More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0059 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  100 
 
 
106 aa  216  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  97.17 
 
 
106 aa  209  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  88.68 
 
 
106 aa  194  2e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  87.74 
 
 
106 aa  194  5e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  85.85 
 
 
106 aa  193  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  87.74 
 
 
106 aa  192  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  84.91 
 
 
106 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  68.87 
 
 
106 aa  168  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  66.67 
 
 
119 aa  147  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  66.67 
 
 
106 aa  147  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  65.71 
 
 
107 aa  146  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  62.75 
 
 
104 aa  146  1e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  65.38 
 
 
107 aa  144  4e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  65.71 
 
 
106 aa  144  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  66.67 
 
 
106 aa  143  8e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  59.05 
 
 
107 aa  142  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  60.38 
 
 
107 aa  140  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  58.1 
 
 
107 aa  140  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  58.1 
 
 
107 aa  140  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  61.32 
 
 
107 aa  140  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  62.26 
 
 
107 aa  139  1e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  61.54 
 
 
107 aa  139  1e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  59.22 
 
 
106 aa  139  2e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  58.49 
 
 
106 aa  137  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  54.29 
 
 
108 aa  134  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  59.62 
 
 
106 aa  133  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1673  thioredoxin  60 
 
 
109 aa  132  2e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.172284  hitchhiker  0.000827642 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  59.62 
 
 
106 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  55.88 
 
 
108 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  56.86 
 
 
107 aa  131  4e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  53.92 
 
 
108 aa  130  7e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2624  thioredoxin  56.6 
 
 
104 aa  129  1e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.56705e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  54.46 
 
 
108 aa  129  1e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  55.88 
 
 
106 aa  129  1e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2084  thioredoxin  51.96 
 
 
107 aa  128  2e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9377  thioredoxin  56.7 
 
 
107 aa  128  2e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3311  thioredoxin  59.38 
 
 
125 aa  128  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105882  normal  0.0734612 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  51.46 
 
 
111 aa  127  4e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1344  thioredoxin  55.45 
 
 
107 aa  127  4e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00788637  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  55.45 
 
 
108 aa  127  5e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  55 
 
 
108 aa  127  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.55412e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  56 
 
 
110 aa  127  7e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  51.96 
 
 
108 aa  127  7e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  56 
 
 
110 aa  127  7e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  59.14 
 
 
107 aa  125  1e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  55.34 
 
 
107 aa  125  1e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  52.94 
 
 
109 aa  126  1e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  54.9 
 
 
108 aa  125  1e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4222  thioredoxin  52.94 
 
 
108 aa  126  1e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0161465  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  56.57 
 
 
107 aa  125  1e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  55.45 
 
 
148 aa  125  2e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  125  2e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5839  thioredoxin  56.7 
 
 
109 aa  125  2e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  50.94 
 
 
106 aa  125  2e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  124  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  54 
 
 
110 aa  125  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  54.72 
 
 
106 aa  124  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  55.45 
 
 
107 aa  125  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  2.65159e-07 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4580  thioredoxin  53.33 
 
 
107 aa  124  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.90902  hitchhiker  0.00134414 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2149  thioredoxin  56.99 
 
 
108 aa  125  3e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  54.72 
 
 
106 aa  124  4e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  54.72 
 
 
106 aa  124  4e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  52.88 
 
 
108 aa  124  4e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  59.57 
 
 
107 aa  124  4e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  53.47 
 
 
108 aa  124  4e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  53.47 
 
 
108 aa  124  4e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5457  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  124  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0195643 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0832  thioredoxin  57.84 
 
 
105 aa  124  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3312  thioredoxin  60.22 
 
 
109 aa  123  7e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124332  normal  0.074373 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  55.1 
 
 
107 aa  123  7e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4204  thioredoxin  50.98 
 
 
108 aa  123  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  60.78 
 
 
107 aa  123  8e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  53.92 
 
 
108 aa  123  8e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  50.96 
 
 
108 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  49.04 
 
 
108 aa  123  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  49.04 
 
 
108 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  49.04 
 
 
108 aa  123  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  49.04 
 
 
108 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  49.04 
 
 
108 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  49.04 
 
 
108 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  50.5 
 
 
108 aa  123  9e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  123  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  51.92 
 
 
108 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  54.9 
 
 
107 aa  122  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31565  predicted protein  59.14 
 
 
123 aa  122  1e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.36523e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4012  thioredoxin  50.98 
 
 
108 aa  123  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  58.51 
 
 
107 aa  122  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0858  thioredoxin  53.54 
 
 
106 aa  123  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.782394  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  47.62 
 
 
108 aa  123  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  50 
 
 
106 aa  123  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5038  thioredoxin  50.96 
 
 
109 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  53.92 
 
 
108 aa  122  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  53.77 
 
 
106 aa  123  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  50 
 
 
109 aa  122  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>