231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0039 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  97.01 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  97.01 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  97.01 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  97.01 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  97.01 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  97.01 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  95.52 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  95.52 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  93.06 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  93.06 
 
 		 72 bp  103  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  93.06 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  90.28 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  91.04 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  89.55 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  93.75 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  89.06 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  88.06 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>