74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5282 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  100 
 
 
470 aa  946    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2078  hypothetical protein  47.26 
 
 
350 aa  295  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0683232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2850  hypothetical protein  47.12 
 
 
445 aa  243  7e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.431926  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2579  hypothetical protein  42.76 
 
 
562 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3599  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 
407 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.34153  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3359  helix-turn-helix domain-containing protein  35.2 
 
 
407 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8549  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 
410 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123157  hitchhiker  0.000343252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2462  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 
524 aa  155  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4820  hypothetical protein  30.89 
 
 
399 aa  152  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906768  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  36.76 
 
 
411 aa  124  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8589  transcriptional regulator, XRE family  33.79 
 
 
402 aa  123  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00719609  normal  0.402307 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1646  transcriptional regulator, XRE family  27.05 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.24387  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  50.96 
 
 
405 aa  117  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2778  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.43 
 
 
401 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  53.12 
 
 
418 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  29.08 
 
 
411 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4372  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 
400 aa  106  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  48.42 
 
 
443 aa  102  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1817  hypothetical protein  29.77 
 
 
527 aa  101  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  50.98 
 
 
161 aa  100  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  46.32 
 
 
443 aa  99  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  42.86 
 
 
403 aa  98.6  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  47 
 
 
290 aa  97.1  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  33.03 
 
 
403 aa  92  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  53.95 
 
 
475 aa  92  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4555  hypothetical protein  31.37 
 
 
372 aa  89.7  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.922053  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  43.56 
 
 
282 aa  85.1  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0299  hypothetical protein  31.98 
 
 
337 aa  84  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.206461  normal  0.73105 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1360  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.6 
 
 
406 aa  83.2  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  30.96 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  43.86 
 
 
478 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6329  putative transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 
407 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.523133 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3995  hypothetical protein  29.41 
 
 
535 aa  78.2  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  46.07 
 
 
392 aa  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0010  XRE family transcriptional regulator  22.88 
 
 
401 aa  74.7  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.141867  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  37.38 
 
 
443 aa  70.9  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8757  putative transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 
414 aa  70.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  37.96 
 
 
443 aa  70.9  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  33.76 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  33.76 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  40.62 
 
 
497 aa  69.3  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  36.45 
 
 
441 aa  68.9  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4554  transcriptional regulator, XRE family  29.25 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551464  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4132  XRE family transcriptional regulator  28.69 
 
 
416 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1530  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 
403 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0255908 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0556  transcriptional regulator, XRE family  26.28 
 
 
409 aa  68.2  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3690  XRE family transcriptional regulator  28.62 
 
 
402 aa  67.8  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.456142 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 
404 aa  67.4  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
460 aa  67  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1521  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 
401 aa  67  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.965018 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1631  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 
401 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.182309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1131  hypothetical protein  30.31 
 
 
491 aa  65.9  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  26.79 
 
 
414 aa  63.2  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 
414 aa  62.4  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1756  XRE family transcriptional regulator  27.84 
 
 
409 aa  62.4  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3801  hypothetical protein  30.88 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1102  transcriptional regulator, XRE family  26.54 
 
 
403 aa  61.6  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0194  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 
401 aa  61.2  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  30.54 
 
 
406 aa  60.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 
327 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  28.33 
 
 
382 aa  55.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0783  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
394 aa  55.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.500633  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03080  hypothetical protein  31.52 
 
 
320 aa  55.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  33.33 
 
 
456 aa  54.3  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4245  transcriptional regulator, XRE family  27.19 
 
 
397 aa  54.3  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0133  helix-turn-helix domain protein  24.55 
 
 
405 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  35.71 
 
 
549 aa  50.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0840  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 
402 aa  50.4  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.557676  normal  0.0541802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  56.76 
 
 
431 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4908  XRE family transcriptional regulator  26.8 
 
 
402 aa  50.1  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
419 aa  48.1  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0338  helix-turn-helix domain protein  26.87 
 
 
397 aa  47.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.22 
 
 
444 aa  43.9  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0337  transcriptional regulator, XRE family  27.31 
 
 
399 aa  43.1  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>