More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1904 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  68.76 
 
 		 663 aa  912    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 678 aa  1357    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00860  choline/carnitine/betaine transport  50.23 
 
 		 662 aa  581  1e-164  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22280  choline/carnitine/betaine transport  49.42 
 
 		 639 aa  555  1e-156  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16530  choline/carnitine/betaine transport  50.66 
 
 		 651 aa  543  1e-153  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0532776  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2261  choline/carnitine/betaine transporter  48.7 
 
 		 671 aa  526  1e-148  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02380  choline/carnitine/betaine transport  46.56 
 
 		 664 aa  523  1e-147  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.136626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  48.92 
 
 		 611 aa  500  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 		 583 aa  491  1e-137  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  46.63 
 
 		 573 aa  491  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  47.57 
 
 		 610 aa  477  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  43.68 
 
 		 582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  43.84 
 
 		 582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  43.84 
 
 		 582 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  45.77 
 
 		 573 aa  460  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3716  choline/carnitine/betaine transporter  44.99 
 
 		 629 aa  458  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.903721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  45.42 
 
 		 694 aa  449  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00590  choline/carnitine/betaine transport  43.76 
 
 		 592 aa  443  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0767816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2676  choline/carnitine/betaine transporter  44.22 
 
 		 582 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3628  choline/carnitine/betaine transporter  42.7 
 
 		 581 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2105  choline/carnitine/betaine transporter  42.7 
 
 		 581 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2288  choline/carnitine/betaine transporter  43.43 
 
 		 582 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529795 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6409  choline/carnitine/betaine transporter  43.24 
 
 		 585 aa  439  1e-121  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0184  BCCT transporter  40.98 
 
 		 602 aa  431  1e-119  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  42.03 
 
 		 580 aa  414  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4898  choline/carnitine/betaine transporter  45.72 
 
 		 586 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4142  choline/carnitine/betaine transporter  40.99 
 
 		 602 aa  403  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  37.87 
 
 		 600 aa  372  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  40.68 
 
 		 531 aa  363  6e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  41.12 
 
 		 531 aa  355  1e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  41.52 
 
 		 577 aa  355  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  37.11 
 
 		 546 aa  354  2.9999999999999997e-96  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  43.48 
 
 		 525 aa  346  8.999999999999999e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  35.96 
 
 		 548 aa  340  2.9999999999999998e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  35.96 
 
 		 548 aa  340  2.9999999999999998e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0292  BCCT transporter  44.34 
 
 		 513 aa  340  4e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0419043 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  38.2 
 
 		 490 aa  335  2e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  37.79 
 
 		 574 aa  332  2e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  39.31 
 
 		 508 aa  332  2e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  34.66 
 
 		 681 aa  327  4.0000000000000003e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  37.47 
 
 		 532 aa  327  6e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  35.83 
 
 		 494 aa  325  2e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  39.92 
 
 		 637 aa  325  2e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  37.84 
 
 		 558 aa  322  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  39.43 
 
 		 497 aa  322  1.9999999999999998e-86  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  36.35 
 
 		 506 aa  321  3e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  36.87 
 
 		 498 aa  320  5e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  320  7e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  320  7.999999999999999e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  320  7.999999999999999e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  320  7.999999999999999e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  320  7.999999999999999e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  37.33 
 
 		 505 aa  320  7.999999999999999e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  37.7 
 
 		 523 aa  319  9e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  35.98 
 
 		 516 aa  319  9e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  36.85 
 
 		 516 aa  319  1e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  36.85 
 
 		 516 aa  319  1e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  37.27 
 
 		 516 aa  319  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  35.37 
 
 		 681 aa  319  1e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  34.65 
 
 		 503 aa  319  1e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  36.31 
 
 		 516 aa  318  2e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  37.13 
 
 		 505 aa  318  2e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  38.74 
 
 		 580 aa  318  2e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  37.94 
 
 		 550 aa  318  2e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  37.88 
 
 		 606 aa  318  3e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  35.66 
 
 		 516 aa  317  4e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  36.65 
 
 		 516 aa  317  5e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  35.47 
 
 		 573 aa  317  5e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  36.65 
 
 		 516 aa  317  5e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  37.23 
 
 		 667 aa  317  6e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  37.13 
 
 		 504 aa  316  9e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  37.43 
 
 		 667 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  36.25 
 
 		 516 aa  316  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  36.35 
 
 		 505 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  37.23 
 
 		 667 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  36.27 
 
 		 516 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  37.13 
 
 		 504 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  37.43 
 
 		 667 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  36.47 
 
 		 551 aa  313  6.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  32.64 
 
 		 606 aa  311  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  35.83 
 
 		 659 aa  311  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  35.51 
 
 		 603 aa  310  5e-83  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  36.4 
 
 		 646 aa  310  5e-83  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  36.73 
 
 		 504 aa  310  5.9999999999999995e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1121  choline/carnitine/betaine transporter  36.71 
 
 		 611 aa  309  1.0000000000000001e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  35.83 
 
 		 659 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  35.37 
 
 		 520 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  35.1 
 
 		 661 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  35.37 
 
 		 520 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  36.4 
 
 		 676 aa  307  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  36.4 
 
 		 676 aa  306  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  36.42 
 
 		 609 aa  305  1.0000000000000001e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  30.34 
 
 		 637 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  36.2 
 
 		 682 aa  305  2.0000000000000002e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  36.65 
 
 		 698 aa  305  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  35.96 
 
 		 657 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  35.39 
 
 		 542 aa  304  3.0000000000000004e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  35.8 
 
 		 673 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  37.15 
 
 		 665 aa  302  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  35.34 
 
 		 661 aa  302  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>