179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5238 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0216  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.37 
 
 		 278 aa  192  6e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  42.7 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  38.49 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.27 
 
 		 284 aa  156  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  37.86 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0090  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.79 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  36.63 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  35.66 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 410 aa  143  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.75 
 
 		 281 aa  142  8e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4681  transcriptional regulator, XRE family  34.4 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.52911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1803  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.09 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1729  helix-turn-helix domain-containing protein  39.78 
 
 		 280 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.095212  normal  0.0102473 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  34.51 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  40.14 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  32.17 
 
 		 284 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  36.49 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  34.5 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  37.32 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  31.8 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  32.86 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4987  transcriptional regulator, XRE family  32.62 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.815997  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  33.1 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0089  hypothetical protein  32.68 
 
 		 276 aa  122  6e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  35.89 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  35.34 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0977  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.62 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.820681  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0520  helix-turn-helix domain protein  30.88 
 
 		 285 aa  119  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 281 aa  119  9e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4578  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2449  helix-turn-helix domain-containing protein  31.69 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17027  normal  0.257338 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  31.25 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  30.58 
 
 		 282 aa  112  7.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  31.23 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  31.36 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  31.72 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1835  helix-turn-helix domain protein  32.75 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.660299  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  33.68 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  32.17 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1944  helix-turn-helix domain protein  30.38 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00923208  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  29.47 
 
 		 285 aa  109  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 284 aa  108  9.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.28133  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0442  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  31.49 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  28.67 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  36.71 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.606963  normal  0.022428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  33.92 
 
 		 295 aa  106  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.62 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  32.29 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  33.57 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0234  helix-turn-helix domain-containing protein  34.1 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  32.28 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  32.63 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2602  helix-turn-helix domain-containing protein  30.55 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0577635  normal  0.0482464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3762  helix-turn-helix domain protein  29.97 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  27.45 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0512  helix-turn-helix domain-containing protein  33.1 
 
 		 270 aa  100  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.89469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0579  transcriptional regulator, XRE family  33.57 
 
 		 290 aa  99.8  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2968  XRE family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227824 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  28.82 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0902  helix-turn-helix domain protein  29.27 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.579826  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14260  Helix-turn-helix protein  29.82 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  28.52 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  30.8 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  31.96 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1446  transcriptional regulator, XRE family  29.15 
 
 		 276 aa  96.7  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0731579  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  34.3 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  29.62 
 
 		 286 aa  94.7  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0178303  normal  0.0304655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  31.32 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4270  helix-turn-helix domain protein  32.61 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2127  helix-turn-helix domain protein  32.39 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0418  transcriptional regulator, XRE family  28.47 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1626  hypothetical protein  33.08 
 
 		 262 aa  93.6  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  30.87 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.2 
 
 		 267 aa  93.2  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  29.97 
 
 		 286 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.678881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 285 aa  93.2  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 276 aa  92.4  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4751  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 		 276 aa  92.4  9e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0264271  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1005  transcriptional regulator, XRE family  31.56 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3742  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 326 aa  90.9  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.466202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4123  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 		 326 aa  90.9  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.54391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1133  helix-turn-helix domain-containing protein  27.87 
 
 		 291 aa  90.5  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.924131  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>