More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0475 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 327 aa  648    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  76.33 
 
 		 315 aa  437  1e-121  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  63.79 
 
 		 320 aa  362  4e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  59.49 
 
 		 333 aa  329  4e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  58.56 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  59.51 
 
 		 322 aa  301  8.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  50.69 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  47.84 
 
 		 285 aa  241  2e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  44.59 
 
 		 299 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  46.55 
 
 		 342 aa  218  7.999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  44.79 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 280 aa  211  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  45.23 
 
 		 316 aa  211  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  45.88 
 
 		 299 aa  203  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  42.91 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  42.47 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  44.13 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.64 
 
 		 284 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 284 aa  178  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 284 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.29 
 
 		 284 aa  177  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  37.28 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 281 aa  169  5e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  39 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.13 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  31.52 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  33.96 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 282 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  40.51 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 292 aa  142  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.91 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  34.52 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  31.39 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 293 aa  138  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  32.05 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 282 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.05 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.05 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  32.05 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  32.05 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.73 
 
 		 272 aa  135  8e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.41 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  32.62 
 
 		 282 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  34.41 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  31.43 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 278 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  32.95 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 285 aa  133  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  35.87 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  33.11 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  34.27 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  33.6 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.77 
 
 		 281 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  31.76 
 
 		 286 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  33.82 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 281 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 280 aa  129  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 281 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  31.5 
 
 		 274 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  33.7 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.12 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 638 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.12 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 638 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 290 aa  127  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>