More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3576 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
567 aa  1104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  45.64 
 
 
657 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  44.55 
 
 
659 aa  426  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  44.74 
 
 
659 aa  428  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  45.95 
 
 
661 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  46.91 
 
 
541 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  45.31 
 
 
606 aa  421  1e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 
667 aa  417  1e-115  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  42.54 
 
 
538 aa  415  1e-115  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  45.84 
 
 
661 aa  416  1e-115  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  42.06 
 
 
551 aa  413  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  42.97 
 
 
530 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  42.51 
 
 
545 aa  408  1e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  42.49 
 
 
542 aa  404  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  43.1 
 
 
556 aa  399  1e-110  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  43.87 
 
 
523 aa  401  1e-110  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  42.8 
 
 
573 aa  399  1e-110  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  44.42 
 
 
682 aa  399  1e-110  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  43 
 
 
490 aa  399  1e-110  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  46.34 
 
 
685 aa  400  1e-110  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  42.26 
 
 
574 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.17 
 
 
664 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  42.41 
 
 
554 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  40.22 
 
 
584 aa  396  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  44.01 
 
 
660 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  44.1 
 
 
523 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  45.96 
 
 
524 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  43.2 
 
 
503 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  43.99 
 
 
540 aa  395  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.29 
 
 
526 aa  392  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  41.35 
 
 
582 aa  391  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  42.16 
 
 
656 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  43.81 
 
 
668 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 
497 aa  392  1e-107  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  45.15 
 
 
661 aa  389  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.03 
 
 
661 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.26 
 
 
550 aa  392  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  41.59 
 
 
531 aa  390  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  43.13 
 
 
682 aa  392  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 
658 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  44.65 
 
 
667 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 
658 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  44.65 
 
 
667 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 
658 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  43.35 
 
 
554 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  43.31 
 
 
551 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  43.31 
 
 
551 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  44.69 
 
 
583 aa  389  1e-106  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  41.71 
 
 
534 aa  389  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  41.78 
 
 
505 aa  388  1e-106  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  42.77 
 
 
526 aa  385  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  43.69 
 
 
526 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  39.57 
 
 
494 aa  383  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  42.83 
 
 
606 aa  384  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  43.43 
 
 
525 aa  382  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  42.86 
 
 
535 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  44.28 
 
 
667 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  44.21 
 
 
548 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  42.66 
 
 
637 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  44.47 
 
 
667 aa  384  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  44.25 
 
 
658 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  43.18 
 
 
535 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  38.52 
 
 
538 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  41.81 
 
 
553 aa  380  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 
506 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  38.55 
 
 
548 aa  379  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  40.51 
 
 
603 aa  379  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  38.55 
 
 
548 aa  379  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  2.12445e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  40.99 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  44.6 
 
 
662 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
505 aa  379  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  42.58 
 
 
526 aa  382  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  38.68 
 
 
546 aa  380  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  42.51 
 
 
660 aa  379  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  40.31 
 
 
580 aa  381  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  43.43 
 
 
529 aa  381  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
505 aa  380  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  40.59 
 
 
504 aa  376  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  42.97 
 
 
673 aa  377  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  42.27 
 
 
553 aa  376  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  44.66 
 
 
658 aa  379  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  42.58 
 
 
531 aa  377  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  46.05 
 
 
539 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  43.47 
 
 
658 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  40.59 
 
 
504 aa  378  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83656e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  43.86 
 
 
658 aa  378  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  40.79 
 
 
504 aa  378  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  43.66 
 
 
658 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  39.34 
 
 
573 aa  375  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  43.23 
 
 
687 aa  373  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  43.81 
 
 
498 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  43.07 
 
 
551 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  39.82 
 
 
539 aa  373  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  42.75 
 
 
551 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  40.26 
 
 
529 aa  375  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  42.53 
 
 
531 aa  373  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>