More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0010 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0010  PfkB  100 
 
 
333 aa  670  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00317456  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0218  PfkB  90.36 
 
 
333 aa  583  1e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0457  PfkB  80.12 
 
 
333 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0251  PfkB  80.72 
 
 
333 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.214496  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0036  pfkB family carbohydrate kinase  78.38 
 
 
333 aa  530  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564268  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0461  PfkB domain protein  81.57 
 
 
333 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0581  PfkB  80.12 
 
 
333 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.189374  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1165  PfkB domain protein  63.33 
 
 
335 aa  431  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2565  ribokinase-like domain-containing protein  64.35 
 
 
333 aa  411  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.650274  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0215  ribokinase-like domain-containing protein  64.05 
 
 
333 aa  407  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.26013  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0162  carbohydrate kinase  59.15 
 
 
330 aa  395  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.98466  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0169  carbohydrate kinase  59.15 
 
 
330 aa  395  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1639  ribokinase-like domain-containing protein  61.21 
 
 
331 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.487738  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1260  PfkB domain protein  61.52 
 
 
331 aa  391  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0178  ribokinase-like domain-containing protein  58.36 
 
 
331 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.613115  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4021  PfkB  56.4 
 
 
330 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737193  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3532  ribokinase-like domain-containing protein  58.51 
 
 
337 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.321565  normal  0.851243 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4645  ribokinase-like domain-containing protein  57.01 
 
 
337 aa  376  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5108  PfkB domain protein  57.01 
 
 
337 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5186  PfkB domain protein  58.21 
 
 
337 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.430634  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1228  ribokinase-like domain-containing protein  56.66 
 
 
337 aa  363  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0149  PfkB  56.06 
 
 
407 aa  358  5e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.029935  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3378  ribokinase-like domain-containing protein  55.18 
 
 
330 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.463525  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2989  ribokinase-like domain-containing protein  53.45 
 
 
338 aa  344  1e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0316  pfkB family carbohydrate kinase  52.29 
 
 
330 aa  344  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4087  PfkB domain protein  52.29 
 
 
330 aa  336  3e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4407  PfkB domain protein  52.29 
 
 
330 aa  336  4e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0121  ribokinase-like domain-containing protein  53.99 
 
 
328 aa  333  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.02163  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07411  carbohydrate kinase  53.29 
 
 
342 aa  331  1e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5046  ribokinase-like domain-containing protein  53.19 
 
 
329 aa  328  9e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0690  carbohydrate kinase PfkB family  51.7 
 
 
338 aa  319  5e-86  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1668  carbohydrate kinase PfkB family  51.99 
 
 
337 aa  315  6e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  51.38 
 
 
331 aa  311  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  50.16 
 
 
332 aa  311  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1307  PfkB domain protein  49.39 
 
 
338 aa  303  3e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.887451  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1030  pfkB family carbohydrate kinase  49.85 
 
 
330 aa  299  4e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.577037  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2691  ribokinase-like domain-containing protein  49.85 
 
 
330 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.272607  normal  0.270933 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0198  ribokinase-like domain-containing protein  52.29 
 
 
330 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0506  carbohydrate kinase-like  42.01 
 
 
334 aa  294  2e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1838  carbohydrate kinase  43.29 
 
 
335 aa  291  9e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05631  carbohydrate kinase  43.73 
 
 
335 aa  290  2e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.577343 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05321  carbohydrate kinase  40.56 
 
 
333 aa  285  9e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0559209  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05061  carbohydrate kinase  43.26 
 
 
348 aa  284  1e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0313242  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05621  carbohydrate kinase  39.94 
 
 
333 aa  281  1e-74  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05691  carbohydrate kinase  38.32 
 
 
338 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0990225  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2022  ribokinase-like domain-containing protein  50 
 
 
330 aa  268  9e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3022  PfkB domain protein  46.63 
 
 
333 aa  260  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.523599  normal  0.417909 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2452  PfkB  42.51 
 
 
330 aa  260  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826037  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1671  PfkB  42.3 
 
 
331 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.276087  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2568  ribokinase-like domain-containing protein  42.95 
 
 
333 aa  226  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2872  ribokinase-like domain-containing protein  41.39 
 
 
335 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0562  PfkB domain protein  41.19 
 
 
328 aa  223  3e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3284  PfkB  36.06 
 
 
336 aa  203  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.469583  normal  0.0441315 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3284  ribokinase-like domain-containing protein  34.46 
 
 
330 aa  182  6e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  1.89129e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1084  PfkB domain protein  34.49 
 
 
327 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1113  PfkB domain protein  35.33 
 
 
327 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.941643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1494  PfkB domain protein  34.24 
 
 
331 aa  180  3e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0243607  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0819  cell division protein FtsA  33.23 
 
 
328 aa  172  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.92808e-12  normal  0.759534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2764  PfkB  36.28 
 
 
370 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.040802  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1845  ribokinase-like domain-containing protein  30.91 
 
 
341 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.73033e-09  unclonable  4.72438e-10 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0494  PfkB domain protein  35.85 
 
 
360 aa  157  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.441156  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1910  carbohydrate kinase  31.58 
 
 
339 aa  157  3e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.04659e-14  hitchhiker  0.00127543 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2200  PfkB  32.2 
 
 
339 aa  156  4e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  4.68276e-06  decreased coverage  0.00888496 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2854  ribokinase-like domain-containing protein  35.24 
 
 
328 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.1716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0055  ribokinase-like domain-containing protein  34.7 
 
 
334 aa  149  9e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.747338  normal  0.368725 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1498  PfkB domain protein  33.33 
 
 
300 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24440  sugar kinase, ribokinase  33.71 
 
 
288 aa  98.2  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.480444  normal  0.238886 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0491  PfkB  32.7 
 
 
303 aa  97.1  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_18364  predicted protein  32.44 
 
 
273 aa  94.4  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.132458 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7068  PfkB  31.5 
 
 
297 aa  93.6  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  30.37 
 
 
305 aa  92.8  7e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0735  PfkB domain-containing protein  31.09 
 
 
317 aa  90.5  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.263465  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1755  PfkB domain protein  30.51 
 
 
304 aa  89.7  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2001  PfkB domain protein  27.63 
 
 
321 aa  82.4  1e-14  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0416  PfkB  29.85 
 
 
320 aa  81.3  2e-14  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  28.69 
 
 
308 aa  81.6  2e-14  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0902  PfkB domain protein  29.81 
 
 
309 aa  79.7  7e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50659  predicted protein  26.76 
 
 
347 aa  79.3  9e-14  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0189  PfkB family carbohydrate kinase  30.63 
 
 
339 aa  79  1e-13  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2385  PfkB domain-containing protein  29.41 
 
 
297 aa  78.2  2e-13  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.790997  normal  0.420761 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  27.04 
 
 
304 aa  76.6  5e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1627  PfkB domain protein  30.47 
 
 
309 aa  76.3  7e-13  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.100578  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  29.41 
 
 
304 aa  76.3  7e-13  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1278  PfkB domain-containing protein  28.7 
 
 
317 aa  75.1  1e-12  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.399616 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1580  ribokinase-like domain-containing protein  27.78 
 
 
309 aa  74.7  2e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0863941  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0070  ribokinase-like domain-containing protein  30.57 
 
 
305 aa  74.3  3e-12  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.60231  normal  0.104072 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2019  aminoimidazole riboside kinase  31.34 
 
 
298 aa  74.3  3e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0270358  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  28.83 
 
 
315 aa  74.3  3e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2483  PfkB domain protein  27.36 
 
 
302 aa  73.9  3e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39540  sugar kinase, ribokinase  32.09 
 
 
296 aa  73.9  4e-12  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1142  PfkB  28.01 
 
 
310 aa  73.6  5e-12  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0676537  normal  0.093061 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02272  adenosine kinase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G06390)  26.04 
 
 
352 aa  73.2  6e-12  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0154807  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  30.47 
 
 
309 aa  73.2  7e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2129  putative sugar kinase  28.25 
 
 
298 aa  72.8  8e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.101939  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  30.47 
 
 
309 aa  72.4  9e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  26.52 
 
 
307 aa  72.4  9e-12  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  30.47 
 
 
309 aa  72.4  9e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1214  ribokinase-like domain-containing protein  29.81 
 
 
329 aa  72.4  9e-12  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  30.47 
 
 
309 aa  72.4  9e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0077  PfkB  28.46 
 
 
299 aa  72.4  1e-11  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.273667  normal  0.451983 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>