More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0008 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0045  tRNA-Glu  98.48 
 
 
76 bp  123  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.942532  normal  0.960719 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0034  tRNA-Glu  97.14 
 
 
76 bp  123  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187046  normal  0.0177267 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0046  tRNA-Glu  98.48 
 
 
76 bp  123  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.960937  normal  0.776399 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  95.59 
 
 
73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  95.45 
 
 
73 bp  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  93.94 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0018  tRNA-Glu  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  92.65 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0048  tRNA-Glu  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.185598  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0017  tRNA-Glu  90.54 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  93.55 
 
 
73 bp  91.7  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0047  tRNA-Glu  90.54 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.792355  normal  0.693567 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0013  tRNA-Glu  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0036  tRNA-Glu  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.661246  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0014  tRNA-Glu  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.206321  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0035  tRNA-Glu  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.461495  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0013  tRNA-Glu  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.363597 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  93.33 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  93.33 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  93.33 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  93.33 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0043  tRNA-Glu  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0040  tRNA-Glu  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0021  tRNA-Glu  91.67 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.349986  normal  0.498552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14035  tRNA-Glu  91.67 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00157329  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0047  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09040  tRNA-Glu  87.84 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.431816  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  90.32 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  91.23 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  88.16 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  90 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0045  tRNA-Glu  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0700385  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0073  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000261854  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0080  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000593448  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0078  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00140572  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t066  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t067  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t068  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t069  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t071  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0095  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00314986  normal  0.201708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0070  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00169817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0069  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0164971  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0072  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000632211  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0074  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000020686  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0071  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000687617  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0081  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000080757  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0061  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150408  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0063  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000126718  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0064  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000354559  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0065  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000145591  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0066  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000460024  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0067  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0068  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000473191  normal  0.85687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  86.49 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>