230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0032 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  100 
 
 
137 aa  276  1e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  88.32 
 
 
146 aa  243  7e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  81.88 
 
 
138 aa  226  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  73.72 
 
 
137 aa  211  3e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  72.79 
 
 
137 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  74.26 
 
 
136 aa  201  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  71.11 
 
 
135 aa  197  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  67.69 
 
 
135 aa  177  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  65.15 
 
 
139 aa  173  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  63.16 
 
 
145 aa  168  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  63.16 
 
 
145 aa  167  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  63.16 
 
 
145 aa  168  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  63.91 
 
 
142 aa  164  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  64.1 
 
 
141 aa  160  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  60.68 
 
 
155 aa  153  8e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  60 
 
 
151 aa  149  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  52.31 
 
 
132 aa  133  1e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  50.38 
 
 
134 aa  128  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 
150 aa  128  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  47.29 
 
 
134 aa  123  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  48.09 
 
 
137 aa  122  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  47.76 
 
 
165 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
197 aa  122  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  46.97 
 
 
150 aa  122  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  47.29 
 
 
140 aa  120  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  49.19 
 
 
136 aa  120  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  45.74 
 
 
134 aa  120  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  48.84 
 
 
135 aa  120  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  48.41 
 
 
131 aa  119  2e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  46.83 
 
 
137 aa  117  5e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 
138 aa  115  2e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  45.08 
 
 
141 aa  114  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  46.4 
 
 
164 aa  113  1e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 
140 aa  111  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 
143 aa  110  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  46.03 
 
 
135 aa  109  1e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  44.17 
 
 
133 aa  108  2e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  47.01 
 
 
140 aa  108  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 
164 aa  107  7e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 
148 aa  99  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 
145 aa  89  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  37.7 
 
 
123 aa  77.8  5e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 
139 aa  70.1  9e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  30.65 
 
 
123 aa  68.2  4e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  31.75 
 
 
127 aa  67.4  6e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 
138 aa  67  8e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 
132 aa  67  9e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 
118 aa  66.6  1e-10  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 
138 aa  65.5  2e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
122 aa  64.3  5e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 
118 aa  64.3  5e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  31.75 
 
 
131 aa  63.5  8e-10  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 
118 aa  63.2  1e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 
131 aa  62.8  1e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 
121 aa  63.2  1e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.13 
 
 
125 aa  62.4  2e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 
118 aa  61.6  4e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 
118 aa  61.6  4e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 
118 aa  60.8  6e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 
118 aa  60.5  7e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 
118 aa  60.5  7e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 
118 aa  60.5  7e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  30.4 
 
 
122 aa  60.5  7e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 
129 aa  59.7  1e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  32.38 
 
 
119 aa  60.1  1e-08  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 
134 aa  59.7  1e-08  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 
121 aa  59.3  2e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 
122 aa  58.9  2e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 
122 aa  58.9  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 
127 aa  58.9  2e-08  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0466  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 
115 aa  58.5  3e-08  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 
116 aa  57.8  5e-08  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 
116 aa  57.8  5e-08  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  35.92 
 
 
125 aa  57.8  5e-08  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 
118 aa  57.8  5e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  34.68 
 
 
119 aa  57  9e-08  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  34.68 
 
 
119 aa  57  9e-08  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
150 aa  57  9e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  31.78 
 
 
123 aa  56.2  1e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 
129 aa  57  1e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  26.5 
 
 
130 aa  56.6  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 
123 aa  56.6  1e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  35.4 
 
 
121 aa  56.6  1e-07  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  27.64 
 
 
140 aa  56.6  1e-07  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 
123 aa  56.2  1e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 
117 aa  56.6  1e-07  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 
126 aa  56.2  1e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 
120 aa  55.5  2e-07  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  27.52 
 
 
119 aa  55.5  2e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 
169 aa  55.5  2e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  30 
 
 
119 aa  55.8  2e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  27.52 
 
 
119 aa  55.8  2e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  26.13 
 
 
116 aa  55.1  3e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 
114 aa  54.7  4e-07  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2416  ribosome-binding factor A  32.29 
 
 
114 aa  54.7  4e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>