More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1003 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 125 aa  246  5e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  55.75 
 
 		 125 aa  120  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2458  transcriptional regulator, MerR family  53.39 
 
 		 119 aa  117  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0140  putative transcriptional regulator, MerR family  50.85 
 
 		 126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0752186 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  52.68 
 
 		 121 aa  113  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1156  regulatory protein, MerR  52.63 
 
 		 116 aa  111  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10880  predicted transcriptional regulator  51.82 
 
 		 145 aa  107  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  51.72 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2841  transcriptional regulator, MerR family  52.59 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.429169  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  50.46 
 
 		 138 aa  100  9e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  50.44 
 
 		 147 aa  97.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  50.46 
 
 		 133 aa  94  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00240  predicted transcriptional regulator  49.09 
 
 		 114 aa  90.9  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  46.79 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7954  putative transcriptional regulator, MerR family  45.05 
 
 		 119 aa  89  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  45.61 
 
 		 135 aa  86.3  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 113 aa  85.5  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00890  predicted transcriptional regulator  43.64 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  45.22 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  43.1 
 
 		 122 aa  84  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 120 aa  84  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 113 aa  80.9  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2026  putative transcriptional regulator, MerR family  37.72 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108228 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  54.41 
 
 		 113 aa  74.7  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  41.96 
 
 		 112 aa  72.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 163 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  45.13 
 
 		 117 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  40 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  39 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  40.86 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  40.86 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  40.86 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  39 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4117  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4277  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  41.28 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  41.28 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  33.63 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4471  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00882257 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  48.53 
 
 		 122 aa  66.6  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27770  predicted transcriptional regulator  38.84 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0224211  normal  0.538153 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  39.82 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1199  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00877844  normal  0.661473 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  54.55 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3207  putative transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 143 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.789074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1569  MerR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.418349 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4984  MerR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000669635 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  40.37 
 
 		 155 aa  65.5  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35170  putative redox-sensing activator of soxS  36.28 
 
 		 156 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  39 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  37.17 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5668  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1480  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.11 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00810919  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  38.6 
 
 		 129 aa  63.9  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0435  putative transcriptional regulator, MerR family  35.51 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.517587  normal  0.257454 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  33.62 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 156 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1630  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4431  transcriptional regulator, MerR family  34.68 
 
 		 160 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290243  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  39.6 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35820  predicted transcriptional regulator  44.3 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4158  MerR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.144769 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4735  transcriptional regulator, MerR family  40.17 
 
 		 123 aa  63.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5373  transcriptional regulator, MerR family  37.27 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6346  MerR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 128 aa  62  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2967  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  34.51 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0340992  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6523  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0471751  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  37.19 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  32.74 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6757  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288009  normal  0.0279244 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 127 aa  62  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  31.86 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1099  transcriptional regulator, MerR family  35.51 
 
 		 151 aa  62  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 175 aa  62  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1754  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 153 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1645  regulatory protein, MerR  52.54 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0841182  normal  0.942746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>