More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2234 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  496  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.35 
 
 
249 aa  266  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
252 aa  261  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
256 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
249 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
262 aa  259  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
254 aa  258  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
250 aa  258  7e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
251 aa  256  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
258 aa  255  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
250 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
252 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
254 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
254 aa  249  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.8 
 
 
252 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
254 aa  248  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
253 aa  248  7e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 
253 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.88 
 
 
251 aa  245  6e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
252 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
253 aa  242  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
254 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
254 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
255 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
252 aa  239  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  49.59 
 
 
251 aa  238  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.54 
 
 
256 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
249 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
247 aa  235  6e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
250 aa  234  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
257 aa  230  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.99 
 
 
252 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.99 
 
 
252 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
258 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
252 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
251 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
252 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
252 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
252 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
252 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
252 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
252 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
253 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
249 aa  223  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
256 aa  219  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
252 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.23 
 
 
259 aa  216  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
251 aa  211  7e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  47.97 
 
 
243 aa  209  5e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.06 
 
 
247 aa  208  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
245 aa  203  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
245 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  44.09 
 
 
635 aa  194  8.000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  39.45 
 
 
259 aa  182  6e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
247 aa  164  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0834  acetoin dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2427  acetoin dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02067  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  37.04 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3264  acetoin dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0298905 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1510  acetoin dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2272  acetoin dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02025  hypothetical protein  37.04 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
270 aa  113  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.61 
 
 
265 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0906  acetoin dehydrogenase  37.04 
 
 
253 aa  112  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.957283  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
259 aa  112  6e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6264  short chain dehydrogenase  40.84 
 
 
703 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340053  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
282 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2409  acetoin dehydrogenase  35.14 
 
 
260 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
251 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2517  acetoin dehydrogenase  34.82 
 
 
260 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2316  acetoin dehydrogenase  34.82 
 
 
260 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2405  acetoin dehydrogenase  34.82 
 
 
260 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
255 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2360  acetoin dehydrogenase  35.81 
 
 
253 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.9 
 
 
299 aa  107  3e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
248 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
252 aa  105  8e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
253 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 
251 aa  104  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2737  acetoin dehydrogenase  32.49 
 
 
257 aa  104  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 
270 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159561  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
261 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
256 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
255 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 
259 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.22 
 
 
260 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  30.67 
 
 
254 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
279 aa  102  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.322178  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
249 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
235 aa  101  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
249 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
254 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>