More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1966 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1966  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 
155 aa  312  9e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  2.97683e-08  unclonable  2.58793e-08 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2818  transcriptional regulator, MerR family  71.23 
 
 
171 aa  212  1e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  3.70461e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1099  transcriptional regulator, MerR family  68.31 
 
 
151 aa  210  6e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  70.92 
 
 
162 aa  209  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9086  putative transcriptional regulator, MerR family  67.57 
 
 
162 aa  207  3e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4811  MerR family transcriptional regulator  70 
 
 
144 aa  204  5e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.229804  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4363  MerR family transcriptional regulator  69.29 
 
 
143 aa  202  2e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0411786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4656  MerR family transcriptional regulator  69.29 
 
 
143 aa  202  2e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.871775  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4277  MerR family transcriptional regulator  69.29 
 
 
143 aa  202  2e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.637089  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0738  transcriptional regulator, MerR family  65.73 
 
 
160 aa  199  1e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1922  MerR family transcriptional regulator  69.29 
 
 
155 aa  197  4e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1494  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  63.83 
 
 
165 aa  189  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3207  putative transcriptional regulator, MerR family  63.38 
 
 
143 aa  188  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.789074  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  66.67 
 
 
184 aa  187  3e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  2.4461e-07 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  59.31 
 
 
149 aa  187  5e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  60.28 
 
 
144 aa  187  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2967  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  62.86 
 
 
156 aa  186  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0340992  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0408  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  63.83 
 
 
153 aa  185  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.381542  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  61.11 
 
 
152 aa  183  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  64.49 
 
 
163 aa  183  8e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35170  putative redox-sensing activator of soxS  61.43 
 
 
156 aa  181  4e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  61.43 
 
 
148 aa  179  9e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  60.14 
 
 
158 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2950  MerR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
161 aa  177  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  63.7 
 
 
169 aa  177  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  59.57 
 
 
153 aa  177  5e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  62.5 
 
 
156 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  60.14 
 
 
155 aa  176  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  61.59 
 
 
145 aa  175  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  59.29 
 
 
152 aa  174  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2129  MerR family transcriptional regulator  57.55 
 
 
150 aa  175  3e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.802398  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4984  MerR family transcriptional regulator  62.32 
 
 
145 aa  175  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000669635 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  60.14 
 
 
161 aa  174  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3439  MerR family transcriptional regulator  60.14 
 
 
150 aa  173  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.408622 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1373  MerR family transcriptional regulator  61.9 
 
 
159 aa  172  1e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4431  transcriptional regulator, MerR family  62.14 
 
 
160 aa  171  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290243  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  58.7 
 
 
154 aa  169  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  54.81 
 
 
150 aa  168  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3746  MerR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
151 aa  167  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2806  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  54.35 
 
 
158 aa  166  8e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.37472  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
154 aa  166  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  52.94 
 
 
146 aa  166  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
152 aa  164  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
152 aa  164  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
152 aa  164  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
152 aa  164  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  57.97 
 
 
152 aa  164  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3931  transcriptional regulator, MerR family  59.72 
 
 
154 aa  162  1e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1341  MerR family transcriptional regulator  63.57 
 
 
148 aa  162  1e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.446119  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  51.85 
 
 
143 aa  162  1e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  57.25 
 
 
152 aa  162  1e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1480  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  55.71 
 
 
148 aa  163  1e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00810919  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  53.96 
 
 
148 aa  163  1e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  48.57 
 
 
145 aa  161  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  53.62 
 
 
163 aa  161  4e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1287  MerR family transcriptional regulator  55.97 
 
 
155 aa  159  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422706  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  52.59 
 
 
146 aa  158  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01270  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  60.28 
 
 
165 aa  158  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  56.52 
 
 
151 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  55.8 
 
 
151 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  53.28 
 
 
161 aa  157  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00260  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  53.42 
 
 
169 aa  156  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  52.48 
 
 
159 aa  155  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  55.07 
 
 
151 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  49.65 
 
 
148 aa  153  9e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  53.33 
 
 
158 aa  152  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0954  MerR family transcriptional regulator  50.36 
 
 
146 aa  149  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0450773  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  50.35 
 
 
173 aa  148  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0157  MerR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
167 aa  145  2e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  50.36 
 
 
158 aa  144  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0250  transcriptional regulator, MerR family  52.14 
 
 
154 aa  144  4e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1582  MerR family transcriptional regulator  48.92 
 
 
151 aa  143  8e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1995  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
149 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.414348  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36770  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  53.62 
 
 
167 aa  141  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.25815  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1612  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  48.92 
 
 
156 aa  140  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  48.92 
 
 
156 aa  136  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  47.83 
 
 
166 aa  135  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3929  MerR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
159 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
159 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
159 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
159 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4130  MerR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
158 aa  130  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.442587  normal  0.0543283 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4594  MerR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
158 aa  129  1e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1003  MerR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
159 aa  129  1e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926369  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2534  transcriptional regulator, MerR family  35.29 
 
 
136 aa  84.3  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  5.67314e-10  normal  0.0526863 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
138 aa  70.1  1e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
136 aa  67.8  5e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  35.25 
 
 
133 aa  67  9e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  39.13 
 
 
129 aa  67  1e-10  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
130 aa  65.1  3e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
130 aa  65.1  3e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
130 aa  65.1  3e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  39.62 
 
 
129 aa  65.5  3e-10  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>