subunit alpha  64.71 
 
 
278 aa  346  3e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126491  normal  0.0842715 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0222  tryptophan synthase subunit alpha  64.93 
 
 
267 aa  342  4e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 
270 aa  337  2e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  59.34 
 
 
269 aa  331  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00440  tryptophan synthase subunit alpha  58.82 
 
 
268 aa  332  6e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3584  tryptophan synthase subunit alpha  63.98 
 
 
263 aa  329  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.421277  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  59.71 
 
 
269 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.24366e-07 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  62.98 
 
 
272 aa  328  8e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  58.97 
 
 
269 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  58.97 
 
 
269 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  58.97 
 
 
269 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0037  tryptophan synthase subunit alpha  58.09 
 
 
268 aa  323  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  63.04 
 
 
263 aa  322  5e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  57.51 
 
 
269 aa  321  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  56.99 
 
 
270 aa  320  1e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2489  tryptophan synthase subunit alpha  62.65 
 
 
263 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0709214  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0831  tryptophan synthase subunit alpha  62.65 
 
 
263 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0333  tryptophan synthase subunit alpha  61.22 
 
 
265 aa  312  5e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3428  tryptophan synthase, alpha chain  57.89 
 
 
271 aa  273  2e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0090  tryptophan synthase, alpha chain  55.81 
 
 
265 aa  260  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.460509 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1965  tryptophan synthase subunit alpha  54.04 
 
 
274 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4977  tryptophan synthase subunit alpha  52.4 
 
 
275 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1301  tryptophan synthase subunit alpha  51.85 
 
 
266 aa  245  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.699121  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  51.09 
 
 
271 aa  244  1e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1329  tryptophan synthase subunit alpha  52.17 
 
 
276 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0798301  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  48.85 
 
 
264 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0756  tryptophan synthase subunit alpha  45.49 
 
 
275 aa  233  3e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  8.97023e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0468  tryptophan synthase subunit alpha  43.28 
 
 
272 aa  230  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.270777  normal  0.54371 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  49.15 
 
 
271 aa  229  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  45.28 
 
 
270 aa  229  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  45.15 
 
 
267 aa  229  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3350  tryptophan synthase subunit alpha  45.52 
 
 
267 aa  229  5e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.282051  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  43.58 
 
 
268 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  45.26 
 
 
272 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0433  tryptophan synthase subunit alpha  46.19 
 
 
278 aa  227  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  49.58 
 
 
277 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  44.85 
 
 
271 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  44.49 
 
 
271 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1563  tryptophan synthase subunit alpha  47.23 
 
 
265 aa  221  1e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  45.04 
 
 
268 aa  220  2e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1063  tryptophan synthase subunit alpha  48.91 
 
 
264 aa  220  2e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50074  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  45.69 
 
 
265 aa  220  2e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0729  tryptophan synthase subunit alpha  46.12 
 
 
268 aa  219  3e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0645  tryptophan synthase subunit alpha  46.12 
 
 
268 aa  219  3e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  40.6 
 
 
267 aa  219  4e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  46.19 
 
 
271 aa  219  4e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2879  tryptophan synthase subunit alpha  45.83 
 
 
270 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526675  normal  0.678186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  44.53 
 
 
268 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1162  tryptophan synthase subunit alpha  47.88 
 
 
267 aa  219  6e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1238  tryptophan synthase subunit alpha  49.77 
 
 
265 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  46.25 
 
 
266 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4620  tryptophan synthase subunit alpha  45.96 
 
 
271 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26381  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1770  tryptophan synthase subunit alpha  42.26 
 
 
264 aa  215  8e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86943  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  41.46 
 
 
265 aa  214  9e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01272  tryptophan synthase subunit alpha  46.72 
 
 
268 aa  214  9e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4376  tryptophan synthase subunit alpha  44.32 
 
 
271 aa  214  1e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  43.09 
 
 
269 aa  214  1e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2477  tryptophan synthase subunit alpha  46.01 
 
 
269 aa  214  1e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.854745  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1863  tryptophan synthase subunit alpha  39.77 
 
 
262 aa  213  2e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  40.83 
 
 
265 aa  213  3e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  45 
 
 
273 aa  211  7e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3280  tryptophan synthase subunit alpha  49.3 
 
 
267 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1557  tryptophan synthase subunit alpha  46.67 
 
 
270 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1787  tryptophan synthase subunit alpha  45.34 
 
 
273 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3568  tryptophan synthase subunit alpha  44.49 
 
 
271 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3960  tryptophan synthase subunit alpha  44.49 
 
 
271 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0955296 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4407  tryptophan synthase subunit alpha  44.49 
 
 
271 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2304  tryptophan synthase subunit alpha  47.08 
 
 
265 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  41.6 
 
 
272 aa  209  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6840  tryptophan synthase subunit alpha  46.03 
 
 
270 aa  208  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.76658  normal  0.863565 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1156  tryptophan synthase, alpha subunit  43.19 
 
 
265 aa  207  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1811  tryptophan synthase subunit alpha  44.17 
 
 
265 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  43.8 
 
 
273 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1414  tryptophan synthase subunit alpha  40.79 
 
 
285 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1050  tryptophan synthase, alpha subunit  41.48 
 
 
276 aa  207  2e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>