More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4072 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0387  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  59.34 
 
 
911 aa  1035    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.807363  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 
885 aa  1752    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  48.85 
 
 
761 aa  610  1e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  50.81 
 
 
748 aa  579  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  51.27 
 
 
756 aa  573  1.0000000000000001e-162  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1073  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.55 
 
 
753 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0361267  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.29 
 
 
853 aa  323  8e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.78 
 
 
991 aa  312  2e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.98 
 
 
981 aa  311  4e-83  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.8 
 
 
996 aa  306  8.000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.32 
 
 
995 aa  305  3.0000000000000004e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  28.17 
 
 
1029 aa  298  3e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  28.94 
 
 
740 aa  296  2e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.65 
 
 
1055 aa  293  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.31 
 
 
995 aa  290  6e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  31.06 
 
 
989 aa  285  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.13 
 
 
856 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  28.34 
 
 
1001 aa  285  4.0000000000000003e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  29.75 
 
 
735 aa  280  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.92 
 
 
848 aa  274  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.28 
 
 
849 aa  272  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  29.82 
 
 
759 aa  270  1e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3464  protein-export membrane protein SecD  26.11 
 
 
849 aa  268  4e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.068989  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.2 
 
 
762 aa  267  7e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1191  preprotein translocase subunit SecD  34.7 
 
 
493 aa  264  4.999999999999999e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.8 
 
 
991 aa  263  8e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.36 
 
 
839 aa  263  8.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  34.64 
 
 
464 aa  261  5.0000000000000005e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.53 
 
 
844 aa  259  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.73 
 
 
856 aa  259  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.35 
 
 
990 aa  259  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.83 
 
 
845 aa  256  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  34.1 
 
 
495 aa  254  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.59 
 
 
844 aa  254  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  34.72 
 
 
495 aa  254  6e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  29.24 
 
 
843 aa  251  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  34.67 
 
 
471 aa  250  8e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_002620  TC0733  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.81 
 
 
1400 aa  250  9e-65  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  34.04 
 
 
474 aa  249  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  32.11 
 
 
461 aa  249  2e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07161  preprotein translocase subunit SecD  32.08 
 
 
489 aa  248  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.145798 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  34.56 
 
 
470 aa  247  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  34.56 
 
 
470 aa  247  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4491  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.49 
 
 
754 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000282789 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4144  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.49 
 
 
754 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.08 
 
 
750 aa  244  5e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4306  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.49 
 
 
754 aa  244  6e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  32.35 
 
 
470 aa  244  6e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4641  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.49 
 
 
754 aa  244  6e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4545  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.49 
 
 
754 aa  243  9e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.78 
 
 
754 aa  243  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  28.99 
 
 
977 aa  243  1e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4155  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.4 
 
 
754 aa  242  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  33.65 
 
 
487 aa  242  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  28.65 
 
 
900 aa  242  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3127  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.84 
 
 
752 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4530  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  29.32 
 
 
754 aa  242  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.566924  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.34 
 
 
846 aa  241  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.24 
 
 
759 aa  241  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1727  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  27.24 
 
 
759 aa  241  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.347489  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.24 
 
 
834 aa  240  6.999999999999999e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0705  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.89 
 
 
754 aa  239  1e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  26.62 
 
 
844 aa  239  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.6 
 
 
750 aa  238  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1501  protein-export membrane protein SecD  30.74 
 
 
793 aa  237  6e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.365573  normal  0.0601553 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4258  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28.32 
 
 
755 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  30.46 
 
 
846 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.7 
 
 
785 aa  234  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  25.7 
 
 
785 aa  234  5e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0282  preprotein translocase subunit SecD  31.57 
 
 
496 aa  233  9e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.621699  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09521  preprotein translocase subunit SecD  31.23 
 
 
496 aa  232  3e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.1601 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  28.51 
 
 
734 aa  228  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  32.88 
 
 
464 aa  223  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  33.92 
 
 
622 aa  222  1.9999999999999999e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  26.53 
 
 
763 aa  220  7.999999999999999e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10121  preprotein translocase subunit SecD  29.73 
 
 
486 aa  220  7.999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  26.91 
 
 
855 aa  219  1e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09311  preprotein translocase subunit SecD  30.33 
 
 
489 aa  216  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.483137  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  32.99 
 
 
525 aa  215  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09291  preprotein translocase subunit SecD  29.89 
 
 
487 aa  214  7.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0870  preprotein translocase subunit SecD  30.33 
 
 
489 aa  213  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.451271  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  32.02 
 
 
532 aa  212  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  31.39 
 
 
531 aa  211  4e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  29.72 
 
 
473 aa  211  6e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  30.99 
 
 
533 aa  210  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  32.87 
 
 
457 aa  209  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  30.46 
 
 
584 aa  208  3e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  31.68 
 
 
613 aa  207  7e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  31.67 
 
 
535 aa  206  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  30.29 
 
 
533 aa  206  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  31.4 
 
 
530 aa  207  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  31.68 
 
 
613 aa  205  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  31.57 
 
 
613 aa  204  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  28 
 
 
759 aa  204  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  32.02 
 
 
533 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  30.08 
 
 
532 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  32.02 
 
 
533 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  30.5 
 
 
534 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  31.77 
 
 
533 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  30.99 
 
 
532 aa  201  7e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>