83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0057 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  43.25 
 
 
1047 aa  645  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  67.87 
 
 
1042 aa  1339  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  66.92 
 
 
1049 aa  1328  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  68.2 
 
 
1049 aa  1334  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  100 
 
 
1049 aa  2075  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  43.23 
 
 
1047 aa  647  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  84.24 
 
 
1053 aa  1706  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  42.87 
 
 
1045 aa  640  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  67.33 
 
 
1048 aa  1357  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  45.17 
 
 
1015 aa  705  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  69.34 
 
 
1048 aa  1347  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  40.94 
 
 
1001 aa  604  1e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  41.67 
 
 
1037 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  41.02 
 
 
1040 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  38.97 
 
 
1043 aa  586  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  40.51 
 
 
1042 aa  573  1e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  39.47 
 
 
1052 aa  566  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  39.38 
 
 
1052 aa  565  1e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  38.6 
 
 
1052 aa  563  1e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  39.46 
 
 
1054 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  36.58 
 
 
1076 aa  541  1e-152  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  40.21 
 
 
1018 aa  536  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  37.95 
 
 
1059 aa  515  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  34.75 
 
 
1047 aa  503  1e-141  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  35.87 
 
 
1064 aa  496  1e-138  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  35.93 
 
 
1064 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  36.98 
 
 
999 aa  462  1e-128  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  34.33 
 
 
1062 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  35.75 
 
 
1016 aa  430  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  36.83 
 
 
991 aa  415  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  32.86 
 
 
977 aa  383  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  35.26 
 
 
1014 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  32.48 
 
 
993 aa  361  4e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  32.95 
 
 
986 aa  360  9e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  35.13 
 
 
991 aa  352  3e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  32.39 
 
 
988 aa  317  9e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  32.26 
 
 
980 aa  293  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  34.03 
 
 
959 aa  287  7e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  38.02 
 
 
1000 aa  255  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  23.09 
 
 
890 aa  161  7e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  20.94 
 
 
914 aa  158  5e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  34.9 
 
 
997 aa  153  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  34.9 
 
 
997 aa  151  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  24.63 
 
 
911 aa  116  2e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  27.24 
 
 
947 aa  103  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  27.66 
 
 
962 aa  101  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.52 
 
 
957 aa  88.2  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  25.44 
 
 
951 aa  86.3  3e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.52 
 
 
836 aa  82.4  4e-14  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.35 
 
 
958 aa  80.5  2e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  24.07 
 
 
779 aa  75.9  4e-12  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  24.59 
 
 
976 aa  74.3  1e-11  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.67 
 
 
915 aa  65.1  7e-09  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  23.05 
 
 
1039 aa  60.1  2e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  27.55 
 
 
984 aa  60.1  2e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25 
 
 
989 aa  57.8  1e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  29.61 
 
 
997 aa  57  2e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  22.33 
 
 
951 aa  57  2e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  22.31 
 
 
781 aa  55.5  6e-06  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.58 
 
 
1049 aa  55.5  6e-06  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  24.85 
 
 
930 aa  55.1  7e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0024  ATP-dependent nuclease subunit B  24.62 
 
 
1158 aa  54.3  1e-05  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  24.13 
 
 
994 aa  53.5  2e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  23.08 
 
 
919 aa  53.9  2e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0024  ATP-dependent nuclease, subunit B  24.1 
 
 
1158 aa  53.1  3e-05  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.199779  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  38.2 
 
 
142 aa  52.4  4e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  20.94 
 
 
858 aa  52.4  5e-05  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  23.96 
 
 
909 aa  52  7e-05  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  27.49 
 
 
846 aa  51.6  8e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2195  hypothetical protein  20.39 
 
 
858 aa  50.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  22.79 
 
 
957 aa  49.7  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  27.78 
 
 
1100 aa  49.3  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  26.4 
 
 
856 aa  48.9  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2374  hypothetical protein  22.63 
 
 
968 aa  47.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2361  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.76 
 
 
1113 aa  47.4  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  23.55 
 
 
896 aa  46.2  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.6453e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  28.74 
 
 
990 aa  45.8  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  33.93 
 
 
1055 aa  45.4  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  23.28 
 
 
916 aa  45.1  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 
1051 aa  45.1  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 
1051 aa  45.1  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 
1051 aa  45.1  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 
1038 aa  44.7  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>