More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0046 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  71.28 
 
 		 648 aa  824    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 665 aa  1283    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  56.78 
 
 		 645 aa  589  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  56.83 
 
 		 637 aa  546  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  58.11 
 
 		 644 aa  544  1e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  53.88 
 
 		 647 aa  508  9.999999999999999e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  52.62 
 
 		 627 aa  486  1e-136  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  55.66 
 
 		 639 aa  483  1e-135  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  50.82 
 
 		 619 aa  476  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  48.89 
 
 		 614 aa  464  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 659 aa  137  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  30.1 
 
 		 616 aa  135  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  28.76 
 
 		 705 aa  126  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  30.7 
 
 		 553 aa  115  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.92 
 
 		 553 aa  108  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.66 
 
 		 741 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.26 
 
 		 518 aa  99.4  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 403 aa  99  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 305 aa  98.2  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 597 aa  97.4  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.93 
 
 		 555 aa  97.1  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  23.94 
 
 		 600 aa  91.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  27 
 
 		 602 aa  91.3  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  32 
 
 		 362 aa  89.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  25.58 
 
 		 650 aa  87.8  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  22.33 
 
 		 739 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 537 aa  85.5  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  32.57 
 
 		 525 aa  85.5  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.79 
 
 		 525 aa  84.3  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.52 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  26.93 
 
 		 520 aa  82.4  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  26 
 
 		 645 aa  81.6  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  20.89 
 
 		 740 aa  80.9  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  25.65 
 
 		 848 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.71 
 
 		 558 aa  79  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  26.85 
 
 		 562 aa  77.8  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  34.56 
 
 		 405 aa  77  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.94 
 
 		 1785 aa  74.7  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  30.62 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 552 aa  73.9  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 548 aa  73.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  31.92 
 
 		 537 aa  73.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 564 aa  72.4  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.08 
 
 		 732 aa  72.4  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  27.63 
 
 		 554 aa  71.2  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  26.35 
 
 		 585 aa  70.9  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  32.03 
 
 		 543 aa  70.9  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 2153 aa  70.9  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  31.94 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  25.35 
 
 		 538 aa  70.5  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  31.13 
 
 		 398 aa  70.1  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 785 aa  70.5  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.99 
 
 		 772 aa  69.7  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  26.4 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  28.57 
 
 		 571 aa  68.6  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.1 
 
 		 947 aa  68.6  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.61 
 
 		 756 aa  68.6  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  34.36 
 
 		 756 aa  67.8  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  31.9 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 		 1017 aa  67.4  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 3470 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  33.94 
 
 		 522 aa  66.6  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  30 
 
 		 438 aa  65.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 		 677 aa  65.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 545 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  19.81 
 
 		 562 aa  65.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 		 2161 aa  65.5  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  30.17 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  27.99 
 
 		 558 aa  65.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  29.38 
 
 		 505 aa  65.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 733 aa  65.5  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 		 1014 aa  64.7  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.41 
 
 		 715 aa  64.7  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.99155  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 		 2783 aa  64.3  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  45.05 
 
 		 445 aa  64.3  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  27.51 
 
 		 631 aa  64.3  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  24.64 
 
 		 404 aa  63.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  20 
 
 		 413 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  25.91 
 
 		 547 aa  63.9  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  38.14 
 
 		 557 aa  63.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  26.42 
 
 		 616 aa  62.8  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2258  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  32.53 
 
 		 763 aa  62.4  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0845535  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  26.11 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.81 
 
 		 713 aa  62  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.11 
 
 		 1101 aa  62  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1552  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  34.53 
 
 		 780 aa  61.6  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  39.29 
 
 		 486 aa  61.6  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 		 545 aa  61.6  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  29.27 
 
 		 510 aa  61.2  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.62 
 
 		 715 aa  61.2  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  34.25 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  23.26 
 
 		 518 aa  61.2  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 416 aa  61.2  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.81 
 
 		 704 aa  61.2  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  22.47 
 
 		 371 aa  61.2  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1421  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.53 
 
 		 995 aa  61.2  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5145  PTSINtr with GAF domain, PtsP  27.5 
 
 		 759 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.498029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5198  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.5 
 
 		 759 aa  60.8  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>