More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0424 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2353  serine hydroxymethyltransferase  88.36 
 
 
423 aa  751    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0383526  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0424  Glycine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
422 aa  853    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3186  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3847  Glycine hydroxymethyltransferase  80.77 
 
 
420 aa  687    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13350  serine hydroxymethyltransferase  77.62 
 
 
423 aa  655    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2884  Glycine hydroxymethyltransferase  74.64 
 
 
442 aa  625  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.595685  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0535  Glycine hydroxymethyltransferase  72.73 
 
 
434 aa  621  1e-177  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0767  serine hydroxymethyltransferase  72.14 
 
 
445 aa  623  1e-177  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1663  Glycine hydroxymethyltransferase  71.94 
 
 
435 aa  613  9.999999999999999e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2501  Glycine hydroxymethyltransferase  72.34 
 
 
427 aa  611  9.999999999999999e-175  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3596  Glycine hydroxymethyltransferase  74.47 
 
 
447 aa  610  1e-173  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5659  Glycine hydroxymethyltransferase  78.66 
 
 
421 aa  606  9.999999999999999e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10070  serine hydroxymethyltransferase  71.97 
 
 
425 aa  607  9.999999999999999e-173  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.9411  normal  0.116151 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3705  serine hydroxymethyltransferase  73.19 
 
 
453 aa  602  1.0000000000000001e-171  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3981  Glycine hydroxymethyltransferase  73.91 
 
 
434 aa  598  1e-170  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.638114 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1189  serine hydroxymethyltransferase  70.91 
 
 
432 aa  595  1e-169  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000045975 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18800  serine hydroxymethyltransferase  74.09 
 
 
412 aa  595  1e-169  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.984145 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27940  serine hydroxymethyltransferase  68.88 
 
 
430 aa  594  1e-169  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.958283  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0754  Glycine hydroxymethyltransferase  69.27 
 
 
428 aa  592  1e-168  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.128225  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4629  Glycine hydroxymethyltransferase  70.81 
 
 
430 aa  592  1e-168  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.162942 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0657  Glycine hydroxymethyltransferase  72.81 
 
 
452 aa  588  1e-167  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04680  serine hydroxymethyltransferase  69.29 
 
 
426 aa  590  1e-167  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11114  serine hydroxymethyltransferase  70.33 
 
 
426 aa  588  1e-167  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000666035  normal  0.472146 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1115  serine hydroxymethyltransferase  70.19 
 
 
435 aa  588  1e-167  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234213  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3130  Glycine hydroxymethyltransferase  71.63 
 
 
432 aa  588  1e-167  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21370  serine hydroxymethyltransferase  71.29 
 
 
422 aa  584  1.0000000000000001e-165  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.100651  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0694  serine hydroxymethyltransferase  67.22 
 
 
429 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0469  serine hydroxymethyltransferase  69.98 
 
 
474 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00996315  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2989  Glycine hydroxymethyltransferase  70.99 
 
 
440 aa  571  1.0000000000000001e-162  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  61.35 
 
 
413 aa  529  1e-149  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  61.73 
 
 
415 aa  515  1.0000000000000001e-145  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40970  serine hydroxymethyltransferase  62.65 
 
 
417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1607  serine hydroxymethyltransferase  61.65 
 
 
415 aa  512  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.203798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1881  serine hydroxymethyltransferase  61.65 
 
 
415 aa  514  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.662029  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1605  serine hydroxymethyltransferase  62.14 
 
 
415 aa  514  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0938811  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  60.58 
 
 
412 aa  512  1e-144  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
412 aa  508  1e-143  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 
413 aa  508  1e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
414 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
414 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6283  glycine hydroxymethyltransferase  61.81 
 
 
419 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.461604 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 
413 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
413 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 
413 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
413 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 
413 aa  504  1e-141  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 
414 aa  504  1e-141  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3102  serine hydroxymethyltransferase  60.63 
 
 
415 aa  504  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00573934  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1748  serine hydroxymethyltransferase  61.65 
 
 
413 aa  503  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.207733  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  58.95 
 
 
418 aa  502  1e-141  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2147  glycine hydroxymethyltransferase  61.86 
 
 
415 aa  502  1e-141  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  60.68 
 
 
415 aa  503  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  59.47 
 
 
416 aa  499  1e-140  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0031  Glycine hydroxymethyltransferase  59.66 
 
 
420 aa  498  1e-140  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  57.52 
 
 
416 aa  501  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  59.52 
 
 
413 aa  500  1e-140  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0499  serine hydroxymethyltransferase  60.1 
 
 
417 aa  498  1e-140  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.757005  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4826  serine hydroxymethyltransferase  61.71 
 
 
417 aa  500  1e-140  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020982  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4177  serine hydroxymethyltransferase  58.37 
 
 
413 aa  501  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000212054  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  60.91 
 
 
417 aa  500  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  59.28 
 
 
413 aa  498  1e-140  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60890  serine hydroxymethyltransferase  60.67 
 
 
417 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0702  serine hydroxymethyltransferase  60.43 
 
 
417 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0603318  normal  0.0336909 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0671  serine hydroxymethyltransferase  60.43 
 
 
417 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557812  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1719  serine hydroxymethyltransferase  60.15 
 
 
412 aa  496  1e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2477  serine hydroxymethyltransferase  59.09 
 
 
417 aa  495  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4632  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 
417 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10278  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2149  serine hydroxymethyltransferase  60.64 
 
 
412 aa  498  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0703  serine hydroxymethyltransferase  60.19 
 
 
417 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602975  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  61.41 
 
 
411 aa  498  1e-139  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0071  Glycine hydroxymethyltransferase  62.17 
 
 
417 aa  495  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.30135  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0004  serine hydroxymethyltransferase  58.35 
 
 
416 aa  494  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1649  serine hydroxymethyltransferase  61.33 
 
 
434 aa  494  1e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1551  serine hydroxymethyltransferase  59.32 
 
 
416 aa  496  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2187  serine hydroxymethyltransferase  60.64 
 
 
412 aa  498  1e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5243  serine hydroxymethyltransferase  60.43 
 
 
417 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4513  serine hydroxymethyltransferase  59.95 
 
 
417 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0695784  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4031  serine hydroxymethyltransferase  59.09 
 
 
417 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4270  serine hydroxymethyltransferase  60.24 
 
 
417 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0290  serine hydroxymethyltransferase  58.7 
 
 
418 aa  491  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6203  serine hydroxymethyltransferase  62.44 
 
 
417 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0377267  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4877  serine hydroxymethyltransferase  60.48 
 
 
417 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.402887  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2874  serine hydroxymethyltransferase  59.28 
 
 
414 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  60.39 
 
 
412 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0318  serine hydroxymethyltransferase  58.94 
 
 
418 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  58.92 
 
 
431 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1932  serine hydroxymethyltransferase  59.47 
 
 
415 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000167671  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3094  glycine hydroxymethyltransferase  61.06 
 
 
417 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71460  serine hydroxymethyltransferase  62.2 
 
 
417 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0197843  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1871  Glycine hydroxymethyltransferase  60 
 
 
417 aa  491  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0163056  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1912  serine hydroxymethyltransferase  59.28 
 
 
430 aa  488  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0603  serine hydroxymethyltransferase  57.63 
 
 
416 aa  488  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2165  serine hydroxymethyltransferase  58.84 
 
 
414 aa  491  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.675395  normal  0.0470902 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04405  serine hydroxymethyltransferase  60 
 
 
417 aa  488  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2907  serine hydroxymethyltransferase  57.59 
 
 
414 aa  488  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.291862  normal  0.0486853 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2083  serine hydroxymethyltransferase  57.97 
 
 
418 aa  491  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.112354  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2390  serine hydroxymethyltransferase  61.15 
 
 
416 aa  490  1e-137  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0832592 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1557  serine hydroxymethyltransferase  58 
 
 
417 aa  488  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2658  serine hydroxymethyltransferase  58.31 
 
 
414 aa  490  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0261213  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4132  serine hydroxymethyltransferase  61.95 
 
 
417 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000588766  normal  0.517769 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  60.34 
 
 
417 aa  490  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>