More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0004 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
377 aa  736    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  69.23 
 
 
377 aa  478  1e-133  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  61.7 
 
 
390 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  68.25 
 
 
379 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.66 
 
 
381 aa  450  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  61.24 
 
 
390 aa  433  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.47 
 
 
401 aa  430  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  61.23 
 
 
371 aa  419  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  56.82 
 
 
399 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  57.38 
 
 
414 aa  417  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  56.56 
 
 
420 aa  418  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  60.38 
 
 
380 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  60.38 
 
 
380 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  60.38 
 
 
380 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  58.98 
 
 
389 aa  411  1e-113  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.99 
 
 
397 aa  408  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  58.56 
 
 
386 aa  409  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  56.86 
 
 
402 aa  410  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  59.47 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.11 
 
 
380 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  62.86 
 
 
391 aa  404  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.5 
 
 
399 aa  399  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.34 
 
 
398 aa  399  9.999999999999999e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  59.73 
 
 
376 aa  398  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  56.03 
 
 
401 aa  395  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  56.02 
 
 
401 aa  394  1e-108  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.93 
 
 
378 aa  393  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  58.18 
 
 
390 aa  387  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  56.18 
 
 
385 aa  369  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.94 
 
 
397 aa  365  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  52.27 
 
 
371 aa  352  4e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.79 
 
 
485 aa  344  2e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  47.75 
 
 
415 aa  335  1e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  49 
 
 
414 aa  324  2e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  51.59 
 
 
404 aa  323  4e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  63.95 
 
 
457 aa  273  5.000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  37.18 
 
 
375 aa  239  8e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  32.47 
 
 
433 aa  216  4e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 
369 aa  212  1e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  36.62 
 
 
395 aa  208  1e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.88 
 
 
371 aa  208  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  34.55 
 
 
375 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.95 
 
 
361 aa  206  4e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.95 
 
 
361 aa  206  4e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  33.33 
 
 
371 aa  206  5e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.45 
 
 
382 aa  206  5e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.29 
 
 
376 aa  206  5e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.29 
 
 
375 aa  206  7e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.83 
 
 
370 aa  206  8e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.83 
 
 
370 aa  206  8e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.46 
 
 
374 aa  205  9e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.29 
 
 
375 aa  205  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.41 
 
 
365 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.03 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.03 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.03 
 
 
375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.03 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.03 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.03 
 
 
375 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.68 
 
 
374 aa  203  3e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  30.95 
 
 
369 aa  203  5e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  34.29 
 
 
375 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.12 
 
 
360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  33.77 
 
 
373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  36.98 
 
 
398 aa  197  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  38.06 
 
 
371 aa  197  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  32.78 
 
 
374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.76 
 
 
372 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  34.44 
 
 
371 aa  192  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  31.93 
 
 
366 aa  190  4e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.74 
 
 
374 aa  188  1e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  36.87 
 
 
387 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.73 
 
 
386 aa  188  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  37.53 
 
 
392 aa  187  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.77 
 
 
373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.01 
 
 
370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  30.99 
 
 
364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  36.74 
 
 
384 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  28.04 
 
 
362 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.07 
 
 
364 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.94 
 
 
372 aa  177  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32.58 
 
 
365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.2 
 
 
364 aa  173  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.54 
 
 
369 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.69 
 
 
359 aa  172  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.98 
 
 
370 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  36.07 
 
 
394 aa  170  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.95 
 
 
360 aa  169  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.11 
 
 
365 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  35.5 
 
 
380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  34.82 
 
 
376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  35.5 
 
 
380 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.56 
 
 
374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  37.71 
 
 
377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  36.15 
 
 
385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.3 
 
 
363 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.88 
 
 
390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  29.32 
 
 
365 aa  158  1e-37  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  35.77 
 
 
387 aa  158  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.87 
 
 
363 aa  157  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>