197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2182 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2182  RecB family nuclease, putative  100 
 
 
1198 aa  2403  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000250648  decreased coverage  2.09405e-06 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1529  hypothetical protein  50 
 
 
1175 aa  923  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0907559  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5304  AAA ATPase  52.68 
 
 
1153 aa  1074  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02510  predicted nuclease (RecB family)  37.97 
 
 
1250 aa  597  1e-169  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4472  RecB family-like nuclease  37.86 
 
 
1151 aa  593  1e-168  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.836505  normal  0.104003 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2223  RecB family-like nuclease  37.38 
 
 
1163 aa  583  1e-165  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3239  RecB family nuclease, putative  37.17 
 
 
1228 aa  576  1e-163  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.262679 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1000  hypothetical protein  37.19 
 
 
1215 aa  570  1e-161  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0219894 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  37.75 
 
 
1139 aa  572  1e-161  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1535  ATPase  51.31 
 
 
1280 aa  561  1e-158  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  35.17 
 
 
1118 aa  560  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00610  predicted nuclease (RecB family)  35.85 
 
 
1270 aa  551  1e-155  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2456  hypothetical protein  35.62 
 
 
1247 aa  537  1e-151  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.320615  normal  0.0142117 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0890  hypothetical protein  37.26 
 
 
1215 aa  538  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3983  RecB family-like nuclease  37.36 
 
 
1143 aa  530  1e-149  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0895851 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3969  RecB family-like nuclease  37.08 
 
 
1143 aa  529  1e-148  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4043  RecB family-like nuclease  37.08 
 
 
1143 aa  529  1e-148  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0117  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  40.25 
 
 
1324 aa  523  1e-146  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0229984  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2717  hypothetical protein  33.55 
 
 
1126 aa  519  1e-145  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375535 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3698  RecB family nuclease, putative  36.24 
 
 
1082 aa  511  1e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1283  hypothetical protein  32.25 
 
 
1116 aa  511  1e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.112248 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20350  predicted nuclease (RecB family)  35.05 
 
 
1196 aa  503  1e-140  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0935  hypothetical protein  30.52 
 
 
1172 aa  477  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.576468  hitchhiker  0.000557734 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1107  hypothetical protein  33.44 
 
 
1121 aa  439  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.186279  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0250  hypothetical protein  37.7 
 
 
1350 aa  293  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4059  hypothetical protein  35.07 
 
 
522 aa  235  4e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0336  hypothetical protein  26.24 
 
 
487 aa  139  3e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4865  hypothetical protein  25.79 
 
 
494 aa  125  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.120137  unclonable  2.12393e-07 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2870  hypothetical protein  27.06 
 
 
493 aa  119  4e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3226  nuclease (RecB family)-like protein  27.06 
 
 
493 aa  119  4e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.492235  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  28.53 
 
 
606 aa  117  1e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  28.18 
 
 
486 aa  111  8e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0186  hypothetical protein  23.12 
 
 
512 aa  110  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.12716 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3349  hypothetical protein  25.28 
 
 
512 aa  110  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.134566  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  29.58 
 
 
986 aa  109  3e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2410  RecB family nuclease, putative  25.89 
 
 
486 aa  107  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2051  hypothetical protein  27.85 
 
 
480 aa  105  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  30.86 
 
 
902 aa  102  5e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1720  hypothetical protein  27.39 
 
 
1259 aa  100  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1516  AAA ATPase  27.53 
 
 
1271 aa  100  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.18518 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2207  AAA ATPase  27.47 
 
 
1255 aa  99  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  27.78 
 
 
934 aa  99  5e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  28.68 
 
 
901 aa  97.1  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1511  hypothetical protein  27.03 
 
 
1275 aa  96.3  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  27.42 
 
 
902 aa  96.3  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_443  predicted protein  26.44 
 
 
797 aa  95.1  6e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00278314 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  28.53 
 
 
752 aa  94.7  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  31.65 
 
 
1189 aa  92  6e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  25.11 
 
 
636 aa  91.7  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.182611 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00646  hypothetical protein similar to possible regulator of nonsense transcripts (Broad)  25.45 
 
 
1077 aa  91.7  9e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3380  AAA ATPase  29.3 
 
 
632 aa  90.5  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.134452  normal  0.835582 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_1178  predicted protein  25.74 
 
 
609 aa  90.1  2e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.243815 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27204  predicted protein  32.5 
 
 
553 aa  89.4  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.332143  normal  0.0288393 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29705  predicted protein  32.5 
 
 
553 aa  89.4  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0430706  hitchhiker  0.00367175 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  27.76 
 
 
636 aa  89  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42380  predicted protein  27.15 
 
 
479 aa  86.3  4e-15  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL04770  DNA helicase, putative  24.49 
 
 
952 aa  84.3  1e-14  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  27.52 
 
 
1999 aa  83.2  3e-14  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01780  hypothetical protein  29.1 
 
 
2245 aa  82.8  3e-14  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2292  predicted protein  30.4 
 
 
464 aa  82.4  4e-14  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2411  AAA ATPase  26.72 
 
 
635 aa  81.3  1e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000174617  normal  0.335241 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02960  ATP dependent helicase, putative  25.27 
 
 
1090 aa  78.6  7e-13  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275864  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  28.97 
 
 
629 aa  77.8  1e-12  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  26.05 
 
 
611 aa  77.4  2e-12  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43905  predicted protein  25.19 
 
 
1038 aa  77  2e-12  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.352902  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  29.63 
 
 
622 aa  77  2e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  29 
 
 
622 aa  77  2e-12  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03980  DNA replication helicase dna2, putative  23.83 
 
 
1097 aa  75.9  4e-12  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.450462  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  28.11 
 
 
619 aa  75.9  4e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4394  superfamily I DNA/RNA helicase  23.65 
 
 
585 aa  75.5  6e-12  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.483682 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51262  predicted protein  28.68 
 
 
388 aa  73.9  2e-11  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.21292  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1828  putative DNA helicase  24.3 
 
 
633 aa  73.2  3e-11  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03653  essential tripartite DNA replication factor with single-stranded DNA-dependent ATPase (Eurofung)  25.73 
 
 
1048 aa  72.8  4e-11  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61353  predicted protein  24.84 
 
 
716 aa  72.4  4e-11  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1489  hypothetical protein  29.03 
 
 
1018 aa  72.4  5e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.132129  normal  0.443999 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1356  RAP domain-containing protein  24.02 
 
 
1121 aa  72  7e-11  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2554  superfamily I DNA/RNA helicase  25.44 
 
 
1653 aa  71.6  8e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237962  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0744  conserved hypothetical protein, putative DNA helicase  24.92 
 
 
932 aa  70.9  1e-10  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0965735 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119646  predicted protein  28.85 
 
 
795 aa  70.5  2e-10  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.44147  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  24.34 
 
 
650 aa  70.1  3e-10  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0828  putative DNA helicase  24.03 
 
 
633 aa  69.7  3e-10  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0014  putative DNA helicase  24 
 
 
925 aa  69.3  4e-10  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4746  superfamily I DNA helicase  26.07 
 
 
1171 aa  68.9  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.140962 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_4992  predicted protein  26.97 
 
 
297 aa  68.9  5e-10  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.687838  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0955  DNA helicase  26.07 
 
 
655 aa  69.3  5e-10  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2281  putative DNA helicase  27.08 
 
 
928 aa  69.3  5e-10  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4366  superfamily I DNA/RNA helicase  32.46 
 
 
651 aa  68.6  6e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.158459 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4249  superfamily I DNA/RNA helicase  29.24 
 
 
1185 aa  68.6  7e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  23.97 
 
 
650 aa  68.2  8e-10  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4376  superfamily I DNA/RNA helicase  30.42 
 
 
659 aa  68.6  8e-10  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.568868 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3588  DNA helicase  22.49 
 
 
1002 aa  67.8  1e-09  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.430381  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0719  RecB family-like nuclease  25 
 
 
495 aa  67.4  1e-09  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.253334  hitchhiker  4.30551e-08 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2072  DNA helicase  23.61 
 
 
769 aa  68.2  1e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2796  transcription factor jumonji, jmjC  41.67 
 
 
193 aa  67.8  1e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.32584e-09  hitchhiker  6.04093e-06 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9531  helicase ATP-binding protein  27.91 
 
 
1137 aa  67.8  1e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.964957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01710  putative DNA helicase  27.13 
 
 
754 aa  67.4  2e-09  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0238  DNA helicase  25.89 
 
 
922 aa  67  2e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37994  predicted protein  25.36 
 
 
521 aa  67.4  2e-09  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.273766 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07652  DNA helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G01090)  23.45 
 
 
686 aa  66.2  4e-09  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1089  putative DNA helicase  25.35 
 
 
633 aa  66.2  4e-09  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.837557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>