111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0008 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0008  hypothetical protein  100 
 
 
94 aa  196  9e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00922624  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0785  hypothetical protein  57.45 
 
 
95 aa  123  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560924  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4324  protein of unknown function DUF1330  57.45 
 
 
95 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4587  protein of unknown function DUF1330  56.38 
 
 
95 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2045  hypothetical protein  56.38 
 
 
95 aa  118  2e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0164673  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2129  hypothetical protein  56.38 
 
 
95 aa  118  2e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0684  hypothetical protein  56.38 
 
 
97 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3539  hypothetical protein  55.32 
 
 
95 aa  117  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0345  hypothetical protein  55.32 
 
 
96 aa  115  2e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0272597  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0196  hypothetical protein  53.19 
 
 
100 aa  110  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4815  protein of unknown function DUF1330  55.32 
 
 
114 aa  107  8e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353052  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2630  hypothetical protein  52.13 
 
 
114 aa  105  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.152361 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0334  hypothetical protein  51.06 
 
 
100 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.255499  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0434  hypothetical protein  51.58 
 
 
103 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1707  hypothetical protein  53.19 
 
 
97 aa  100  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0386  hypothetical protein  50.53 
 
 
103 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0341  protein of unknown function DUF1330  49.47 
 
 
102 aa  97.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00521106  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3708  hypothetical protein  53.19 
 
 
98 aa  97.1  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1359  hypothetical protein  50 
 
 
103 aa  95.5  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.102563  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0358  hypothetical protein  48.91 
 
 
214 aa  95.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0495198  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1754  hypothetical protein  48.94 
 
 
114 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1519  protein of unknown function DUF1330  50 
 
 
114 aa  82.8  2e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.407227 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2403  hypothetical protein  43.01 
 
 
96 aa  82  2e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.79558  normal  0.741886 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1110  hypothetical protein  42.55 
 
 
96 aa  80.9  5e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1521  hypothetical protein  48.94 
 
 
114 aa  81.3  5e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.997326  normal  0.585973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1800  protein of unknown function DUF1330  48.94 
 
 
114 aa  81.3  5e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0472957  normal  0.250055 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2483  hypothetical protein  44.68 
 
 
97 aa  79  2e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3703  hypothetical protein  41.49 
 
 
96 aa  77.8  4e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.12428 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6118  hypothetical protein  43.96 
 
 
96 aa  77.4  6e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133615  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2669  hypothetical protein  38.71 
 
 
96 aa  75.5  2e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199077  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3239  hypothetical protein  40.86 
 
 
97 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0371902  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1957  hypothetical protein  43.01 
 
 
97 aa  73.2  1e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0569002  normal  0.325909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2093  hypothetical protein  43.01 
 
 
97 aa  72.4  2e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302469  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2103  hypothetical protein  39.78 
 
 
96 aa  71.2  4e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.40869  normal  0.72885 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0450  hypothetical protein  39.78 
 
 
96 aa  71.2  4e-12  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1233  hypothetical protein  39.77 
 
 
95 aa  70.9  5e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.346444  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3445  hypothetical protein  39.78 
 
 
110 aa  70.9  6e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0599  hypothetical protein  40.91 
 
 
96 aa  68.9  2e-11  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.543167  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6432  hypothetical protein  40.66 
 
 
97 aa  68.6  3e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.386875 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2371  hypothetical protein  38.71 
 
 
96 aa  67.8  5e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.762767  normal  0.447407 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2337  protein of unknown function DUF1330  40.23 
 
 
100 aa  67.8  5e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6409  protein of unknown function DUF1330  34.04 
 
 
97 aa  67  8e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1641  hypothetical protein  34.83 
 
 
97 aa  65.1  3e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.825876  hitchhiker  3.45307e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1937  hypothetical protein  41.94 
 
 
97 aa  63.5  9e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0325431 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1988  hypothetical protein  37.63 
 
 
95 aa  62.8  1e-09  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332704  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1268  hypothetical protein  32.98 
 
 
95 aa  63.2  1e-09  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.253243  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2285  hypothetical protein  35.16 
 
 
96 aa  60.5  8e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0613201  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0040  protein of unknown function DUF1330  36.17 
 
 
95 aa  58.2  4e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  8.3486e-05 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0722  protein of unknown function DUF1330  31.58 
 
 
102 aa  57.8  5e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0310  hypothetical protein  36.17 
 
 
97 aa  57.8  5e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.105649  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4583  hypothetical protein  36.05 
 
 
115 aa  57  9e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.165656 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3722  hypothetical protein  35.14 
 
 
89 aa  55.1  3e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104061  normal  0.935166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1007  protein of unknown function DUF1330  35.79 
 
 
96 aa  54.7  4e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3229  hypothetical protein  31.87 
 
 
95 aa  54.3  5e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1054  hypothetical protein  32.63 
 
 
96 aa  54.3  6e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1325  hypothetical protein  33.68 
 
 
96 aa  54.3  6e-07  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0913  protein of unknown function DUF1330  33.68 
 
 
96 aa  53.9  8e-07  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1504  hypothetical protein  29.67 
 
 
127 aa  53.1  1e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2076  hypothetical protein  31.87 
 
 
95 aa  53.1  1e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1090  hypothetical protein  31.58 
 
 
97 aa  53.1  1e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6612  hypothetical protein  32.97 
 
 
104 aa  52  2e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5107  hypothetical protein  31.58 
 
 
96 aa  51.2  5e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.496431 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3354  hypothetical protein  45.28 
 
 
73 aa  50.4  9e-06  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10898  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3183  hypothetical protein  31.58 
 
 
96 aa  49.7  1e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.614337  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0668  protein of unknown function DUF1330  32.56 
 
 
95 aa  48.9  2e-05  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0495537  normal  0.0136421 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2667  protein of unknown function DUF1330  34.74 
 
 
97 aa  48.1  4e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1874  hypothetical protein  29.67 
 
 
98 aa  48.1  4e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.446386  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3445  protein of unknown function DUF1330  29.47 
 
 
96 aa  48.1  4e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3403  hypothetical protein  32 
 
 
106 aa  48.1  4e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1789  hypothetical protein  29.67 
 
 
98 aa  48.1  4e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.35863  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0338  hypothetical protein  29.67 
 
 
98 aa  48.1  4e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.418889  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2905  hypothetical protein  32.98 
 
 
100 aa  47.8  5e-05  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2304  hypothetical protein  36.84 
 
 
97 aa  47.8  6e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1128  hypothetical protein  34.74 
 
 
96 aa  47.4  7e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3743  hypothetical protein  27.59 
 
 
98 aa  47  8e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.679918 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5237  hypothetical protein  32 
 
 
133 aa  47  9e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2189  protein of unknown function DUF1330  31.58 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.321653  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0421  hypothetical protein  29.67 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4723  hypothetical protein  31.52 
 
 
102 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0223  hypothetical protein  29.67 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0195535  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7205  protein of unknown function DUF1330  33.68 
 
 
97 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0958  hypothetical protein  29.67 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1378  hypothetical protein  29.67 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0182872  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1905  hypothetical protein  31.52 
 
 
98 aa  45.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.682108  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4093  hypothetical protein  35.79 
 
 
97 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1194  hypothetical protein  29.73 
 
 
107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707621  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5163  hypothetical protein  30.23 
 
 
106 aa  44.7  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.934572 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4055  hypothetical protein  28.42 
 
 
112 aa  44.3  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.150808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1901  hypothetical protein  26.67 
 
 
106 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00121592  normal  0.870164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0971  protein of unknown function DUF1330  33.68 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0127294  normal  0.0142522 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1067  protein of unknown function DUF1330  33.68 
 
 
96 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.108805  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4644  protein of unknown function DUF1330  31.03 
 
 
106 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0263146  normal  0.598238 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0092  protein of unknown function DUF1330  27.47 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.273128  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5022  protein of unknown function DUF1330  33.33 
 
 
112 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0320092  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4724  hypothetical protein  34.74 
 
 
97 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06361  hypothetical protein  30.53 
 
 
114 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.481092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0176  protein of unknown function DUF1330  28.38 
 
 
112 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2715  hypothetical protein  27.59 
 
 
106 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1655  protein of unknown function DUF1330  27.47 
 
 
96 aa  42  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3616  hypothetical protein  34.74 
 
 
107 aa  41.2  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>