206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4176 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 196 aa  376  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  46.15 
 
 		 182 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  41.21 
 
 		 190 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  42.22 
 
 		 184 aa  104  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  46.26 
 
 		 180 aa  96.3  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  43.57 
 
 		 189 aa  94.7  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2113  2'-5' RNA ligase  38.76 
 
 		 168 aa  91.7  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0440288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  38.52 
 
 		 190 aa  87.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  31.13 
 
 		 189 aa  87.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  41.73 
 
 		 184 aa  86.7  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  38.25 
 
 		 188 aa  85.5  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  38.59 
 
 		 187 aa  85.5  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  38.46 
 
 		 188 aa  85.1  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 215 aa  84.7  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  40.15 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.91 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  37.1 
 
 		 190 aa  78.6  0.00000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  30.41 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  32.61 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  32.16 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  36.88 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  38.81 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  38.81 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  32.93 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  36.26 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  38.34 
 
 		 194 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  38.86 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  41.03 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  33.53 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  29.32 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0420  2'-5' RNA ligase  32.99 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  36.76 
 
 		 179 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  30.95 
 
 		 179 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  34.5 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  26.74 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  36.57 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  31.89 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  37.21 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  35.29 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  25.97 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  35.62 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  32.68 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  35.48 
 
 		 170 aa  68.6  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  34.01 
 
 		 177 aa  67.4  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  33.53 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  32.11 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  31.74 
 
 		 179 aa  67  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0508  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170013  hitchhiker  0.00665931 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  26.81 
 
 		 189 aa  65.9  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  30.54 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  32.75 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  33.58 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  35.07 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  33.92 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  36.3 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  35.34 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  35.07 
 
 		 185 aa  64.3  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  29.94 
 
 		 178 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  38.13 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  25.58 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7219  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.179856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  33.81 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  35.92 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.14 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  30.86 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  28.15 
 
 		 183 aa  62.4  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.72 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  34.33 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  28.31 
 
 		 171 aa  62  0.000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 		 181 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  32.71 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  29.34 
 
 		 178 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  33.56 
 
 		 180 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  25.43 
 
 		 190 aa  62  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  35.04 
 
 		 179 aa  62  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  31.08 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.46 
 
 		 181 aa  61.2  0.000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  24.4 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  28.57 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  23.76 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  33.79 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  33.57 
 
 		 184 aa  61.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>