More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0048 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0048  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  100 
 
 
293 aa  603  1e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.683783  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0040  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  87.67 
 
 
293 aa  533  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.733521  normal  0.608589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0080  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  78.5 
 
 
293 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0619  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  78.77 
 
 
293 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0236093  normal  0.724235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0212  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  77.47 
 
 
293 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.156044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0377  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  76.79 
 
 
293 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0087  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  76.11 
 
 
291 aa  459  1e-128  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1004  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  67.58 
 
 
289 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.838734  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3307  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  62.8 
 
 
293 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4368  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  59.8 
 
 
301 aa  359  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0306824 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3033  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  60.81 
 
 
292 aa  357  2e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0452  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  61.77 
 
 
288 aa  356  3e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.112388 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4639  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  59.12 
 
 
296 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0230348 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4100  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  57.24 
 
 
297 aa  344  9e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3573  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.86 
 
 
306 aa  339  3e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  3.76379e-05 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0389  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.57 
 
 
297 aa  323  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2096  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.76 
 
 
293 aa  322  4e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.026962  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2183  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.41 
 
 
293 aa  318  5e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.770592  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4210  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.27 
 
 
283 aa  315  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0716  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.54 
 
 
302 aa  314  1e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2592  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  57 
 
 
283 aa  312  5e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0171535  decreased coverage  2.35348e-08 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1339  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.66 
 
 
283 aa  309  3e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0008  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  56.66 
 
 
283 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3659  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.52 
 
 
293 aa  308  9e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.71372e-21 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7054  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  55.78 
 
 
297 aa  307  1e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5075  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.42 
 
 
287 aa  306  2e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3369  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  52.9 
 
 
284 aa  305  6e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3029  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.92 
 
 
283 aa  304  1e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.255462 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6254  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  54.76 
 
 
297 aa  297  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00281937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3076  formamidopyrimidine-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  51.19 
 
 
287 aa  294  1e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3716  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.74 
 
 
296 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246645  normal  0.263062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4416  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  52.84 
 
 
299 aa  284  1e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4528  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  52.17 
 
 
296 aa  282  4e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.375609 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4046  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  52.51 
 
 
299 aa  282  6e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2977  normal  0.800255 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4512  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.58 
 
 
281 aa  281  9e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1221  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  50.51 
 
 
291 aa  280  3e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19717e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3550  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.72 
 
 
286 aa  275  9e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3799  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  53.42 
 
 
281 aa  272  4e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4885  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  48.46 
 
 
270 aa  253  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.512414  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1723  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  47.97 
 
 
275 aa  246  4e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.120133  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0596  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  45.39 
 
 
270 aa  234  1e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0383  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  44.37 
 
 
270 aa  226  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.428685  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3749  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.71 
 
 
270 aa  223  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3187  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  46.42 
 
 
270 aa  222  6e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.186382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0045  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
270 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.890377  normal  0.0669728 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0319  DNA-formamidopyrimidine glycosylase  42.32 
 
 
271 aa  215  6e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.877297  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3925  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.3 
 
 
269 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0210265  hitchhiker  0.00152732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4113  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.3 
 
 
269 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0303981  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4387  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.32 
 
 
269 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00707476  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3943  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.3 
 
 
269 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0140638  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0582  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.37 
 
 
272 aa  210  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.985563  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4052  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.3 
 
 
269 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.631798  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4006  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.96 
 
 
269 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.151676  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4097  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.09 
 
 
269 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0739878  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3623  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
272 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03200  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.98 
 
 
271 aa  206  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2969  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
281 aa  205  7e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.158324  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00058  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.64 
 
 
269 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.170745  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2311  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  43.34 
 
 
270 aa  204  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0188  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.04 
 
 
272 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000318061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0158  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.04 
 
 
272 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03492  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00433558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0076  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  8.49285e-06  hitchhiker  1.61628e-06 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03444  hypothetical protein  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00504233  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0070  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00858253  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4136  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  8.71365e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3844  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.02005e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3970  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  8.28024e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5005  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.71844e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4060  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.41116e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0104  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.27 
 
 
269 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00316488  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2023  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.7 
 
 
281 aa  202  5e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  5.8867e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3957  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.07 
 
 
269 aa  202  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.109519  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1864  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.3 
 
 
271 aa  202  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00234848  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3072  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.96 
 
 
271 aa  202  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2649  formamidopyrimidine-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  41.06 
 
 
277 aa  202  7e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.849612 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1621  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.36 
 
 
275 aa  201  9e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.39022  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4839  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.64 
 
 
269 aa  201  1e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.2182e-05  hitchhiker  3.79227e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2648  DNA-formamidopyrimidine glycosylase  40.61 
 
 
271 aa  200  2e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00588455  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3674  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.2 
 
 
271 aa  200  2e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000210718  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0162  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.1 
 
 
269 aa  201  2e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433253  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0053  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  37.54 
 
 
270 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0620574 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1921  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  37.07 
 
 
280 aa  199  4e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0450  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.59 
 
 
270 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4152  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.1 
 
 
269 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  2.25921e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0058  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.1 
 
 
269 aa  199  5e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.84892e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0064  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  41.1 
 
 
269 aa  199  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.68259e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001817  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.59 
 
 
269 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000220306  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2000  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  42.66 
 
 
271 aa  197  1e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04670  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.25 
 
 
270 aa  197  1e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4197  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.25 
 
 
270 aa  197  2e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5351  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  39.38 
 
 
270 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.364996  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0599  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.27 
 
 
274 aa  196  4e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0126  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.7 
 
 
271 aa  196  4e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.270322  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0045  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.7 
 
 
271 aa  196  4e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0055  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.7 
 
 
271 aa  196  4e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0268618  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0143  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  38.7 
 
 
271 aa  196  4e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.497786  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1158  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  36.64 
 
 
271 aa  196  5e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.384452  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0346  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  40.26 
 
 
284 aa  196  5e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0616  formamidopyrimidine-DNA glycosylase  35.27 
 
 
274 aa  196  6e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>