More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1338 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 542 aa  1075    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  38.75 
 
 		 632 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  37.3 
 
 		 586 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  38.04 
 
 		 650 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  38.63 
 
 		 650 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  37.28 
 
 		 584 aa  378  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  40.42 
 
 		 593 aa  375  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  37.6 
 
 		 527 aa  370  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  34.92 
 
 		 540 aa  358  9.999999999999999e-98  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  34.77 
 
 		 540 aa  350  3e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  34.77 
 
 		 540 aa  350  3e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35 
 
 		 507 aa  344  2e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  33.33 
 
 		 532 aa  343  5e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  36.44 
 
 		 525 aa  319  7.999999999999999e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  32.72 
 
 		 548 aa  309  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  32.51 
 
 		 548 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  32.51 
 
 		 548 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  31.74 
 
 		 536 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  35.73 
 
 		 503 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  31.55 
 
 		 536 aa  300  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  32.1 
 
 		 536 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  33.19 
 
 		 481 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  33.19 
 
 		 481 aa  299  8e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  33.19 
 
 		 481 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  33.19 
 
 		 476 aa  299  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  31.55 
 
 		 536 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  32.33 
 
 		 513 aa  295  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  34.3 
 
 		 532 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  33.66 
 
 		 523 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  31.92 
 
 		 522 aa  286  5.999999999999999e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  32.96 
 
 		 490 aa  286  8e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.34 
 
 		 508 aa  286  9e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  37.84 
 
 		 525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  29.81 
 
 		 542 aa  279  1e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  33.06 
 
 		 526 aa  278  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  32.61 
 
 		 573 aa  278  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.11 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.11 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  37.13 
 
 		 531 aa  277  3e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.11 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.11 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.11 
 
 		 505 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  33.59 
 
 		 541 aa  277  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.85 
 
 		 504 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  31.85 
 
 		 504 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  35.11 
 
 		 611 aa  276  7e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.65 
 
 		 504 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.65 
 
 		 504 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  31.65 
 
 		 504 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.65 
 
 		 504 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  32.09 
 
 		 556 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.65 
 
 		 504 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  33.82 
 
 		 494 aa  274  3e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  32.47 
 
 		 600 aa  273  5.000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.32 
 
 		 514 aa  273  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  33.93 
 
 		 606 aa  271  2e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.45 
 
 		 504 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  32.41 
 
 		 506 aa  270  4e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  33.08 
 
 		 573 aa  268  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  33.04 
 
 		 530 aa  268  2e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  33.62 
 
 		 498 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  29.61 
 
 		 551 aa  266  5e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  31.96 
 
 		 505 aa  266  7e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  31.96 
 
 		 505 aa  266  7e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  36.81 
 
 		 531 aa  266  8e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  31.96 
 
 		 505 aa  265  1e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  31.96 
 
 		 505 aa  265  1e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  31.96 
 
 		 505 aa  265  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  31.96 
 
 		 505 aa  265  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  29.76 
 
 		 606 aa  266  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  34.85 
 
 		 580 aa  265  1e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  31.75 
 
 		 504 aa  265  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.52 
 
 		 514 aa  265  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  31.75 
 
 		 505 aa  264  3e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.92 
 
 		 519 aa  264  3e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  31.55 
 
 		 504 aa  264  4e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  32.52 
 
 		 577 aa  263  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 606 aa  263  6.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  32.1 
 
 		 504 aa  261  2e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  31.69 
 
 		 505 aa  261  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  30.34 
 
 		 538 aa  261  3e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  31.44 
 
 		 583 aa  261  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  29.87 
 
 		 568 aa  260  5.0000000000000005e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  32.34 
 
 		 558 aa  260  5.0000000000000005e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  33.69 
 
 		 544 aa  260  6e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  32.14 
 
 		 663 aa  259  8e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  31.45 
 
 		 659 aa  259  8e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  31.45 
 
 		 659 aa  259  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  33.4 
 
 		 610 aa  259  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  31.47 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  31.47 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  31.92 
 
 		 532 aa  257  5e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  34.67 
 
 		 603 aa  255  1.0000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  29.37 
 
 		 550 aa  255  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  33.26 
 
 		 545 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  30.54 
 
 		 548 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  31.97 
 
 		 514 aa  253  7e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  30.5 
 
 		 637 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  31.36 
 
 		 516 aa  252  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  32.58 
 
 		 609 aa  251  2e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>