More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3532 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  59.93 
 
 
568 aa  646  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
556 aa  1098  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  58.43 
 
 
606 aa  616  1e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  56.24 
 
 
609 aa  601  1e-170  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03700  choline/carnitine/betaine transport  60.62 
 
 
600 aa  592  1e-168  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  54.92 
 
 
539 aa  534  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  47.98 
 
 
659 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  47.98 
 
 
659 aa  464  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11170  dephospho-CoA kinase  44.75 
 
 
789 aa  460  1e-128  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.901477  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  45.95 
 
 
657 aa  452  1e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  47.3 
 
 
538 aa  449  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  47.26 
 
 
661 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  46.17 
 
 
545 aa  437  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  47.06 
 
 
661 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  46.17 
 
 
637 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  45.51 
 
 
660 aa  431  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  44.6 
 
 
551 aa  429  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  44.59 
 
 
685 aa  429  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  47.29 
 
 
541 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  45.28 
 
 
530 aa  426  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  44.56 
 
 
667 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  45.05 
 
 
667 aa  417  1e-115  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  44.86 
 
 
667 aa  417  1e-115  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  45.02 
 
 
606 aa  417  1e-115  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  44.67 
 
 
667 aa  416  1e-115  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  44.86 
 
 
667 aa  417  1e-115  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  45.04 
 
 
682 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  42.52 
 
 
573 aa  411  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  44.18 
 
 
682 aa  410  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  45.28 
 
 
658 aa  406  1e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  45.78 
 
 
664 aa  406  1e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  45.26 
 
 
661 aa  406  1e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  45.28 
 
 
658 aa  406  1e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  43.97 
 
 
660 aa  407  1e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  45.28 
 
 
658 aa  406  1e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  44.29 
 
 
673 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  43.22 
 
 
668 aa  405  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  39.74 
 
 
677 aa  403  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  39.74 
 
 
677 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  41.83 
 
 
656 aa  401  1e-110  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  45.08 
 
 
658 aa  400  1e-110  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  43.82 
 
 
503 aa  399  1e-110  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  41.92 
 
 
534 aa  399  1e-110  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.7 
 
 
542 aa  398  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  42.42 
 
 
523 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.51 
 
 
567 aa  395  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  40.26 
 
 
684 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  44.51 
 
 
658 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  43.03 
 
 
526 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  41.11 
 
 
529 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  44.05 
 
 
658 aa  394  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  39.56 
 
 
679 aa  395  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  43.68 
 
 
658 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  43.52 
 
 
658 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  44 
 
 
662 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.22 
 
 
550 aa  391  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  44.07 
 
 
658 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 
661 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  43.79 
 
 
682 aa  389  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  40.61 
 
 
646 aa  387  1e-106  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  41.54 
 
 
538 aa  388  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  44.97 
 
 
520 aa  387  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  44.74 
 
 
531 aa  387  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  41.94 
 
 
676 aa  388  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  42.8 
 
 
687 aa  388  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  39.51 
 
 
682 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  42.63 
 
 
676 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  43.79 
 
 
506 aa  384  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  37.58 
 
 
494 aa  385  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  39.26 
 
 
644 aa  382  1e-104  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  43.35 
 
 
546 aa  379  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  42.43 
 
 
498 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  39.51 
 
 
682 aa  382  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.65 
 
 
698 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  39.41 
 
 
671 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  43.23 
 
 
673 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  42.83 
 
 
676 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  38.4 
 
 
677 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  42.63 
 
 
691 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  39.63 
 
 
653 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  42.51 
 
 
539 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  41.86 
 
 
574 aa  378  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  38.34 
 
 
724 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  42.83 
 
 
523 aa  375  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  42.69 
 
 
535 aa  374  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  43.63 
 
 
531 aa  372  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  41.99 
 
 
526 aa  375  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  42.75 
 
 
526 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  41.48 
 
 
525 aa  370  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  40.17 
 
 
724 aa  371  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  38 
 
 
667 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  42.45 
 
 
676 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  43.76 
 
 
524 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.65 
 
 
567 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>